[langage] Couleur texte

**claire14pb** · 23/05/2005, 22h59

Salut à tous!
En executant mon programme je me suis rendu compte d'un bug.
En fait quand je traduis l'adn en proteine les 'M' et les '*' apparaissent en gras et couleur.

En code ca donne ca :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if ($acide_amine eq 'M') {$polypep = $polypep."<B><FONT COLOR=#FF0000>$acide_amine</FONT></B>";
			}
			if ($acide_amine eq '*') {$polypep = $polypep."<B><FONT COLOR=#cc00cc>$acide_amine</FONT></B>";
			}
			if ($acide_amine ne 'M' && $acide_amine ne '*') {$polypep = $polypep.$acide_amine;
			}

Ca marche très bien sur quelques caractères mais quand on en a beaucoup ca met tt ce qui suit en gras et en couleur

Je comprends pas du tout pourquoi.
Si vous voulez voir par vous meme l'adresse c'est :

http://139.124.66.50/~etuweb7/perl/trad.pl

Merci d'avance pour vos réponse
Claire

**djibril** · 24/05/2005, 00h12

j'ai testé cette sequence

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

atgtctctggaagtacatatggtaatgatgtctctggaagtacatatggtaatg

et il y a pleins de bug, soumet là et tu verras.
donne nous plus de code

**djibril** · 24/05/2005, 00h15

et en choisissant 6 cadre de lecture, c'est pire

**djibril** · 24/05/2005, 00h23

un conseil de programmation. Quand tu fais du CGI, ou php, etc, apprends à mettre des

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

/n

àpres tes balises fermantes et/ou car lorsqu'on affiche la source, le code html est illisible

**djibril** · 24/05/2005, 00h34

en rearrangeant dans ton source html obtenu, merci pspad

voici ce que j'obtiens

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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<?xml version="1.0" encoding="iso-8859-1"?>
<!DOCTYPE html 	PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" 	 "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" lang="en-US" xml:lang="en-US">
  <head>
    <title>
      Traducteur ADN
    </title>
  </head>
  <body>
    <center>
      <body bgcolor=#CCFFFF text=#000000>
        <H1>
          <FONT COLOR=#FF0000>
            Traducteur ADN
          </FONT>
        </H1>
        <p />
        <form method="post" action="/~etuweb7/perl/trad.pl" enctype="application/x-www-form-urlencoded">
          Entrer votre séquence ADN
          <p />
<textarea name="sequence" rows="10" cols="50">rtfrtfAtgtctctggaagtacatatggtaatgatgtctctggaagtacatatggtaAtg</textarea>
          <p />
          <select name="types code genetique">
            <option selected="selected" value="code génétique universel">
            code génétique universel
            </option>
            <option value="code génétique mitochondrial">
            code génétique mitochondrial
            </option>
          </select>
          <p />
          <input type="radio" name="cadres" value="1 cadre de lecture" />
          1 cadre de lecture
          <br />
          <input type="radio" name="cadres" value="3 cadres de lecture" />
          3 cadres de lecture
          <br />
          <input type="radio" name="cadres" value="6 cadres de lecture" checked="checked" />
          6 cadres de lecture
          <br />
          <p />
          <input type="checkbox" name="taille" value="on" />
          Calcul taille du peptide
          <p />
          <input type="submit" name=".submit" />
          <input type="submit" name=".defaults" value="Reset" />
          <p />
          <div>
            <input type="hidden" name=".cgifields" value="cadres"  />
            <input type="hidden" name=".cgifields" value="taille"  />
          </div>
        </form>
        Il y a 
        <B>64.28 %</B>
        de nucléotides 
        <B>A et T</B>
        et 
        <B>35.72 %</B>
        de nucléotides 
        <B>G et C</B>
        <p />
        <B>Dans le Code Génétique Universel :</B>
        <p />
        Le polypeptide dans le 1° cadre de lecture est : LCLWKYIW
        <B>
          <FONT COLOR=#cc00cc>
            *
          </FONT>
          <          /B>
            <B>
              <FONT COLOR=#cc00cc>
                *
              </FONT></B>
            CL
            WKYIW
            <B>
              <FONT COLOR=#cc00cc>
                *
              </FONT></B>
            <p />
            Le polypeptide dans le 2° cadre de lecture est : YVSGSTYGNDVSGSTYGN
            <p />
            Le polypeptide dans le 3° cadre de lecture est : 
            <B>
              <FONT COLOR=#FF0000>
                M
              </FONT></B>
            SLEVH
            <B>
              <FONT COLOR=#FF0000>
                M
              </FONT></B>
            V
            <B>
              <          FONT COLOR=#FF0000>
                M
                </FONT></B>
            <B>
              <FONT         COLOR=#FF0000>
                M
              </FONT></B>
            SLEVH
            <B>
              <FONT   COLOR=#FF0000>
                M
              </FONT></B>
            V
            <B>
              <FONT COLO R=#FF0000>
                M
              </FONT></B>
            <p />
            Le polypeptide dans le 1° cadre de lecture inverse est : HYH
            <B>
              <FONT COLOR=#FF0000>
                M
              </FONT></B>
            YF
            QRHHYH
            <B>
              <FONT COLOR=#FF0000>
                M
              </FONT>
              </B >
              YFQRH
              <p />
              Le polypeptide dans le 2° cadre de lecture inverse est : ITICTSRDIITICTSRDI
              <p />
              Le polypeptide dans le 3° cadre de lecture inverse est : LPYVLPETSLPYVLPET
              <B>
                <FONT COLOR=#cc00cc>
                  *
                </FONT></B>
              <p />
      </body>
</html>

tu remarqueras que tu as des balises fermantes b de la sorte

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

<          /B>

ou font ainsi

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

<          FONT COLOR=#FF0000>

donc y a des espaces bizard à gerer

**claire14pb** · 24/05/2005, 10h49

Merci je vais regarder ca de plus près et je vous tiens au courant lol
Claire

**claire14pb** · 24/05/2005, 11h30

J'ai regardé rapidement mais le problème c'est que dans mon éditeur les espaces n'existent pas . comment je peux faire à ce moment la pour corriger le code.
Claire

**djibril** · 24/05/2005, 13h49

J'ai regardé rapidement mais le problème c'est que dans mon éditeur les espaces n'existent pas . comment je peux faire à ce moment la pour corriger le code.

tu utilises quel editeur de texte?

**claire14pb** · 24/05/2005, 16h39

J'utilise Syn Text Editor

**2Eurocents** · 24/05/2005, 16h48

Je ne connais pas de meilleur éditeur que "Scintilla Text Editor", pour du Perl, du HTML, du PHP, du C, du ... tout ce que vous voulez

Je n'ai pas tout suivi, mais dans ton HTML généré, il y a aussi quelques trucs qui me gènent :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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<p />
    blabla
<p />

çà ne serait pas mieux ainsi ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
<p>
   blabla
</p>

Je dis ça en passant, mais j'essaierai de regarder plus en détail un peu plus tard ...

Bonne continuation

**claire14pb** · 24/05/2005, 18h23

J'ai trouvé ce qui fait planter une partie de l'html : la ligne que j'avais rajouter pour aller à la ligne au bout de 40 caractères.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$polypep =~ s/(.{40})/$1\n/g;

Par contre il reste un problème avec une très longue sequence.
J'ai essayé ca avec 6 cadres et calcul poids :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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TGCGGCTATACGCGATTCGGATCGATTCGGCATCGCATCGATGCGCGGC
ATTACTATTACGATTACTGCAATGGCGAACCTTGGCTGCTGGATGCTGGTTC
TCTTGTGGCCACATGGAGTGACCTGGGCCTCTGCAAGAAGCGCCCGAAGC
CTGGAGGATGGAACACTGGGGGCAGCCGATACCCGGGGCAGGGCAGCCC
TGGAGGCAACCGCTACCCACCTCAGGGCGGTGGTGGCTGGGGGCAGCCTC
ATGGTGGTGCTGGGGGCAGCCTCATGGTGGTGGCTGGGGGCAGCCCCATG
GTGGTGGCTGGGGGCAGCCTCATGGTGGTGGCTGGGGGCAGCCTCATGGT
GGTGGCTGGGGGCAGCCTCATGGTGGTGGCTGGGGGCAGCCCCATGGTGG
TGGCTGGGGACAGCCTCATGGTGGTGGCTGGGGTCAAGGAGGTGGCACCC
ACAGTCAGTGGAACAAGCCGAGTAAGCCAAAAACCAACATGAAGCACATGG
CTGGTGCTGCAGCAGCTGGGGCAGTGGTGGGGGGCCTTGGCGGCTACATG
CTGGGAAGTGCCATGAGCAGGCCCATCATACATTTCGGCAGTGACTATGAG
GACCGTTACTATCGTGAAAACATGCACCGTTACCCCAACCAAGTGTACTAC

Je crois que le code pour prendre les aa de 'M' à '*' est peut-etre responsable aussi :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

@liste_orf=($polypepb =~ m/(M.+?)\*/g);

**djibril** · 24/05/2005, 18h29

je comprends pas ton souci, je viens d'essayer ta longue sequence et ça marche, non?

**djibril** · 24/05/2005, 18h32

oups, j'ai rien dit, en rajoutant l'option taille peptide, ça plante.
fais voir ton script ça sera plus simple pour t'aider

**2Eurocents** · 24/05/2005, 18h36

Attention, avec ce code de tronçonnage :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$polypep =~ s/(.{40})/$1\n/g;

S'il est parfaitement valide en texte pur, en production d'HTML, il est à remplacer par :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$polypep =~ s/(.{40})/$1<br>/g;

Quant à ce code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

@liste_orf=($polypepb =~ m/(M.+?)\*/g);

Il est peut être à modifier ainsi :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

@liste_orf=($polypepb =~ m/(M.+?)\*/gs);

afin de gérer les retours chariots qui peuvent être contenus dans la chaine $polypepb (avec l'option s à la fin, pour indiquer qu'il s'agit d'une recherche multi-ligne).

Bonne continuation.

**djibril** · 24/05/2005, 18h40

en effet, faut pas se melanger les pedales entre perl, cgi html, affichage sur console et sur page web. bonne remarque collegue eurocents

**claire14pb** · 24/05/2005, 22h41

Ca marche toujours pas

Si ca continue je sens qu'il va plus y avoir de couleur lol
Bon les codes que j'ai donné au dessus font bien buggé le programme même avec les nouveaux que vous m'avez donné mais pourquoi

: je sais pas du tt
Claire

**2Eurocents** · 24/05/2005, 23h01

J'ai testé sur ta page, le HTML généré n'est pas beau du tout !!!

Je te cite un bout de bloc, en mettant en rouge les trucs qui me plaisent pas ...

Il y a 37.67 % de nucléotides A et T et
62.33 % de nucléotides G et C
Dans le Code Génétique Universel :Le polypeptide dans le 1° cadre de lecture est : CGYTRFGSIRHRIDARHYYYDYCNGEPWLLDAGSLVATWS 
DLGLCKKRPKPGGWNTGGSRYPGQGSPGGNRYPPQGGGGW 
GQPHGGAGGSL
M</FON> T>
VVAGGSP
M</F> ONT>
VVAGGSL
M< /FONT>
VVAGGSL
 M
VVAGGSL
0>M
VVAGGSP
000>M

Pour t'en dire plus, il faudrait voir ta génération de HTML ... A l'évidence, elle sort des en plein milieu des autres balises, ce n'est pas idéal !

**claire14pb** · 25/05/2005, 20h20

Je sais pas trop j'ai pas beaucou de html. Je vous met une petite partie :

Code :

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37
#                  CREATION DE LA PAGE HTML ET DU FORMULAIRE
 
sub init {
 
print header,
    start_html("Traducteur ADN"),
 
"<center><body bgcolor=#CCFFFF text=#000000><H1><FONT COLOR=#FF0000>Traducteur ADN</FONT></H1>",p,
 
start_form,
 
#Création formulaire pour sequence ADN
 
"Entrer votre séquence ADN",p,
textarea (-name=>'sequence',-rows=>10,-columns=>50),p,
 
# Choix du code génétique
popup_menu(-name=>'types code genetique',
           -values=>['code génétique universel',
                            'code génétique mitochondrial']),p,
 
#Choix du nombre de cadres de lecture
radio_group(-name=>'cadres',
          	-values=>['1 cadre de lecture','3 cadres de lecture','6 cadres de lecture'],
		        -linebreak=>'true',
 
			),p,
 
#Obtenir la taille du peptide ou non
checkbox(-name=>'taille',
         -label=>'Calcul taille du peptide'),p,
 
submit,defaults('Reset'),p,
 
end_form; 
 
}

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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25
26
27
	#Ecriture peptide
 
if (param('types code genetique')eq 'code génétique universel') { 
 
		for (my $j=0; $j<$nombre_codons; $j++){
		my $triplet=substr($sequence_propre, $j*3+$phase-1,3);		
 
		my $long_triplet = length($triplet);
      		#print "le triplet fait $long_triplet nucléotides",p,;
 
		my $acide_amine = $codons_univ{$triplet};
 
			if ($acide_amine eq 'M') {$polypep = $polypep."<B><FONT COLOR=#FF0000>$acide_amine</FONT></B>";
			}
			if ($acide_amine eq '*') {$polypep = $polypep."<B><FONT COLOR=#cc00cc>$acide_amine</FONT></B>";
			}
			if ($acide_amine ne 'M' && $acide_amine ne '*') {$polypep = $polypep.$acide_amine;
			}
 
 
    $polypepb = $polypepb.$acide_amine;
		}
 
		$polypep =~ s/(.{40})/$1<br>/g;
		print "Le polypeptide dans le $phase° cadre de lecture est : $polypep",p,;
	#	print "Le polypeptide dans le $phase° cadre de lecture est : $polypepb",p,;
	}

**Gamdwin** · 25/05/2005, 21h02

Le problème vient de :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

 $polypep =~ s/(.{40})/$1<br>/g;

Je ne sais pas ce que tu as voulu faire, mais concrêtement tu places un tag " " tous les quarantes caractères, peu importe où ça mène.
Or, tu as des tags HTML dans $polypep, et ça les détruit.

**claire14pb** · 25/05/2005, 21h19

En fait le but c'était que $polypep aille à la ligne tous les 40 caractères. Sinon quand on a de longue séquence tt restait sur une ligne.
Si vous avez une facon de faire ca sans planter le html je prends. Je vous avoue que deja le html j'y comprend pas gd chose!
Claire

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