Le problème c'est que ton ClassLoader spécial ne pourra pas être crypté (sinon pas moyen de lancer l'appli dans une JRE) et donc qu'il pourra facilement être décompilé/modifié pour obtenir les autres classes en clair.
Il n'existe pas de solution de protection du code java complètement sûre (pour autant que ce niveau de protection ait un sens) en full java. Pour implémenter un protection cryptographique efficace il faut forcément passer par du code natif.
Celà dit un bon obfuscateur suffit dans 99% des cas à protéger efficacement le code.
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