exporter fichier excel

**fanfanus** · 25/11/2016, 17h20

Bonjour à tous,

J'ai fait ce code dans R pour calculer la moyenne des colonnes dans plus de 400 fichiers :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sapply(dir("C:/Users/fanfa/Desktop/data_csv_Rm/test", full.names = TRUE), function(x) colMeans(read.table(x, header = TRUE, sep = ",")))

Ça a l'air de fonctionner. Sauf qu'il m'affiche un résultat par fichier à la suite.
Est-il possible de générer un tableau compilant toutes ces moyennes ? Sachant qu'il y a une difficulté : j'ai 111 colonnes par fichiers avec un nom identique, mais parfois j'ai des colonnes manquantes. Il faudrait donc faire correspondre le nom des colonnes...

MErci pour votre aide !

**mgdondon** · 26/11/2016, 00h30

Bonjour,

Je vous conseille de procéder pas à pas :

Soit deux dataframes correspondant au contenu de deux fichiers :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
df1 <- data.frame(V1 = c(1,1,1), V2 = c(2,2,2), V3 = c(3,3,3))
df2 <- data.frame(V1 = c(4,4,4), V3 = c(5,5,5), V4 = c(6,6,6))

Voyons ce que donne la fonction colMeans() et surtout la structure du résultat :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
> str(colMeans(df1))
 Named num [1:3] 1 2 3
 - attr(*, "names")= chr [1:3] "V1" "V2" "V3"

Si vous souhaitez ranger l'ensemble des résultats dans un tableau, il vaut mieux obtenir un dataframe :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
> str(data.frame(lapply(df1,mean)))
'data.frame':   1 obs. of  3 variables:
 $ V1: num 1
 $ V2: num 2
 $ V3: num 3

Ensuite on peut utiliser la fonction rbind.fill() du package plyr pour concaténer les différents dataframes obtenus :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
> mean1 <- data.frame(lapply(df1,mean))
> mean2 <- data.frame(lapply(df2,mean))
> 
> library(plyr)
> rbind.fill(mean1, mean2)
  V1 V2 V3 V4
1  1  2  3 NA
2  4 NA  5  6

On peut alors généraliser le programme :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
setwd("D:/data")
liste_fichiers <- list.files(pattern="csv")
n=length(liste_fichiers)
dftot=data.frame()
for (i in 1:n) 
  {
  df <- read.csv(liste_fichiers[i])
  mean_fichier <- data.frame(lapply(df,mean))
  dftot <- rbind.fill(dftot, mean_fichier)
  }
dftot

Ou avec les fonctions de liste de R :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
rbind.fill(lapply(list.files(pattern="csv"), 
                  function(x) data.frame(lapply(read.csv(x),mean))))

Cordialement,

**fanfanus** · 28/11/2016, 21h00

Bonjour mgdondon,

Merci beaucoup pour cette réponse très complète.

En appliquant ce code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
setwd("C:/Users/fanfa/Desktop/data_csv_Rm/test")
liste_fichiers <- list.files(pattern="txt")
n=length(liste_fichiers)
dftot=data.frame()
for (i in 1:n) 
  {
  df <- read.csv(liste_fichiers)
  mean_fichier <- data.frame(lapply(df,mean))
  dftot <- rbind.fill(dftot, mean_fichier)
  }
dftot

J'ai obtenu le message suivant : "Erreur : impossible de trouver la fonction "rbind.fill"

J'ai trouvé la solution en installant le pack "plyr".

Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
install.packages("plyr") library("plyr")

Par ailleurs, un dernier détail : je souhaiterais que la ligne porte le nom du fichier, et non 1, 2, 3 etc... Cela est-il possible ?
Merci pour t'as précieuse aide !

**mgdondon** · 28/11/2016, 21h38

Bonjour fanfanus,

Oui, tout à fait :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

mean_fichier <- data.frame(fichier=liste_fichiers[i],lapply(df,mean))

Cordialement,

**fanfanus** · 28/11/2016, 22h14

Merci pour tout.

**fanfanus** · 26/01/2017, 15h15

Bonjour,

Me revoilà, si en lieu est place de la moyenne, je souhaite calculer le 75éme percentile.
Je pense qu'il s'agit de la fonction "quantile(x, probs= 0.75)".

si je reprend le code initial ça donne ça :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
liste_fichiers <- list.files(pattern="txt")
n=length(liste_fichiers)
dftot=data.frame()
for (i in 1:n) 
  {
  df <- read.csv(liste_fichiers[i], sep="\t")
  quant <- quantile(df, probs = 0.75, na.rm = TRUE)
  mean_fichier <- data.frame(fichier=liste_fichiers[i],lapply(df,quant))
  dftot <- rbind.fill(dftot, mean_fichier)
  }
dftot

Mais j'ai un message d’erreur : "Error in (1 - h) * qs[i] : argument non numérique pour un opérateur binaire". Je dois pas avoir la bonne matrice ?

Par ailleurs, j'ai vu que l'on peut choisir l'algorythme de quantile (Type 1 à 9, 7 par défaut, lequel choisir ?).

Une piste de solution ?

Merci par avance.

**fanfanus** · 26/01/2017, 19h37

J'ai également testé ça :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
liste_fichiers <- list.files(pattern="txt")
n=length(liste_fichiers)
dftot=data.frame()
for (i in 1:n) 
  {
  df <- read.csv(liste_fichiers[i], sep="\t")
  mean_fichier <- data.frame(fichier=liste_fichiers[i],lapply(df, quantile, probs= 0.75, na.rm=TRUE))
  dftot <- rbind.fill(dftot, mean_fichier)
  }
dftot

J'obtiens :
"Error in quantile.default(X[[i]], ...) : factors are not allowed"...

**mgdondon** · 26/01/2017, 22h48

Bonjour,

Votre dernier code est correct. Le message d'erreur indique qu'au moins une des variables est de type factor, ce qui n'est pas accepté par la commande quantile().

Vous pouvez vérifier le type de vos variables en utilisant la commande str().

Cordialement,

**fanfanus** · 26/01/2017, 23h02

Cela signifie qu'il y aurait des valeurs non numériques dans mes colonnes ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
'data.frame':   4083 obs. of  1 variable:
 $ M1.M2.M3.A1.A2.A3.F1.F2.F3.F4.F5.F6.F7.S1.S2.S3.S4.S5.G0.S6.S7.S8.S9.S10.D1.D2.D3.D4.Ca01.Vl1.Vl2.Vl3.Ca02.Ca03.Vl4.Vl5.Vl6.Ca04.N3.N4.Pln7.Pln8.Pln10.R5.C02.Cms7.Cms5.Cms3.Cms1.C01.Z5.Z4.Z3.Z2.Z1.BZ1.BZ2.BZ3.BZ4.BZ5.Dao1.Dao2.Dao3.B6.B5.B4.B3.B2.B1.Cmi1.Cmi3.Cmi5.H3.H1.H0.M0.H6.H4.Dao4.Dao5.Dao6.B12.B11.B10.B9.B8.B7.BZ6.BZ7.BZ8.BZ9.BZ10.Z11.Z10.Z9.Z8.Z7.R2.Pln1.Pln2.Pln3.Pln4.Pln5.N1.N2.Pps01.Lc2.Lc5: Factor w/ 4083 levels "0.000110057518824647,0.0276881936648927,0.0275957674876747,0.981790557497422,0.75942692499867,0.845253975514884,2.4525103478650"| __truncated__,..: 3969 3980 3982 3957 3881 3700 3266 2473 1417 501 ...
>

Je ne comprend pas bien car mes fichiers sont constitué de colonnes avec une entête et des valeurs numériques.
Il y a des données manquantes indiquées "NA", c'est pour cela que j'ai mis : "na.rm=TRUE".

Quel est le pb ?

**mgdondon** · 26/01/2017, 23h48

Les deux lignes que vous avez collées indiquent que le fichier n'a pas été importé correctement : vous avez une seule variable qui est la concaténation de l'ensemble des variables. Vérifiez le format de votre fichier pour choisir la fonction d'import appropriée.

Cordialement,

**fanfanus** · 27/01/2017, 14h07

Merci, c'est réglé. En fait, il fallait rajouter :"na.strings = "NaN""

Merci une fois de plus pour ton aide. Je dois avouer que verbaliser mes blocages sur ce forum, me permet de les régler en partie avant meme d'envoyer le message !

**mgdondon** · 27/01/2017, 14h14

Bien poser une question c'est commencer à y répondre...

Cordialement,

exporter fichier excel

R

Discussions similaires

Partager

Partager