Bonjour !
J'essaye en ce moment de connecter une base de données à R puis d'en extraire une table en data.frame afin de lui appliquer des traitements statistiques.
Donc si je comprends bien jusque là, j'ai pu établir la connexion avec la base de données et R reconnait plusieurs tables dont celles dont je vous ai affiché les résultats de odb.tables().
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51 base_test_R<-odb.open(odbFile = "base_R_test_question.odb") odb.tables(base_test_R) $Analyse_de_Vegetaux field.name field.type data.type comment 1 ID INTEGER numeric NA 2 Code_unique VARCHAR character NA 3 Annee_recolte VARCHAR character NA 4 date_recolte VARCHAR character NA 5 date_echantillonage VARCHAR character NA 6 Espece VARCHAR character NA 7 Variete_Cultivar VARCHAR character NA 8 Stade_maturite VARCHAR character NA 9 Organe_echantillone VARCHAR character NA 10 Exportation VARCHAR character NA 11 Lim_sup_racines VARCHAR character NA 12 Lim_inf_racines VARCHAR character NA 13 Variable VARCHAR character NA 14 Valeur VARCHAR character NA 15 Unite VARCHAR character NA 16 Methode_analyse VARCHAR character NA 17 Methode_extraction VARCHAR character NA 18 Methode_dosage VARCHAR character NA 19 Laboratoire_analyse VARCHAR character NA 20 Nombre_repetition VARCHAR character NA 21 std VARCHAR character NA 22 Commentaires VARCHAR character NA $Analyses_de_Sol field.name field.type data.type comment 1 ID INTEGER numeric NA 2 Code_unique VARCHAR character NA 3 Annee_evenement VARCHAR character NA 4 Date_prelevement VARCHAR character NA 5 Limite_sup_profondeur_prelevement VARCHAR character NA 6 Limite_inf_profondeur_prelevement VARCHAR character NA 7 Outil VARCHAR character NA 8 mode_constitution_echantillon VARCHAR character NA 9 mode_preparation_echantillon VARCHAR character NA 10 Date_analyse VARCHAR character NA 11 Variable VARCHAR character NA 12 Valeur VARCHAR character NA 13 Unite VARCHAR character NA 14 Methode_analyse VARCHAR character NA 15 Methode_extraction VARCHAR character NA 16 Methode_dosage VARCHAR character NA 17 Labo_analyse VARCHAR character NA 18 Nombre_repetition VARCHAR character NA 19 std VARCHAR character NA 20 Commentaires VARCHAR character NA etc...
Cependant lorsque j'essaye d'ouvrir une de ces tables en data.frame dans R, voici le message d'erreur affiché :
De ce que j'en comprends, la fonction ne reconnait pas de table existante nommée Analyses_de_Sol. Or il l'a reconnu plus haut !
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2 soil_analysis<-odb.read(base_test_R, "SELECT * FROM Analyses_de_Sol") Error: Error while executing SQL query : "Unable to retrieve JDBC result set for SELECT * FROM Analyses_de_Sol (Table not found in statement [SELECT * FROM Analyses_de_Sol])"
Quelqu'un pourrait -il m'aider ? Je ne maîtrise pas très bien le SQL, mais avant de me lancer dans quelque chose de trop grand j'ai tenté de reproduire l'exemple donné par ?odb.read avec un fichier contenant très peu de données. Donc normalement le SQL est correct, mais il se peut que je me trompe.
Merci d'avance
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