tri d'un array de array

**Jasmine80** · 07/10/2015, 17h02

Bonjour à tous,

J'ai des données sous cette forme :

Source.Name Characteristics.Subject.ID. Characteristics.Strain. Sample.Name
atenolol_3_1000_1 102599 RATM Rattus norvegicus
atenolol_3_1000_2 102613 RATM Rattus norvegicus
atenolol_3_1000_3 102633 RATM Rattus norvegicus

Que je place dans un array de array.

$tab[$i][$j]

Par exemple :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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@{$tab[0]} = ('Source.Name', 'Characteristics.Subject.ID.', 'Characteristics.Strain.', 'Characteristics.Organism.');
@{$tab[1]} = ('atenolol_3_1000_1', '102599', 'RATM', 'Rattus norvegicus');
@{$tab[2]} =  ('atenolol_3_1000_2', '102613', 'RATM', 'Rattus norvegicus');
@{$tab[3]} =  ('atenolol_3_1000_3', '102633', 'RATM', 'Rattus norvegicus');

si

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my @order = ('Characteristics.Strain.', 'Source.Name', 'Characteristics.Organism.', 'Characteristics.Subject.ID.');

je veux que mon array de array soit réorganisé ainsi :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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@{$tab[0]} = ('Characteristics.Strain.', 'Source.Name', 'Characteristics.Organism.', 'Characteristics.Subject.ID.');
@{$tab[1]} = ('RATM', 'atenolol_3_1000_1', 'Rattus norvegicus' , '102599');
@{$tab[2]} =  ('RATM', 'atenolol_3_1000_2', 'Rattus norvegicus', '102613');
@{$tab[3]} =  ('RATM', 'atenolol_3_1000_3', 'Rattus norvegicus', '102633');

Les valeurs excédentaires, ne se trouvant pas dans @order, doivent être supprimées. @{$tab[1]} aura la même taille que @order et sera plus petite que sa taille initiale.
Si ce n'est pas clair, n'hésitez pas à me poser des questions. Je vais continuer de regarder du côté de List::Compare et de List::MoreUtils ... et sort.

D'avance merci.

Voici mon code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
use WWW::Mechanize::Query;
use Data::Dumper;
 
my $mech = WWW::Mechanize::Query->new();
 
my $url= "ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/microarray/data/dixa/DrugMatrix/archive/thighMuscle/s_thigh_muscle.txt";
$mech->get($url);
 
my @orders = qw/Sample.Name
Source.Name
Characteristics.Subject.ID.
Characteristics.Strain.
Characteristics.Organism.
Characteristics.Sex.
Factor.Value.Age.
Characteristics.AgeUnit.
Characteristics.Organ.
Characteristics.Tissue.
Characteristics.Cell.
Characteristics.Assay.Type.
Characteristics.Biological.Replicate.
Characteristics.Technical.Replicate.
Factor.Value.Compound.
Characteristics.StdInChIKey.
Comment.chEMBL.ID.
Characteristics.Eniantiomer.
Characteristics.Compound.Class.
Characteristics.Control.
Characteristics.Sample.Match.
Factor.Value.Dose.
Characteristics.DoseUnit.
Factor.Value.Dose.Duration.
Characteristics.Dose.DurationUnit.
Factor.Value.Dose.Frequency.
Characteristics.Vehicle.
Characteristics.Route.
Factor.Value.Sample.TimePoint.
Characteristics.Sample.TimePointUnit.
Characteristics.Treatment.Group./;
 
if ($mech->success()) {
 
	my ($file_name) = ($url =~ m/([^\/]*\.txt)/);
	print $file_name."\n";
 
	my @data = split (/\n/, ${$mech}{'content'});
 
	my @tab;	
	foreach my $i (0..$#data){ 
		 @{$tab[$i]} = split (/\t/, $data[$i]);
	}
 
	print Dumper @tab;
 
}

**Jasmine80** · 07/10/2015, 18h01

Voici un code (peut-être pas très beau) qui fonctionne :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if ($mech->success()) {
 
	my ($file_name) = ($url =~ m/([^\/]*\.txt)/);
 
	my @data = split (/\n/, ${$mech}{'content'});
	 # foreach my $d (@data){$d=chomp($d)}
	 #  map {chomp($_)} @data;
 
	my @headers= split (/\t/, $data[0]);
 
	my @index_list;
	foreach my $v (@orders){
		my $i = firstidx { $_ eq $v }  @headers;
		push @index_list, $i;
	}
 
	my @tab;
	my @tab_trans;
	foreach my $i (0..$#data){ 
		 @{$tab[$i]} = split (/\t/, $data[$i]);
 
		 for my $j (0..$#index_list){
			 my $j_trans=$index_list[$j];  
			 $tab_trans[$i][$j]= $tab[$i][$j_trans]; 
		 }		 
	}
 
	print Dumper @tab_trans;
}

1) Il me reste juste un problème du chomp qui ne fonctionne pas. Il reste un saut de ligne aux valeurs $tab_trans[$i][0] (qui vient de $tab[$i][-1]). Peut-être pcq le fichier vient d'n serveur linux.
2) Toute proposition, de quelque chose de mieux, est la bien venue. J'ai vu qu'avec le sort, on peut aller très loin dans le tri de matrices, et aussi avec des transformations (Schwartzian transform) ... mais, c'est de trop haut niveau pour moi.
Si ça intéresse quelqu'un, je trouve ce lien très intéressant, je vais m'y pencher et essayer de comprendre : http://mpihowto.com/index.php/perl/p...-sort-function

PS : ajouter au code

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

use List::MoreUtils qw(firstidx);

D'avance merci,

**Lolo78** · 07/10/2015, 19h23

Bonjour Jasmine,

à mon avis, un tableau de hachages serait sans doute plus pratique qu'un tableaux de tableaux:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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%{$tab[1]} = (  Source.name                    => 'atenolol_3_1000_1',
                Characteristics.Subject.ID.    => '102599', 
                Characteristics.Strain.        => 'RATM', 
                Characteristics.Organism.      => 'Rattus norvegicus'
             );

Ce qui peut aussi s'écrire:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$tab[1]}= {  Source.name                  => 'atenolol_3_1000_1',
             Characteristics.Subject.ID.  => '102599', 
             Characteristics.Strain.      => 'RATM', 
             Characteristics.Organism.    => 'Rattus norvegicus'
          };

ou, en simplifiant les intitulés:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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%{$tab[1]} = (  name =>      'atenolol_3_1000_1',
                ID =>        '102599', 
                Strain =>    'RATM', 
                Organism =>  'Rattus norvegicus',
             );

Ensuite, si tu as cette commande:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my @order = ('Characteristics.Strain.', 'Source.Name', 'Characteristics.Organism.', 'Characteristics.Subject.ID.');

Quelque chose du genre:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $line[$i] = [ map { $tab[1]{$_} } @order ];

Ou, si tu préfères garder un tableaux de tableaux, alors faire un hachage de paramétrage faisant la liaison entre le nom des champs et les numéros des champs dans le tableau, un truc du genre:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my %fields = (
                  Source.Name    => 0, 
                  Characteristics.Subject.ID.=> 1,
                  Characteristics.Strain. => 2,
                  Characteristics.Organism. => 3,
                   => 3, 
              );

et un map pour faire la transcodification:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $line[$i] = [ map {  $tab[1]{$fields{$_} } } @order ];

Si chomp ne marche pas (incompatibilités Linux /windows) remplace

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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... map {chomp($_)} @data;

par:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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... map { s/[\n\r]+// } @ data;

Et, franchement, la transformation de Schwartz n'a rien de bien compliqué. Jette un coup d’œil à mon tuto abordant le sujet: http://laurent-rosenfeld.developpez....ris de données.

Mais n'hésite pas à demander si tu cherches à en faire une et cales sur quelque chose.

NB: j'ai écrit tout le code ci-dessus sans tester quoi que ce soit (pas le temps là tout de suite), il y a peut-être une petite erreur ici ou là, mais ça devrait donner l'idée.

**Lolo78** · 07/10/2015, 23h24

Re-bonsoir,

voici un petit programme lancé à la ligne de commande qui semble faire à peu près ce que tu recherches:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ perl -E  'use strict;
> use warnings;
>
> my @tab;
> @{$tab[0]} = ("Source.Name", "Characteristics.Subject.ID.", "Characteristics.Strain.", "Characteristics.Organism.");
> @{$tab[1]} = ("RATM", "atenolol_3_1000_1", "Rattus norvegicus" , "102599");
> @{$tab[2]} =  ("RATM", "atenolol_3_1000_2", "Rattus norvegicus", "102613");
> @{$tab[3]} =  ("RATM", "atenolol_3_1000_3", "Rattus norvegicus", "102633");
>
> my %fields = (
>                   "Source.Name"    => 0,
>                   "Characteristics.Subject.ID." => 1,
>                   "Characteristics.Strain." => 2,
>                   "Characteristics.Organism." => 3,
>               );
>
>
> my @order = ("Characteristics.Strain.", "Source.Name", "Characteristics.Organism.", "Characteristics.Subject.ID.");
>
> for my $record (1..$#tab) {
>     my @line =   @{$tab[$record]}[@fields{@order}];
>     say join " ", @line;
> }
> '
Rattus norvegicus RATM 102599 atenolol_3_1000_1
Rattus norvegicus RATM 102613 atenolol_3_1000_2
Rattus norvegicus RATM 102633 atenolol_3_1000_3

La seule difficulté est dans la ligne:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my @line =   @{$tab[$record]}[@fields{@order}];

On a:
- @fields{@order} renvoie la liste des numéros de champs dans l'ordre (et au nombre) dans lequel il faut les prendre;
- @{$tab[$record]} renvoie le tableau de l'enregistrement courant;
- Au total, la ligne renvoie le tableau de l'enregistrement courant, avec les champs réorganisés dans l'ordre voulu.

En changeant le tableau @order avec seulement deux champs:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my @order = ("Source.Name", "Characteristics.Organism.");

ça imprime que deux champs de chaque ligne:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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RATM 102599
RATM 102613
RATM 102633

**Jasmine80** · 08/10/2015, 10h45

Bonjour Lolo,

Je te remercie pour tes explications, j'ai réécrit mon script suivant tes conseils. Pour le saut de ligne à la linux, cela ne pose maintenant plus de problème.
Pour tes tris et les transformations, je me pencherai sur ton tuto quand j'aurai un peu plus de temps.

Je te remerci et te souhaite une bonne journée,

Jasmine.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if ($mech->success()) {
 
	my ($file_name) = ($url =~ m/([^\/]*\.txt)/);
 
	my @data = split (/\n/, ${$mech}{'content'});
	map { s/[\n\r]+// } @ data;
 
	my @tab;
	foreach my $i (0..$#data){ 
		 @{$tab[$i]} = split (/\t/, $data[$i]);	 
	}
 
	my @headers= split (/\t/, $data[0]);
 
	my %fields;
	foreach my $i (0..$#headers){ 
		$fields{$headers[$i]}=$i;
	}
 
 
	for my $record (1..$#tab) {
	     my @line =   @{$tab[$record]}[@fields{@order}];
	     say join " ", @line;
	}
 
}

tri d'un array de array

Langage Perl

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