Bonjour,
Je galère à installer certains packages R sur ma nouvelle machine et je ne comprends pas pourquoi... J'avais des problèmes de permissions donc j'ai changé les droits de certains dossier sous Linux :
/usr/share/R/
/usr/lib/R/
J'ai de nouvelles erreurs malgré tout...
Ma config :
Quelques essais d'installation :
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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14 > sessionInfo() R version 3.1.1 (2014-07-10) Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) locale: [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C [3] LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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5 > install.packages("Biostrings") Installing package into $$$packages/rsat/R-scripts/Rpackages$$$ (as $$$lib$$$ is unspecified) Warning message: package $$$Biostrings$$$ is not available (for R version 3.1.1)
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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16 > biocLite("Biostrings") [...] io_utils.c:16:18: fatal error: zlib.h: No such file or directory #include <zlib.h> ^ compilation terminated. /usr/lib/R/etc/Makeconf:128: recipe for target 'io_utils.o' failed make: *** [io_utils.o] Error 1 ERROR: compilation failed for package $$$Biostrings$$$ * removing $$$packages/rsat/R-scripts/Rpackages/Biostrings$$$ The downloaded source packages are in $$$tmp/RtmphODjkn/downloaded_packages$$$ Warning message: In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) : installation of package $$$Biostrings$$$ had non-zero exit status
Je n'ai jamais rencontré ce type de problèmes sur mes précédentes machines... Merci pour le coup de main.
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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34 > install.packages("XML") Installing package into $$$packages/rsat/R-scripts/Rpackages$$$ (as $$$lib$$$ is unspecified) trying URL 'http://ftp.igh.cnrs.fr/pub/CRAN/src/contrib/XML_3.98-1.1.tar.gz' Content type 'text/html' length 1582216 bytes (1.5 Mb) opened URL ================================================== downloaded 1.5 Mb * installing *source* package $$$XML$$$ ... ** package $$$XML$$$ successfully unpacked and MD5 sums checked checking for gcc... gcc checking for C compiler default output file name... rm: cannot remove 'a.out.dSYM': Is a directory a.out checking whether the C compiler works... yes checking whether we are cross compiling... no checking for suffix of executables... checking for suffix of object files... o checking whether we are using the GNU C compiler... yes checking whether gcc accepts -g... yes checking for gcc option to accept ISO C89... none needed checking how to run the C preprocessor... gcc -E checking for sed... /bin/sed checking for pkg-config... /usr/bin/pkg-config checking for xml2-config... no Cannot find xml2-config ERROR: configuration failed for package $$$ XML$$$ * removing $$$ /packages/rsat/R-scripts/Rpackages/XML $$$ The downloaded source packages are in $$$ /tmp/RtmphODjkn/downloaded_packages $$$ Warning message: In install.packages("XML") : installation of package $$$ XML $$$ had non-zero exit status
Ah, oui, j'ai aussi des problèmes d'encodage (cf les $$$) !
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