Discussion :

[Isabella83]

Bonjour,

J'ai 2 fichiers (exemples ci dessous):

a.txt

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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5
 
chr start stop expID sens count
chr1	5122	5123	exp_1 + 3
chr2	5153	5154	exp_1 + 2
chr3	5194	5195	exp_1 + 8

b.txt

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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3
4
 
chr start stop expID sens count
chr1	15730457	15730458	exp_2 - 15
chr2	5194	5195	exp_2 + 21

Je voudrais joindre mes deux fichiers en fonction des colonnes "chr","start", "stop","sens" de façon à avoir un fichier final avec
"chr","start", "stop","sens", "count_fichier_a.txt", "count_fichier_b.txt"

Soit avec l'exemple ci dessus :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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chr start stop expID sens count_exp1 count_exp2
chr1	5122	5123	exp_1 + 3 0
chr2	5153	5154	exp_1 + 2 0
chr3	5194	5195	exp_1 + 8 21
chr1	15730457	15730458	exp_2 - 0 15

Merci pour votre aide car je ne m'en sors pas !

[Isabella83]

J'ai finalement fait comme ceci mais il y a peut être plus simple ...

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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while(<$file1>){
	chomp;
	my($chr,$start,$stop,$sens,$count)=split /\t/;
	my $value_cx = join(';',$chr,$start,$stop,$sens);
	$hash{$value_cx}->{'count'}=$count;
	$final{$value_cx}++;
 
}
 
while(<$file2>){
	chomp;
	my($chr,$start,$stop,$sens,$count)=split /\t/;
	my $value_cx = join(';',$chr,$start,$stop,$sens);
	$dico{$value_cx}->{'count'}=$count;
	$final{$value_cx}++;
}
 
foreach my $val (keys %final){
	my($chr,$start,$stop,$sens) = split /;/, $val;	
	if(defined($hash{$val}->{'count'}) && defined($dico{$val}->{'count'})){
		print "$chr\t$start\t$stop\t$sens\t$hash{$val}->{'count'}\t$dico{$val}->{'count'}\n";
	}
 
 
}

[Philou67430]

Ça me semble bien, et difficile de voir un algorithme plus efficace. Éventuellement, tu pourrais ne lire que le premier fichier en mémoire (hash) et traiter la jointure lors de la lecture au fil de l'eau du 2e.
Ainsi, tu garderais au moins l'ordre de rangement d'un des deux fichiers.

Par contre attention, dans ton exemple du 2e fichier, il y a 2 colonne count (ici, tu ne prends en compte que la première des deux).