Discussion :

[eragon4992]

bonjour à tous,

je cherche à compresser une image (.png) en JPEG2000 (.jp2) grâce à la commande suivante :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

imwrite(J,'comp40.jp2','jp2','Mode','lossy','CompressionRatio',40);

Après plusieurs tests, il me semble que la compression ne fonctionne pas comme souhaité sur les images .png puisque pour observer les artéfacts de compression, il faut mettre un taux de compression d'au moins 300.

En revanche, lorsque je teste la même commande avec une image .tif cela ne pose aucun problème et la compression se fait correctement.

Avez-vous déjà rencontré ce problème avec le format .png? Si oui, quelle est la marche à suivre?

Je vous remercie par avance.

[eragon4992]

Bonjour à tous,

je cherche à compresser un image Dicom (.dcm) en JPEG2000 (.jp2).
Je pensais utiliser la fonction dicomwrite, cependant, lorsque je mets les arguments de cette manière cela ne marche pas :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

dicomwrite(Y,'test.dcm','CompressionMode','JPEG2000 lossy');

De plus, je ne réussis pas à la convertir en JPEG2000 en utilisant la fonction imwrite de cette manière :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

imwrite(X,'Xcomp.jp2','jp2','Mode','lossy','CompressionRatio',10);

en effet, avec cette dernière commande le fichier .jp2 se crée bien cependant l'image est noire.

Merci par avance pour votre aide.

[Jean Dumoncel]

Bonjour,

pourrais-tu nous donner un exemple d'image dicom (le fichier) pour lequel ça ne marche pas et le code associé?

[eragon4992]

Bonjour,

voici le code que j'utilise pour le moment :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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X = dicomread('test.dcm');
imwrite(X,'Xcomp.jp2','jp2','Mode','lossy','CompressionRatio',50);
Xcomp = imread('Xcomp.jp2');
figure(1), imshow(Xcomp,[])

Lorsque je lance le code l'image compressée s'affiche bien cependant le fichier enregistré est une image noire (fichier Xcomp.jp2). Je pense que cela pourrait venir du fait que le bitdepth de l'image Dicom est de 12 et celui de l'image compressée est de 16.
Voilà les infos sur l'image Dicom :

FileModDate: '18-mar-2015 09:23:42'
FileSize: 148968
Format: 'DICOM'
FormatVersion: 3
Width: 256
Height: 256
BitDepth: 12
ColorType: 'grayscale'
FileMetaInformationGroupLength: 190
FileMetaInformationVersion: [2x1 uint8]
MediaStorageSOPClassUID: [1x25 char]
MediaStorageSOPInstanceUID: [1x56 char]
TransferSyntaxUID: '1.2.840.10008.1.2.1'
ImplementationClassUID: [1x27 char]
ImplementationVersionName: 'OSIRIX'
SpecificCharacterSet: 'ISO_IR 100'
ImageType: [1x52 char]
SOPClassUID: [1x25 char]
SOPInstanceUID: [1x56 char]

Voilà les infos sur l'image compressée en JPEG2000 :

Filename: [1x57 char]
FileModDate: '18-mar-2015 11:01:18'
FileSize: 2588
Format: 'JP2'
FormatVersion: []
Width: 256
Height: 256
BitDepth: 16
ColorType: 'grayscale'
BitsPerSample: 16
CodeBlockDims: [64 64]
CodestreamComponents: 1
CodestreamProfile: 'PROFILE2'
ColorSpace: 'sLUM'
Comments: {}
ImageStartLocation: [1 1]
NumberOfTiles: 1
ProgressionOrder: [1x44 char]
QualityLayers: 1
TileSize: [256 256]
WaveletDecompositionLevels: 4
WaveletKernel: '9x7'
WidthSubSampling: 1
HeightSubSampling: 1


Pour l'envoi du fichier Dicom, je n'arrive pas à l'envoyer sur le forum car le format n'est pas supporté. Puis-je vous l'envoyer autrement? Filename: 'test.dcm'

[Jean Dumoncel]

Tu peux mettre ton image dans une archive zip et la joindre dans ton prochain message.

[eragon4992]

test2.dcm.zip
voilà la pièce jointe

[Jean Dumoncel]

Lorsque je lance le code l'image compressée s'affiche bien cependant le fichier enregistré est une image noire (fichier Xcomp.jp2)

Tu veux dire que l'image est noire dans ton explorateur de fichier? Je pense que c'est juste du au fait que le format n'est pas reconnu par ton explorateur de fichier mais l'image peut s'ouvrir avec les logiciels qui peuvent lire ce format (dont matlab).

[eragon4992]

Le soucis c'est que quand je compresse d'autres images en .jp2 je peux les observer correctement dans mes fichiers.
Sur Matlab si j'enlève le [] dans le imshow :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

imshow(Xcomp,[])

, je ne visualise plus l'image dans la Figure 1, j'ai alors de la même manière l'image noire.

[Jean Dumoncel]

En fait, oui, l'explorateur de fichier reconnait le jp2, c'est juste une question de contraste et de niveau de gris. Les valeurs de niveaux de gris de l'image dicom sont comprises entre 0 et 261 (le codage sur 12 bits ici ne sert à rien). dicomread lit les valeurs et les mets dans un tableau d'entiers en 16 bits (pour ne pas perdre d'info). Les valeurs sont toujours comprises entre 0 et 261, et par rapport à l'intervalle [0 65536)] du 16 bits, ces valeurs correspondent aux noirs. Voila pourquoi ton image s'affiche en noire, sauf si le contraste est ajusté, ce que fait a priori l'option [] dans imshow.

[eragon4992]

du coup y aurait-il une commande à ajouter pour pouvoir observer l'image jpeg2000 correctement sans avoir à ajouter [] (qui reste une solution provisoire) ?

[Jean Dumoncel]

Pourquoi imshow(Xcomp,[]) ne convient pas?

[eragon4992]

Je dois pouvoir visualiser l'image jp2 depuis mon explorateur. Cependant je pense avoir trouvé la solution :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

imwrite(uint8(X),'Xcomp50.jp2','jp2','Mode','lossy','CompressionRatio',27);

Rajouter le uint8 permet de visualiser l'image correctement

[Jean Dumoncel]

Oui, c'est une solution, mais attention, uint8 va couper tout ce qui se trouve au dessus de 255 :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>> uint8(260)
 
ans =
 
  255

[eragon4992]

comment pourrais-je éviter ce problème et pour autant pouvoir voir mon image dans mon explorateur?

[Jean Dumoncel]

C'est une image unique, ou bien tu traites une piles d'images?

[eragon4992]

j'aurais en effet de nombreuses images à compresser de cette manière.

[Jean Dumoncel]

Juste pour être sur, ma question portait sur la relation entre ces images : sont-elles indépendantes ou font-elles partie d'un même examen par tomographie par exemple comme le laisse supposer l'image que tu nous as montrée?