Discussion :

[habasque]

Bonjour,

Je souhaiterais exécuter sur un serveur un script que j'ai développé sur mon PC .
J'utilise le package 'adehabitat' pour ses fonctions 'enfa', 'kasc', etc.
Seulement, ce package a pour dépendance le package 'tkrplot' qui fait appel à 'tk' mais qui n'est pas installé sur le serveur (car pas d'interface graphique).

Alors y a t-il un moyen d'installer le package 'adehabitat' en précisant d'omettre les dépendances ?
Ou bien existe t-il un autre package qui contienne des fonctions équivalentes pour l'ENFA ?

Merci d'avance,

[habasque]

Bonjour,

Je viens d'essayer d'adapter le code avec le package 'adehabitatHS' en utilisant les fonctions correspondantes pour l'ENFA.
Par contre j'ai une erreur avec la fonction dudi.pca concernant la présence de NA et que je n'avais pas avec le package 'adehabitat':

Code :

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predictors_enfa <- stack(raster(sst_climato),raster(chloro_climato))
predictors_enfa <- as(predictors_enfa,'SpatialPixelsDataFrame')
names(predictors_enfa)=c("SST","CHL")
pr <- slot(count.points(Species, predictors_enfa), "data")[,1]
Warning message:
In count.points(Species, predictors_enfa) :
  several columns in the SpatialPointsDataFrame, no id considered
predictors_enfa <- na.omit(predictors_enfa)
pc <- dudi.pca(slot(predictors_enfa, "data"), scannf=FALSE)
Error in dudi.pca(slot(predictors_enfa, "data"), scannf = FALSE) : 
  na entries in table

Merci d'avance pour vos suggestions !