Discussion :

[Slumpy]

Bonjour,

Je pense que mon probleme doit être simple pour quelqu un qui connait bien R et xml, mais cela fait bien 3 heures que je galère ...

j ai un fichier xml contenant des données de pluie :

Code xml :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?>
<!-- =======================================================
 
 Inputtype:     
 Inputversion:  1.0
 Outputtype:    EA XML Time Series Exchange Format
 Outputversion: 1.0
 
======================================================== -->
 
<EATimeSeriesDataExchangeFormat
       xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
       xmlns="http://www.environment-agency.gov.uk/XMLSchemas/EATimeSeriesDataExchangeFormat"
       xmlns:md="http://www.environment-agency.gov.uk/XMLSchemas/EAMetadataFormat"
       xsi:schemaLocation="http://www.environment-agency.gov.uk/XMLSchemas/EATimeSeriesDataExchangeFormat EATimeSeriesDataExchangeFormat.xsd <a href="http://www.environment-agency.gov.uk/XMLSchemas/EAMetadataFormat" target="_blank">http://www.environment-agency.gov.uk...MetadataFormat</a> EAMetadata.xsd">
 <md:Publisher>Environment Agency</md:Publisher>
 <md:Source>WISKI</md:Source>
 <md:Date>2014-09-18</md:Date>
 <md:Time>14:13:56</md:Time>
 <md:Identifier>EAMERCTRXS23</md:Identifier>
 <!-- Generated by WISKI - this document follows the recommended 
      guidance issued in the Plain English description of the 
      Environment Agency's Time-Series Data Exchange Format (version 1.1.2) -->
 <Station stationReference="4321004SC"
          stationName="CANNINGS TBR"
          region="South West"
          ngr="SU0508962158"
          ExternalIdentifier="335169">
  <!-- Waters: === -->
  <SetofValues parameter="Rainfall" qualifier="Tipping Bucket Raingauge"
               dataType="Total"
               period="Unspecified"
               units="mm"
               startDate="2009-01-01"
               startTime="00:00:00"
               endDate="2014-09-18"
               endTime="23:59:00">
   <!-- WISKI time series name: CANNINGS TBR / RE / 4321004SC.RE.15.Total
              parameter:        Rainfall
              qualifier:        Tipping Bucket -->
   <Value date="2009-01-01" time="00:15:00" flag1="4">0</Value>
   <Value date="2009-01-01" time="00:30:00" flag1="4">0</Value>
   <Value date="2009-01-01" time="00:45:00" flag1="4">0</Value>
   <Value date="2009-01-01" time="01:00:00" flag1="4">0</Value>
   <Value date="2009-01-01" time="01:15:00" flag1="4">0</Value>
   <Value date="2009-01-01" time="01:30:00" flag1="4">0</Value>
   <Value date="2009-01-01" time="01:45:00" flag1="4">0</Value>
   <Value date="2009-01-01" time="02:00:00" flag1="4">0</Value>
   <Value date="2009-01-01" time="02:15:00" flag1="4">0</Value>

Je voudrais simplement lire les dates et les données de pluie et les mettre dans un data.frame.

En m appuyant sur un exemple trouvé ici J ai bien essayé d ecrire quelque chose, mais ma session R, ne fait que se crasher après x min, pour je ne sais quelle raison (le fichier fait 38,218 KB)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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require(XML)
rm(list=ls())
xmlfile <- xmlTreeParse("C:/Users/yce/Desktop/TBR Site listing rk/sample files/15min sample..xml")
xmltop=xmlRoot(xmlfile)
plantcat <- xmlSApply(xmltop, function(x) xmlSApply(x, xmlValue))

Ce que je ne comprends pas trop non plus c'est que xmlfile et xmltop semblent faire d'après R studio 1,9 Gb ...

Je suis un peu perdu ...

Est ce que quelqu un pourrait me donner un coup de main pour arriver a extraire les donnees et produire un data.frame du style Date+heure, value

Merci.

Slumpy

[Slumpy]

Bonjour,

Bon apres x heures/jours, j arrive enfin a lire les attributs de l'element Value ainsi que sa valeur. Neanmoins mon code est super lent ...

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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library(XML)
gc()
rm(list=ls())
xmlfile <- xmlParse("C:/Users/yce/Desktop/TBR Site listing rk/sample files/15min sample..xml")
xmlValues<-getNodeSet(xmlfile, "/d:EATimeSeriesDataExchangeFormat/d:Station/d:SetofValues/d:Value",
             c(d="http://www.environment-agency.gov.uk/XMLSchemas/EATimeSeriesDataExchangeFormat"))
 
for(i in 1:length(xmlValues)){
  adate<-xmlGetAttr(xmlValues[[i]], "date")
  atime<-xmlGetAttr(xmlValues[[i]], "time")
  aflag1<-xmlGetAttr(xmlValues[[i]], "flag1")
  arain<-as.numeric(xmlSApply(xmlValues[[i]], xmlValue))
  if(i==1){
    df<-data.frame(adate,atime,arain,aflag1)
  } else {
    df<-rbind(df,data.frame(adate,atime,arain,aflag1))
  }
}

Je suis sur qu'il y a un moyen d'eviter cette boucle for, mais je n'y arrive pas ...

QUelqu un aurait une idee ?

Merci.