Discussion :

[Marwai]

Salut tout le monde!

Je suis face à un problème sur R que je n'arrive pas à résoudre. Actuellement je travaille via le package GEOquery et je cherche à extraire certaines informations dans les métadonnées.

En particulier, je cherche le type de label du canal utilisé pour l'expérience (par exemple Cye3 ou Cye5). Jusque-là pas de vrai problème puisque j'arrive à obtenir cette entrée. Je vous mets ci-dessous un bout de code:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>library(GEOquery)
> gse<-getGEO("GSE2253",GSEMatrix=TRUE,destdir=".")
>gse<-gse[[1]]
>gse$label_ch1[1]
V2 
 
Levels:  According to Affymetrix protocol (biotin)

et c'est là que se trouve mon problème :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> is.na(gse$label_ch1[1])
   V2 
FALSE 
> is.null(gse$label_ch1[1])
[1] FALSE

Ce fichier GSE est un fichier texte, et dans la ligne qui correspond au label (!Sample_label_ch1) il n'y a pas de valeur rentrée. Du coup je suis bien embêtée puisque je travaille en fonction de cette valeur :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if(is.na(gse$label_ch1[1])){
    color<-"Non specified"
    } else {
    label<-gse$label_ch1[1]
    }

Si rien n'est dit sur le canal, j'indique qu'il n'est pas spécifié, sinon je donne la valeur en question. Et dans le cas de ce fichier, eh bien je me retrouve avec du vide

J'ai essayé de passer gse$label_ch1[1] avec as.character et de faire tourner le if avec un =="", mais ça ne fonctionne pas non plus.

Ça serait super si quelqu'un avait une idée pour m'aider ^^

Merci d'avance!

[ced]

Bonjour,
Si ce n'est ni NULL, ni NA, c'est peut-être une chaîne de caractères vide.
Que renvoie la fonction nchar(gse$label_ch1[1]) ?

[Marwai]

Salut

Merci pour ta réponse ^^. gse$label_ch1[1] est de type "numeric", du coup j'ai testé ceci:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> as.character(gse$label_ch1[1])
[1] ""
> nchar(as.character(gse$label_ch1[1]))
[1] 0

Mais du coup ça fonctionne pour ce que je veux faire:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if(nchar(as.character(gse$label_ch1[1]))==0){
    color<-"Non specified"
    } else {
    label<-gse$label_ch1[1]
    }

Dans ce cas là ça devrait fonctionner, alors qu'en laissant la variable en numeric la longueur n'était pas nulle et c'était une partie du problème

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> length(gse$label_ch1[1])
[1] 1

En tout cas merci beaucoup!!