Discussion :

[ealaterre]

Bonjour,

Je cherche à extraire des données avec la fonction read.FCS

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> sample<-read.FCS("fichier.fcs")
> exprs(sample)[1:5, c(3:6)]
     Comp-FL 1 Log Comp-FL 2 Log Comp-FL 4 Log pop
[1,]     16.233442      20.28909    738.504150    2    
[2,]     11.501602      33.27855     23.670496    3    
[3,]      6.176196      22.30803     10.153282    3    
[4,]      3.113504      19.23444      5.567299    0    
[5,]      5.931785      13.99984    203.251938    3

Je voudrai donc extraire les lignes où pop est égale à 3 par exemple.

J'ai essayé avec :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> exprs(sample)[sample$pop==3]
Erreur dans sample$pop == 3 : 
  comparaison (1) possible seulement pour les types liste et atomique

Si vous avez une petite idée, elle serait la bienvenue !

[Theta]

Essaye :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

exprs(sample)[exprs(sample)$pop==3,]

[ealaterre]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> exprs(sample)[exprs(sample)$pop==3,]
Erreur dans exprs(sample)$pop : $ operator is invalid for atomic vectors

J'ai contourné le problème en insérant mes données dans un fichier txt et je les relie avec read.table et là plus de problème. Pas très propre mais ça fonctionne...

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>write.table(exprs(sample), "out.txt", sep="\t", quote=FALSE)
>sample<-read.table("out.txt",sep="\t")
>pop<-sample[sample$pop==3,]