Discussion :

[angelbann]

Bonjour,

Je suis débutant sur R et je bute depuis plus d'une heure sur quelque chose de tout bête j'imagine...

J'ai importé une base de donnée en csv. Ce qui m'intéresse, c'est la colonne X4.2.Age. Le problème, c'est qu'à l'intérieur, il y a des données manquantes pour 3 personnes sur passé 900. Sauf erreur, mon problème devrait venir de là.

Code :

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# répertoire d'importation
setwd("C:/R/Travail final 2.0")
 
# importation du CSV (export excel) avec la Database totale
Database<-read.csv("BaseData.csv",header=TRUE,sep=";",na.strings="")
 
x=(X4.2.Age)
plot(x, main="Âge de l'échantillon",ylab="Effectif par âge",xlab="N=982 ")
 
text1=mean(x)
text2=median(x)
text(60, 140, paste(text1, "Moyenne"))
text(60, 130, paste(text1, "Médianne"))

Quand j'essaie de faire la moyenne ou la médiane, j'obtiens :

Code :

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Warning message:
In mean.default(x) :
  l'argument n'est ni numérique, ni logique : renvoi de NA

Même avec la fonction as.numeric ça ne passe pas.

Quelqu'un aurait une idée ?

[ced]

Bonjour,

Que renvoient str(Database) et str(x) ?

[angelbann]

Code :

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> str(x)
 Factor w/ 66 levels "11","12","13",..: 33 4 33 10 18 38 16 29 9 33 ...
> str(Database)
'data.frame':	984 obs. of  618 variables:

[jnacef]

Bonjour,

Je me trouve dans la même situation qu'angelbann. J'ai un tableau avec plusieurs colonnes mais elles n'ont pas toutes la même longueur et lorsque j'essaye de faire une moyenne ligne par ligne avec apply() il me renvoi le même message "l'argument n'est ni numérique, ni logique : renvoi de NA".

Code :

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file$MEAN<-apply(file,1,mean,na.rm=TRUE)

Personne n'a trouvé de solution ?

[Theta]

Un factor dans R ne sert pas à stocker des nombres mais des "catégories", de ce fait faire la moyenne n'a aucun sens.
Il faut donc convertir ces colonnes en un type plus adapté, par exemple en numeric avec as.numeric. Par contre les fonctions read.csv ou read.table sont censées déterminer quel est le type le plus adapté automatiquement, si elles y sont pas arrivé c'est surement qu'il y a un problème dans le fichier d'entrée (mauvais séparateur de décimale, données manquantes notées d'une façon inattendue etc.). Une fois le problème identifié il faut soit modifier le fichier d'entrée, soit paramétrer correctement read.csv.

[jnacef]

En fait, j'arrive très bien à manipuler mes données colonne par colonne donc le problème ne vient pas de mes fichiers de base ou de mon importation. De même en utilisant la fonction is.numeric() toutes les colonnes qui m'intéressent répondent "TRUE". Le problème ne vient pas de là, mais bien des NA.

J'ai utilisé la nouvelle fonction cbind.na() pour fusionner mes tableaux entre eux car comme ils n'ont pas la même longueur cbind() ne fonctionnait pas, grâce à la nouvelle fonction je peux les combiner car les valeurs manquantes sont remplacées par des NA. Mais je n'arrive pas à dire à R de ne pas considérer les NA ...

Code :

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> file<-(cbind.na(doc1,doc2,doc3))
> file$EVENT<-gl(5, 1, length=nrow(file), label=c("event1","event2","event3","event4","event5"))
> file$MEAN<-apply(file,1,mean,na.rm=TRUE)
There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50)
> warnings()
Messages d'avis :
1: In mean.default(newX[, i], ...) :
  l'argument n'est ni numérique, ni logique : renvoi de NA
2: In mean.default(newX[, i], ...) :
  l'argument n'est ni numérique, ni logique : renvoi de NA
 
 
...etc et ça continue 50 fois ...

[Theta]

Les NA ne posent aucun problème pour faire une moyenne :

Code :

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> x=c(1,2,NA)
> mean(x)
[1] NA
> mean(x,na.rm=T)
[1] 1.5

Le problème vient bien de ta variable qui est un factor :

Code :

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> str(x)
 Factor w/ 66 levels "11","12","13",..: 33 4 33 10 18 38 16 29 9 33 ...

[jnacef]

Quand j'utilise la fonction str() je vois qu'en effet mes variables ne sont pas considérées comme numériques mais comme "int". Pourtant lorsque j'utilise la fonction is.numeric() la réponse est TRUE ...

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> str(file)
'data.frame':	3599 obs. of  10 variables:
 $ TIME109: int  0 0 100 521759 521760 521763 522160 522161 526165 526165 ...
 $ TIME113: int  0 0 100 85787 85788 85793 86188 86189 90194 90194 ...
 $ TIME114: int  0 0 100 22610 22610 22616 23010 23011 27016 27016 ...
 $ TIME115: int  0 0 100 14281 14281 14284 14681 14682 18686 18686 ...
 $ TIME116: int  0 0 100 1335 1336 1338 1736 1737 5741 5741 ...
 $ TIME117: int  0 0 100 1021 1022 1023 1422 1423 5429 5429 ...
 $ TIME118: int  0 0 100 887 888 890 1288 1289 5293 5293 ...
 $ TIME119: int  0 0 100 561 562 564 962 963 4967 4967 ...
 $ EVENT  : Factor w/ 9 levels "event1","event2",..: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 1 ...
 $ MEAN   : num  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
 
> is.numeric(file$TIME109)
[1] TRUE
> is.numeric(file$TIME113)
[1] TRUE

Après le problème vient peut-être de ma colonne "EVENT" mais je ne vois pas comment dire à R de pas l'utiliser, ce ne sont même pas des nombres, et j'en ai fait un facteur exprès (chaque temps mesuré dans les colonnes "TIME" correspond à un évènement de la colonne "EVENT"). Ca me parait étrange qu'il y ai un problème à cause de ça.

[Theta]

Les int (entiers) sont un type particulier de numeric, pas de soucis là-dessus.

Quand tu fais :

Code :

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file$MEAN<-apply(file,1,mean,na.rm=TRUE)

Tu demandes une moyenne de chaque ligne de ta dataframe, sans enlever la colonne EVENT.

[jnacef]

Je pensais qu'en indiquant que la colonne EVENT est un facteur j'éviterais justement ce genre de problème. J'essaye d'exclure EVENT de ma formule mais ça ne semble pas changer grand chose

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> file$MEAN<-apply(file[,!(names(file)%in%c(file$EVENT))],1,mean,na.rm=TRUE)
There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50)
 
> warnings()
Messages d'avis :
1: In mean.default(newX[, i], ...) :
  l'argument n'est ni numérique, ni logique : renvoi de NA
2: In mean.default(newX[, i], ...) :
  l'argument n'est ni numérique, ni logique : renvoi de NA
 
... etc ...

Comment je peux exclure cette colonne ?

[Theta]

Code :

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file[,names(file)!="EVENT"]

[jnacef]

Super ça fonctionne
Merci