Discussion :

[ohlala]

Bonjour !

j'ai un projet en cours de programmation bioinformatique dans lequel nous devions réaliser un programme Python qui effectue un alignement local
entre deux sequences nucleotidiques.
j'ai réussi (tant bien que mal !) mais je n'arrive pas à le finaliser, nous devons faire en sorte de l'ordonner en chaine de 70nt ce que j'ai essayé de faire avec ça :

Z=0
caractereParLigne=70
while Z <= len(milieu):
print dessus[Z:Z+caractereParLigne]
print milieu[Z:Z+caractereParLigne]
print bas[Z:Z+caractereParLigne]
Z = 1+caractereParLigne

mais une fois que j'effectue le programme, ça me donne une boucle sans fin... est ce que quelqu'un peut m'aider svp ?

on doit aussi faire en sorte que le programme s'enregistre dans un fichier du choix de l'utilisateur, et je ne sais pas non plus comment faire.. si vous avez un tuyau je suis preneuse !

Merci beaucoup !

ps : vous l'aurez peut être remarqué mais je suis complètement débutante, je n'avais jamais fait de programmation avant ça.

[__dardanos__]

Salut ohlala !
Qu'est ce que c'est que les séquences nucléotidiques que tu as en entrées ? (fichiers, chaines ?)
Comment détermine-t-on qu'elles sont alignées ?
Et les objets dessus, milieu et bas que tu proposes, c'est quoi ?

[VinsS]

Salut,

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
 
Z = 1+caractereParLigne

Signifie que z est toujours égal à 71

Donc ...