Discussion :

[fabricen26]

Bonjour à vous,

Je désire calculer la fonction de survie d'un échantillon x avec R, et le tutoriel que j'ai vu m'indique ce code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
x=Surv(c(1,2,2,2,3,3,3,4,4,4,4),
      c(1,1,1,0,0,0,0,1,1,1,1))
survfit(x)

et quand j'exécute ce code, x est bien créé mais la fonction survfit me signale une erreur, à savoir :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
Erreur dans survfit(x) : 
  Survfit requires a formula or a coxph fit as the first argument.

J'aimerais savoir comment faire pour corriger cette erreur.

[Sengar]

Bonjour,

Il me semble que Surv permet juste de créer la variable à expliquer (survie ou mort) en tenant compte des censures.

Or survfit nécessite une formule du type:
variable à expliquer ~ facteur1 + facteur2 ...

Comme ici tu n'as pas l'air d'avoir de facteurs explicatifs (ou alors tu n'as rien dit), je te conseille de tester :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

survfit(x~1)

[arm3366]

C'est exact, la fonction Surv ne permet que la création de la variable de survie (ou objet survival). Une fois l'objet (survival) créé, tu pourras faire l'estimation de Kaplan-Meier en utilisant la fonction survfit.
Je pense que la façon dont vous avez utilisé la fonction Surv pose un problème, parce que c'est une fonction qui a besoin d'un indicateur logique d’événement ou statut (Vraie si l’événement a eu lieu, Faux sinon).
Essaye quelque chose qui ressemble à ça :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
My.data <- data.frame(z=c(1,2,2,2,3,3,3,4,4,4,4),status=c(1,1,1,0,0,0,0,1,1,1,1))
My.result <- survfit(Surv(My.data$z, My.data$status == 1)~1, data=My.data)