Pooler les coordonnées

**Isabella83** · 31/01/2013, 16h07

Ok mais je n'arrive pas à avoir ce que je souhaite (avec un hash ou un tableau).
J'ai essayé comme ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
my %hash;
my ($current_start,$current_stop,$current_chr);
my $infile=shift or die "give me a infile\n";
open (IN,"$infile");
my $i=1;
 
while(<IN>){
	if( $_ !~ m/^$/){
	chomp;
	my($chr,$start,$stop,$id,$nb,$sens)=split /\t/,$_;
	if($i==1){
		$current_chr=$chr;
		$current_start = $start;
		$current_stop = $stop;
	}
	else{
		if(($chr eq "$current_chr")&& ($start-$current_stop<=15)){
			$current_stop = $stop;
 
		}
 
 
		elsif (($chr eq "$current_chr") && $start-$current_stop>=15 ){
			push(@{$hash{$current_chr}->{'coord'}},$current_start);
			push(@{$hash{$current_chr}->{'coord'}},$current_stop);
			#print "$current_chr\t$current_start\t$current_stop\n";
			$current_start = $start;
			$current_stop = $stop;
 
		}
		else{
			$current_chr=$chr;
			$current_start = $start;
			$current_stop = $stop;
		}
 
 
 
	}
	$i++;
	}
 
}
push(@{$hash{$current_chr}->{'coord'}},$current_stop);
push(@{$hash{$current_chr}->{'coord'}},$current_start);
#print "$current_chr\t$current_start\t$current_stop\n";
 
foreach my $value (keys %hash){
	print "$value\t@{$hash{$value}->{'coord'}}\n"
 
 
}

Mais je n'arrive pas à gérer le cas ou l'on change de chromosome, il faut que je reinisialise mes valeurs et que je recommence avec l'histoire des 15 nt, mais comment puis je faire ??

**trex7g2** · 31/01/2013, 16h16

Si ton $i ne te sert pas à autre chose que pour initialiser, change de fonction de test (incrémenter une valeur 10 000 fois est pas forcément top...)

A la place fais un test pour voir si tu changes de chromosome :

Code perl :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if($chr eq $current_chr){
    ##instruction quand tu ne changes pas de chromosome
}
else{
    $current_chr=$chr;
    $current_start = $start;
    $current_stop = $stop;
}

De cette façon, tu seras dans le "else" a chaque changement de chromosome.

ps : tu auras surement une valeur non initialisés si tu laisses $current_chr vide à l'initialisation..

**Isabella83** · 31/01/2013, 16h27

quelle genre de test pour mon $i ?

j'ai fait comme ceci, mais ca ne me retourne pas la bonne chose non plus :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
my %hash;
my ($current_start,$current_stop,$current_chr);
my $infile=shift or die "give me a infile\n";
open (IN,"$infile");
my $i=1;
 
while(<IN>){
	if( $_ !~ m/^$/){
	chomp;
	my($chr,$start,$stop,$id,$nb,$sens)=split /\t/,$_;
	if($i==1){
		$current_chr=$chr;
		$current_start = $start;
		$current_stop = $stop;
	}
	if($chr eq $current_chr){
		if($start-$current_stop<=15){
			$current_stop = $stop;
 
		}
 
 
		else{
			push(@{$hash{$current_chr}->{'coord'}},$current_start);
			push(@{$hash{$current_chr}->{'coord'}},$current_stop);
			#print "$current_chr\t$current_start\t$current_stop\n";
			$current_start = $start;
			$current_stop = $stop;
 
		}
	}
	else{
		$current_chr=$chr;
		$current_start = $start;
		$current_stop = $stop;
 
	}
 
 
 
	}
	$i++;
 
 
}
push(@{$hash{$current_chr}->{'coord'}},$current_stop);
push(@{$hash{$current_chr}->{'coord'}},$current_start);
#print "$current_chr\t$current_start\t$current_stop\n";
 
foreach my $value (keys %hash){
	print "$value\t@{$hash{$value}->{'coord'}}\n"
 
 
}

ce qui me retourne :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

chr2	2102 2119 2401 2400

**Gardyen** · 31/01/2013, 16h29

euh... et ceci ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my ($current_chr, $current_start, $current_end);
open(IN, "test.txt");
while(<IN>){
	chomp;
	my ($chr, $start, $end) = split /\t/;
	if (!defined $end) {
		next;
	}
	if (!$current_start) {
		# first line
		($current_chr, $current_start, $current_end) = ($chr, $start, $end);
	} elsif($current_chr eq $chr && $start - $current_end <= 15) {
		# include coordinates
		$current_end = $end;
	} else {
		# too far, reset coordinates
		print "$current_chr\t$current_start\t$current_end\n";
		($current_chr, $current_start, $current_end) = ($chr, $start, $end);
	}
}
# print the last coordinates
print "$current_chr\t$current_start\t$current_end\n";
close(IN);

bien sur cela suppose que le fichier d'entrée est trié par chromosome et position

**Isabella83** · 31/01/2013, 16h30

ah oui ca marche super ! merci beaucoup !

**trex7g2** · 31/01/2013, 16h35

Oui imprimer à la volée est une bonne idée (si tu n'as pas besoin de t'en reservir)

**Gardyen** · 31/01/2013, 16h38

imprimer à la volée, créer une chaîne de caractères et la stocker dans un tableau, utiliser un hash... ce ne sont que des façons de stocker l'info, après il suffit d'utiliser celle qui correspond à nos besoins

Pooler les coordonnées

Langage Perl

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