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  1. #1
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    Par défaut probleme update python

    Bonjour,
    j'utilisais python 2.6 jusqu'à maintenant avec une librairie nommée "biopython" pour faire de la bioinformatique.
    J'ai du installer python 2.7, ce qui fait que dans mon /usr/bin j'ai :
    Code :
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    12
    ll /usr/bin/ | grep python
    lrwxrwxrwx  1 root   root          58 2012-07-15 21:21 install-package -> ../share/python-support/install-package/install-package.py*
    lrwxrwxrwx  1 root   root          23 2012-10-22 13:58 pdb2.6 -> ../lib/python2.6/pdb.py*
    lrwxrwxrwx  1 root   root          23 2012-12-13 19:17 pdb3.1 -> ../lib/python3.1/pdb.py*
    lrwxrwxrwx  1 root   root           9 2012-12-19 18:44 python -> python2.6*
    lrwxrwxrwx  1 root   root           9 2012-02-03 16:55 python2 -> python2.6*
    -rwxr-xr-x  1 root   root     2617584 2012-10-02 00:32 python2.6*
    -rwxr-xr-x  1 root   root        1452 2012-10-02 00:32 python2.6-config*
    lrwxrwxrwx  1 root   root           9 2012-12-13 19:17 python3 -> python3.1*
    -rwxr-xr-x  1 root   root     2849768 2012-10-23 22:47 python3.1*
    lrwxrwxrwx  1 root   root          16 2012-06-05 09:56 python-config -> python2.6-config*
    lrwxrwxrwx  1 root   root          29 2012-02-03 16:55 pyversions -> ../share/python/pyversions.py*
    Le problème étant que dans python 2.6 j'arrive à importer ma libraire Biopython :
    Code :
    1
    2
    >>> from Bio import SeqIO
    >>>
    mais dans python 2.7 je n'y arrive pas :
    Code :
    1
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    3
    4
    5
    >>> from Bio import SeqIO
    Traceback (most recent call last):
      File "<stdin>", line 1, in <module>
    ImportError: No module named Bio
    >>>
    Que dois je fais pour que ma librairie fonctionnelle dans une version antérieure de python, le devienne également avec la version d'après ?
    En remerciant tous les contributeurs de ce forum pour leur gentillesse d'aider les noobs comme moi !
    M.

  2. #2
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    Par défaut

    Tu réinstalles biopython, tu télécharges le tar.gz, tu l'extraits, tu suis les instructions et c'est reparti...

    Autre solution plus risquée, tu vas dans /usr/lib/python2.6, tu recherches le dossier biopython et tu le copies dans /usr/lib/python2.7 sachant que biopython est prévu de fonctionner de la version 2.5 à 3.x

    Bon courage...
    Celui qui trouve sans chercher est celui qui a longtemps cherché sans trouver.(Bachelard)
    La connaissance s'acquiert par l'expérience, tout le reste n'est que de l'information.(Einstein)

  3. #3
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    Par défaut

    oui oui, ça a marché, je pensais qu'il existait une méthode évitant de réinstaller une chose déjà installée sans que cela ne soit trop risqué, mais en effet, ça fait parfaitement l'affaire.
    Merci beaucoup!

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