1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189
| Filtrage_donnees_unique<-function(x)
{fich=dir("C:/Users/Charlotte/Desktop/essai","*.csv")
fich
nb_fichier=length(fich)
for (y in 1:nb_fichier){
Tableau1=read.table(fich[y], sep=";", header=T, dec=",")
print(fich[y])
nbligneTab1=nrow(Tableau1)
nbcolTab1=ncol(Tableau1)
#Tableau1 est le tableau des données brutes
#Ici on va enlever le blanc au tableau1 pour obtenir le Tableau2
borne_sup_B1=winDialogString("Précisez le temps de blanc pré-analyse","")
borne_sup_B1=as.numeric(borne_sup_B1)
A=0 ##A est la dernière valeur du blanc B1
for(i in 1:nbligneTab1){
if(Tableau1[i,1]<borne_sup_B1){
A=A+1
}
}
Tableau2_prov=Tableau1[-(1:A),]
nbligneTab2_prov=nrow(Tableau2_prov)
nbcolTab2_prov=ncol(Tableau2_prov)
##Tableau2_prov = Tableau provisoire en enlevant le blanc pré-analyse
TableauBlanc=Tableau1[1:A,]
nbligneTabBlanc=nrow(TableauBlanc)
nbcolTabBlanc=ncol(TableauBlanc)
##TableauBlanc =Tableau avec uniquement les valeurs du blanc pré-analyse
##M= moyenne du blanc 1,calculé sur le TableauBlanc
##LOD= 3*ecart-type du Blanc 1, calculé sur le TableauBlanc
TableauResum=matrix(0,nrow=2,ncol=nbcolTab1,dimnames=list(c("moyenne","LOD"),colnames(Tableau1[,1:nbcolTab1])))
TableauResum=TableauResum[,-1]
for (i in 1:nbcolTabBlanc){
M=mean(TableauBlanc[,i])
LOD=3*sd(TableauBlanc[,2])
TableauResum[1,i-1]=M
TableauResum[2,i-1]=LOD
}
Tableau2=Tableau2_prov
## Tableau2 = Tableau2 provisoir-moyenne blanc (!! j-1 car colonnes décalées)
for (j in 2:nbcolTab2_prov) {
for (i in 1:nbligneTab2_prov) {
Tableau2[i,j]=Tableau2_prov[i,j]-TableauResum[1,j-1]}
}
nbligneTab2=nrow(Tableau2)
nbcolTab2=ncol(Tableau2)
##PLOT du Tableau 2
colonne_calcium2=match("Ca43.LR.",names(Tableau2))
colonne_temps2=match("Temps",names(Tableau2))
plot(Tableau2$Temps,Tableau2[,colonne_calcium2],xlab= "Temps (sec)", ylab= "cps")
title(main="Courbe du ca")
##Choix de la limite inférieure du plateau
N_point_limite_Ca_analyse_inf=identify(Tableau2$Temps,Tableau2[,colonne_calcium2],labels=Tableau2$Temps,n=1)
limite_Ca_analyse_inf=Tableau2[N_point_limite_Ca_analyse_inf,colonne_calcium2]
limite_temps_analyse_inf=Tableau2[N_point_limite_Ca_analyse_inf,colonne_temps2]
limite_Ca_analyse_inf
limite_temps_analyse_inf
##Choix de la limite supérieure du plateau
N_point_limite_Ca_analyse_sup=identify(Tableau2$Temps,Tableau2[,colonne_calcium2],labels=Tableau2$Temps,n=1)
limite_Ca_analyse_sup=Tableau2[N_point_limite_Ca_analyse_sup,colonne_calcium2]
limite_temps_analyse_sup=Tableau2[N_point_limite_Ca_analyse_sup,colonne_temps2]
limite_Ca_analyse_sup
limite_temps_analyse_sup
##Vérification des autres éléments
##plot des autres éléments en layout:
label_bornglobal_inf_final=N_point_limite_Ca_analyse_inf
label_bornglobal_sup_final=N_point_limite_Ca_analyse_sup
print(N_point_limite_Ca_analyse_inf)
print(N_point_limite_Ca_analyse_sup)
winDialog("ok","Vérification des plateaux")
B=nbcolTab2-2
for(j in B:nbcolTab2) {
x11()
plot(Tableau2$Temps,Tableau2[,j],xlab= "Temps (sec)", ylab= "cps", col=ifelse(Tableau2$Temps<limite_temps_analyse_inf|Tableau2$Temps>limite_temps_analyse_sup,"red","green"))
mtext(colnames(Tableau2)[j],side=3,line=0.5)
winDialog("ok",paste("Vérification du plateau",colnames(Tableau2)[j]))
#Approbation limite inférieure
A=winDialog("yesno","La borne inférieure est-elle exacte ?")
label_bornglobal_inf_provisoire=N_point_limite_Ca_analyse_inf
if (A=="NO")
{label_bornglobal_inf_provisoire=identify(Tableau2$Temps,Tableau2[,j],labels=Tableau2$Temps,n=1)
if (label_bornglobal_inf_provisoire<label_bornglobal_inf_final){label_bornglobal_inf_final=label_bornglobal_inf_provisoire}
print(label_bornglobal_inf_final)
graphics.off()
x11()
limite_temps_analyse_sup=Tableau2[label_bornglobal_sup_final,colonne_temps2]
limite_temps_analyse_inf=Tableau2[label_bornglobal_inf_final,colonne_temps2]
plot(Tableau2$Temps,Tableau2[,j],xlab= "Temps (sec)", ylab= "cps", col=ifelse(Tableau2$Temps<limite_temps_analyse_inf|Tableau2$Temps>limite_temps_analyse_sup,"red","green"),)
mtext(colnames(Tableau2)[j],side=3,line=0.5)
C=winDialog("yesno","Cela vous convient-il ?")
if (C=="NO"){print("faire quelque chose")}
}
#Approbation limite supérieure
A=winDialog("yesno","La borne supérieure est-elle exacte ?")
label_bornglobal_sup_provisoire=N_point_limite_Ca_analyse_sup
if (A=="NO")
{label_bornglobal_sup_provisoire=identify(Tableau2$Temps,Tableau2[,j],labels=Tableau2$Temps,n=1)
if (label_bornglobal_sup_provisoire<label_bornglobal_sup_final){label_bornglobal_sup_final=label_bornglobal_sup_provisoire}
print(label_bornglobal_sup_final)
graphics.off()
x11()
limite_temps_analyse_sup=Tableau2[label_bornglobal_sup_final,colonne_temps2]
limite_temps_analyse_inf=Tableau2[label_bornglobal_inf_final,colonne_temps2]
plot(Tableau2$Temps,Tableau2[,j],xlab= "Temps (sec)", ylab= "cps", col=ifelse(Tableau2$Temps<limite_temps_analyse_inf|Tableau2$Temps>limite_temps_analyse_sup,"red","green"),)
mtext(colnames(Tableau2)[j],side=3,line=0.5)
C=winDialog("yesno","Cela vous convient-il ?")
if (C=="NO"){print("faire quelque chose")}
}
graphics.off()
}
##Tableau3_prov sera le tableau contenant uniquement les valeur du plateau sans avoir été comparées à la LOD
##attention à ne pas supprimer une valeur du plateau acceptable => +1 et -1 pour les bornes de l'intervalle
colonne_temps2=match("Temps",names(Tableau2))
limite_temps_analyse_inf=Tableau2[label_bornglobal_inf_final,colonne_temps2]
limite_temps_analyse_sup=Tableau2[label_bornglobal_sup_final,colonne_temps2]
print(paste("limite inférieure plateau:",limite_temps_analyse_inf))
print(paste("limite supérieure plateau:",limite_temps_analyse_sup))
Tableau3_prov=Tableau2[-c((1:label_bornglobal_inf_final-1),(label_bornglobal_sup_final+1:nbligneTab2)),]
nbligneTab3_prov=nrow(Tableau3_prov)
nbcolTab3_prov=ncol(Tableau3_prov)
## Comparer les valeurs du Tableau 3_prov à la LOD pour créer le tableau final: Tableau 3 (sans le blanc pré-analyse et en ayant enlever la moyenne du blanc avec comparaison à la LOD)
Tableau3=Tableau3_prov
for (j in 2:nbcolTab3_prov) {
for (i in 1:nbligneTab3_prov) {
if (Tableau3_prov[i,j]<TableauResum[2,j-1]){Tableau3[i,j]=0}
else{Tableau3[i,j]=Tableau3_prov[i,j]}
}
}
nbligneTab3=nrow(Tableau3)
nbcolTab3=ncol(Tableau3)
##plot du plateau
colonne_calcium3=match("Ca43.LR.",names(Tableau3))
colonne_Temps3=match("Temps",names(Tableau3))
plot(Tableau3$Temps,Tableau3[,colonne_calcium3],xlab= "Temps (sec)", ylab= "cps")
#Redresser si dérive
Regression=lm(Tableau3$Temps~Tableau3[,colonne_calcium3], data=Tableau3)
p.value=summary(Regression)[[4]][2,4]
print(p.value)
## Ici le tableau 3 sera modifié si et seulement si il existe de la dérive
if (p.value<0.05){winDialog("ok","Dérive observée p.value < 0.05 \nCorrection de la dérive")
Tableau_derive=Tableau3
colonne_calcium3=match("Ca43.LR.",names(Tableau3))
colonne_temps3=match("Temps",names(Tableau3))
for (i in 2:nbcolTab3){
for (j in 1:nbligneTab3){
Tableau_derive[j,i]=Tableau3[j,i]/Tableau3[j,colonne_calcium3]*Tableau3[1,colonne_calcium3]
}
}
Tableau3=Tableau_derive}
# detection des anomalies
#TableauResum est le tableau de M et LOD du plateau (Tableau 3)
TableauResum=matrix(0,nrow=2,ncol=nbcolTab3,dimnames=list(c("moyenne","LOD"),colnames(Tableau3[,1:nbcolTab3])))
TableauResum=TableauResum[,-1]
plot(Tableau3$Temps,Tableau3[,colonne_calcium3],xlab= "Temps (sec)", ylab= "cps")
for (i in 2:nbcolTab3){
M=mean(Tableau3[,i])
LOD=3*sd(Tableau3[,i])
TableauResum[1,i-1]=M
TableauResum[2,i-1]=LOD
plot(Tableau3$Temps,Tableau3[,i],xlab= "Temps (sec)", ylab= "cps")
title(main=names(Tableau3)[i])
#abline(TableauResum[1,i-1],0, col="red")
}
}
return(paste(fich[y],".txt"))
} |
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