Message incomprehensible (pour moi)

[charlottes]

Dans une boucle où je demande de faire des plots avec des lines...R ne me sort pas les courbes mais le message d'erreur suivant:

Erreur dans gzfile(file, "wb") : impossible d'ouvrir la connexion
De plus : Message d'avis :
In gzfile(file, "wb") :
impossible d'ouvrir le fichier compressé 'C:/Users/CHARLO~1/AppData/Local/Temp/RtmpiMGzl5/rs-graphics-f3666113-b2ff-4741-8ad7-ff376c493e11/ef1bc75d-dbb1-4d87-b813-537e8c55ad91.snapshot', cause probable : 'No such file or directory'
Graphics error: Erreur dans gzfile(file, "wb") : impossible d'ouvrir la connexion

Est-ce que quelqu'un aurait une idée de ce que R veut me dire ?
Merci d'avance,

CHa.

[A. D.]

Bonjour,

Vous serait-il possible de poster le code associé à cette erreur ?

De plus, est-ce que la réalisation d'un graphique "classique" (par exemple avec le code ci-dessous) se passe bien ?

Code :

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x<-rnorm(10)
y<-3*x+5
plot(x,y)
lines(x,y)

Cordialement,

A.D.

[charlottes]

Merci beaucoup pour votre réponse.

Effectivement j'ai essayé de ploter des données simples, et ça ne marche pas. Ce ne sont donc pas mes tableaux qui sont en cause.
Je vous poste mon script, à savoir que je suis autodidacte et que le code ne doit pas être très joli

Code :

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Filtrage_donnees_unique<-function(x)
{fich=dir("C:/Users/Charlotte/Desktop/essai","*.csv")
 fich
 nb_fichier=length(fich)
 for (y in 1:nb_fichier){
   Tableau1=read.table(fich[y], sep=";", header=T, dec=",")
   print(fich[y])
   nbligneTab1=nrow(Tableau1)
   nbcolTab1=ncol(Tableau1)
   #Tableau1 est le tableau des données brutes
   
   #Ici on va enlever le blanc au tableau1 pour obtenir le Tableau2
   borne_sup_B1=winDialogString("Précisez le temps de blanc pré-analyse","")
   borne_sup_B1=as.numeric(borne_sup_B1)
   
   A=0 ##A est la dernière valeur du blanc B1
   for(i in 1:nbligneTab1){
     if(Tableau1[i,1]<borne_sup_B1){
       A=A+1
     }
   }
   
   Tableau2_prov=Tableau1[-(1:A),]
   nbligneTab2_prov=nrow(Tableau2_prov)
   nbcolTab2_prov=ncol(Tableau2_prov)
   ##Tableau2_prov = Tableau provisoire en enlevant le blanc pré-analyse
   
   TableauBlanc=Tableau1[1:A,]
   nbligneTabBlanc=nrow(TableauBlanc)
   nbcolTabBlanc=ncol(TableauBlanc)
   ##TableauBlanc =Tableau avec uniquement les valeurs du blanc pré-analyse
   
   ##M= moyenne du blanc 1,calculé sur le TableauBlanc
   ##LOD= 3*ecart-type du Blanc 1, calculé sur le TableauBlanc
   TableauResum=matrix(0,nrow=2,ncol=nbcolTab1,dimnames=list(c("moyenne","LOD"),colnames(Tableau1[,1:nbcolTab1])))
   TableauResum=TableauResum[,-1]
   
   for (i in 1:nbcolTabBlanc){
     M=mean(TableauBlanc[,i])
     LOD=3*sd(TableauBlanc[,2])
     TableauResum[1,i-1]=M
     TableauResum[2,i-1]=LOD
   }
   Tableau2=Tableau2_prov
   ## Tableau2 = Tableau2 provisoir-moyenne blanc (!! j-1 car colonnes décalées)
   for (j in 2:nbcolTab2_prov) {
     for (i in 1:nbligneTab2_prov) {
       Tableau2[i,j]=Tableau2_prov[i,j]-TableauResum[1,j-1]}
   }
   nbligneTab2=nrow(Tableau2)
   nbcolTab2=ncol(Tableau2)
   
   ##PLOT du Tableau 2
   colonne_calcium2=match("Ca43.LR.",names(Tableau2))
   colonne_temps2=match("Temps",names(Tableau2))
   plot(Tableau2$Temps,Tableau2[,colonne_calcium2],xlab= "Temps (sec)", ylab= "cps")
   title(main="Courbe du ca")
   
   ##Choix de la limite inférieure du plateau
   
   N_point_limite_Ca_analyse_inf=identify(Tableau2$Temps,Tableau2[,colonne_calcium2],labels=Tableau2$Temps,n=1)
   limite_Ca_analyse_inf=Tableau2[N_point_limite_Ca_analyse_inf,colonne_calcium2]
   limite_temps_analyse_inf=Tableau2[N_point_limite_Ca_analyse_inf,colonne_temps2]
   limite_Ca_analyse_inf
   limite_temps_analyse_inf
   
   ##Choix de la limite supérieure du plateau
   N_point_limite_Ca_analyse_sup=identify(Tableau2$Temps,Tableau2[,colonne_calcium2],labels=Tableau2$Temps,n=1)
   limite_Ca_analyse_sup=Tableau2[N_point_limite_Ca_analyse_sup,colonne_calcium2]
   limite_temps_analyse_sup=Tableau2[N_point_limite_Ca_analyse_sup,colonne_temps2]
   limite_Ca_analyse_sup
   limite_temps_analyse_sup
   
   ##Vérification des autres éléments
   
   ##plot des autres éléments en layout:
   label_bornglobal_inf_final=N_point_limite_Ca_analyse_inf
   label_bornglobal_sup_final=N_point_limite_Ca_analyse_sup
   print(N_point_limite_Ca_analyse_inf)
   print(N_point_limite_Ca_analyse_sup)
   
   winDialog("ok","Vérification des plateaux")
   B=nbcolTab2-2
   for(j in B:nbcolTab2) {
     x11()
     plot(Tableau2$Temps,Tableau2[,j],xlab= "Temps (sec)", ylab= "cps", col=ifelse(Tableau2$Temps<limite_temps_analyse_inf|Tableau2$Temps>limite_temps_analyse_sup,"red","green"))
     mtext(colnames(Tableau2)[j],side=3,line=0.5)
     winDialog("ok",paste("Vérification du plateau",colnames(Tableau2)[j]))
     #Approbation limite inférieure
     A=winDialog("yesno","La borne inférieure est-elle exacte ?")
     label_bornglobal_inf_provisoire=N_point_limite_Ca_analyse_inf
     if (A=="NO")
     {label_bornglobal_inf_provisoire=identify(Tableau2$Temps,Tableau2[,j],labels=Tableau2$Temps,n=1)
      if (label_bornglobal_inf_provisoire<label_bornglobal_inf_final){label_bornglobal_inf_final=label_bornglobal_inf_provisoire}
      print(label_bornglobal_inf_final)
      graphics.off()
      x11()
      limite_temps_analyse_sup=Tableau2[label_bornglobal_sup_final,colonne_temps2]
      limite_temps_analyse_inf=Tableau2[label_bornglobal_inf_final,colonne_temps2]
      plot(Tableau2$Temps,Tableau2[,j],xlab= "Temps (sec)", ylab= "cps", col=ifelse(Tableau2$Temps<limite_temps_analyse_inf|Tableau2$Temps>limite_temps_analyse_sup,"red","green"),)
      mtext(colnames(Tableau2)[j],side=3,line=0.5)
      C=winDialog("yesno","Cela vous convient-il ?")
      if (C=="NO"){print("faire quelque chose")}
     }
     
     #Approbation limite supérieure
     A=winDialog("yesno","La borne supérieure est-elle exacte ?")
     label_bornglobal_sup_provisoire=N_point_limite_Ca_analyse_sup
     if (A=="NO")
     {label_bornglobal_sup_provisoire=identify(Tableau2$Temps,Tableau2[,j],labels=Tableau2$Temps,n=1)
      if (label_bornglobal_sup_provisoire<label_bornglobal_sup_final){label_bornglobal_sup_final=label_bornglobal_sup_provisoire}
      print(label_bornglobal_sup_final)
      graphics.off()
      x11()
      limite_temps_analyse_sup=Tableau2[label_bornglobal_sup_final,colonne_temps2]
      limite_temps_analyse_inf=Tableau2[label_bornglobal_inf_final,colonne_temps2]
      plot(Tableau2$Temps,Tableau2[,j],xlab= "Temps (sec)", ylab= "cps", col=ifelse(Tableau2$Temps<limite_temps_analyse_inf|Tableau2$Temps>limite_temps_analyse_sup,"red","green"),)
      mtext(colnames(Tableau2)[j],side=3,line=0.5)
      C=winDialog("yesno","Cela vous convient-il ?")
      if (C=="NO"){print("faire quelque chose")}
     }
     graphics.off()
     
   }
   
   ##Tableau3_prov sera le tableau contenant uniquement les valeur du  plateau sans avoir été comparées à la LOD
   ##attention à ne pas supprimer une valeur du plateau acceptable => +1 et -1 pour les bornes de l'intervalle
   colonne_temps2=match("Temps",names(Tableau2))
   limite_temps_analyse_inf=Tableau2[label_bornglobal_inf_final,colonne_temps2]
   limite_temps_analyse_sup=Tableau2[label_bornglobal_sup_final,colonne_temps2]
   print(paste("limite inférieure plateau:",limite_temps_analyse_inf))
   print(paste("limite supérieure plateau:",limite_temps_analyse_sup))
   Tableau3_prov=Tableau2[-c((1:label_bornglobal_inf_final-1),(label_bornglobal_sup_final+1:nbligneTab2)),]
   nbligneTab3_prov=nrow(Tableau3_prov)
   nbcolTab3_prov=ncol(Tableau3_prov)
   
   ## Comparer les valeurs du Tableau 3_prov à la LOD pour créer le tableau final: Tableau 3 (sans le blanc pré-analyse et en ayant enlever la moyenne du blanc avec comparaison à la LOD)
   Tableau3=Tableau3_prov
   for (j in 2:nbcolTab3_prov) {
     for (i in 1:nbligneTab3_prov) {
       if (Tableau3_prov[i,j]<TableauResum[2,j-1]){Tableau3[i,j]=0}
       else{Tableau3[i,j]=Tableau3_prov[i,j]}
     }
   }
   
   
   
   nbligneTab3=nrow(Tableau3)
   nbcolTab3=ncol(Tableau3)   
   
   ##plot du plateau
   colonne_calcium3=match("Ca43.LR.",names(Tableau3))
   colonne_Temps3=match("Temps",names(Tableau3))
   plot(Tableau3$Temps,Tableau3[,colonne_calcium3],xlab= "Temps (sec)", ylab= "cps")
   
   #Redresser si dérive
   Regression=lm(Tableau3$Temps~Tableau3[,colonne_calcium3], data=Tableau3)
   p.value=summary(Regression)[[4]][2,4]
   print(p.value)
   ## Ici le tableau 3 sera modifié si et seulement si il existe de la dérive
   if (p.value<0.05){winDialog("ok","Dérive observée p.value < 0.05 \nCorrection de la dérive")
                     Tableau_derive=Tableau3
                     colonne_calcium3=match("Ca43.LR.",names(Tableau3))
                     colonne_temps3=match("Temps",names(Tableau3))
                     for (i in 2:nbcolTab3){
                       for (j in 1:nbligneTab3){
                         Tableau_derive[j,i]=Tableau3[j,i]/Tableau3[j,colonne_calcium3]*Tableau3[1,colonne_calcium3]
                       }
                     }
                     Tableau3=Tableau_derive}
   
   # detection des anomalies
   #TableauResum est le tableau de M et LOD du plateau (Tableau 3)
   TableauResum=matrix(0,nrow=2,ncol=nbcolTab3,dimnames=list(c("moyenne","LOD"),colnames(Tableau3[,1:nbcolTab3])))
   TableauResum=TableauResum[,-1]
   plot(Tableau3$Temps,Tableau3[,colonne_calcium3],xlab= "Temps (sec)", ylab= "cps")
   
   for (i in 2:nbcolTab3){
     M=mean(Tableau3[,i])
     LOD=3*sd(Tableau3[,i])
     TableauResum[1,i-1]=M
     TableauResum[2,i-1]=LOD
     plot(Tableau3$Temps,Tableau3[,i],xlab= "Temps (sec)", ylab= "cps")
     title(main=names(Tableau3)[i])
     #abline(TableauResum[1,i-1],0, col="red")
   }
  }
return(paste(fich[y],".txt"))
}

Le bug se situe au niveau de la dernière boucle au niveau du plot.
De mon coté, j'essaie de rajouter un x11() pour rouvrir une fenêtre graphique pour voir si ça peut aider.
Merci beaucoup de votre aide !

[charlottes]

Le x11() ajouté avant les plots au niveau de la dernière boucle font apparaitre les courbes, c'est déjà un bon point. Mais les messages d'erreurs subsistent !
Que faire ?

Merci encore d'avance,

Cha.

[vchouraki]

Bonjour,

Dur de dire sans pouvoir faire tourner le code chez soi. Si R vous dit qu'il n'a pas trouvé un fichier, c'est une erreur de lecture (dir ou read.table ?) ou d'écriture (je n'en ai pas vu dans votre code). Après, le fichier en question est dans un répertoire temporaire, donc peut-être est-ce un des résultats que vous affichez (graphes?) qui pose problème. Essayez de mettre des print partout pour identifier exactement dans quelle partie ça plante...

Sinon

Code :

1
2
?debug
?traceback

et

http://google-styleguide.googlecode....e-r-style.html

HTH

Vincent