problème tableau de structure

**alaninho** · 24/08/2012, 11h30

Bonjour,

j'aimerai faire un tableau de struct, mais j'ai du mal.

voici ma struct :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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typedef struct _R_{
	char * ID;
	char * seq;
	char * qualite;
}Read;

j'aimerai faire une fonction qui me rempli le tableau de struct et donc la struct en même temps. Une fois le tableau rempli, elle me renvoie le tableau de struct. Voici ma fonction :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Read * lireFastq(char * file, int taille){
	char phrase[36]; 
	char * read;
	Read * tabRead = (Read*)malloc(1000*sizeof(Read));
	FILE *f = fopen(file, "r");
	int i=0;
	int retour;
	int bonId;
	int bonQualite;
	regex_t preg;
	if(f!=NULL){
		while (fgets(phrase, 36, f) != NULL){ 
			regcomp(&preg, "^@", REG_EXTENDED | REG_NOSUB);
			bonId=regexec(&preg, phrase, 0, 0, 0);
			if(!bonId){
				read=substring(phrase, 0, strlen(phrase)-1);
				tabRead[i].ID=read+1;
				printf("id : %s\n", read+1);
			}
			regcomp(&preg, "^[A-Z]{35}", REG_EXTENDED | REG_NOSUB);
			retour=regexec(&preg, phrase, 0, 0, 0);
			if(!retour){
				read=substring(phrase, 0, taille);
				tabRead[i].seq=read;
				printf("seq : %s\n", read);
			}
			regcomp(&preg, "^[A-Z]{10}@@@", REG_EXTENDED | REG_NOSUB);
			bonQualite=regexec(&preg, phrase, 0, 0, 0);
			if(!bonQualite){
				printf("qualite : %s\n", phrase);
				tabRead[i].qualite=phrase;
			}
			i++;
			tabRead[i]=r;
		}
		fclose(f);
	}
	else{
		printf("Impossible d'ouvrir le fichier %s.\n", file);
	}
	return tabRead;
}

Ceci me renvoie une erreur de segmentation.

merci.

Alaninho

**Kaamui** · 24/08/2012, 11h46

Envoyé par alaninho

Bonjour,

j'aimerai faire un tableau de struct, mais j'ai du mal.

voici ma struct :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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typedef struct _R_{
	char * ID;
	char * seq;
	char * qualite;
}Read;

j'aimerai faire une fonction qui me rempli le tableau de struct et donc la struct en même temps. Une fois le tableau rempli, elle me renvoie le tableau de struct. Voici ma fonction :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Read * lireFastq(char * file, int taille){
	char phrase[36]; 
	char * read;
	Read * tabRead = (Read*)malloc(1000*sizeof(Read));
	FILE *f = fopen(file, "r");
	int i=0;
	int retour;
	int bonId;
	int bonQualite;
	regex_t preg;
	if(f!=NULL){
		while (fgets(phrase, 36, f) != NULL){ 
			regcomp(&preg, "^@", REG_EXTENDED | REG_NOSUB);
			bonId=regexec(&preg, phrase, 0, 0, 0);
			if(!bonId){
				read=substring(phrase, 0, strlen(phrase)-1);
				tabRead[i].ID=read+1;
				printf("id : %s\n", read+1);
			}
			regcomp(&preg, "^[A-Z]{35}", REG_EXTENDED | REG_NOSUB);
			retour=regexec(&preg, phrase, 0, 0, 0);
			if(!retour){
				read=substring(phrase, 0, taille);
				tabRead[i].seq=read;
				printf("seq : %s\n", read);
			}
			regcomp(&preg, "^[A-Z]{10}@@@", REG_EXTENDED | REG_NOSUB);
			bonQualite=regexec(&preg, phrase, 0, 0, 0);
			if(!bonQualite){
				printf("qualite : %s\n", phrase);
				tabRead[i].qualite=phrase;
			}
			i++;
			tabRead[i]=r;
		}
		fclose(f);
	}
	else{
		printf("Impossible d'ouvrir le fichier %s.\n", file);
	}
	return tabRead;
}

Ceci me renvoie une erreur de segmentation.

merci.

Alaninho

Ici, tu fais une allocation sur le tas, ce qui n'est pas forcément performant, surtout que là tu peux l'éviter :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Read * tabRead = (Read*)malloc(1000*sizeof(Read));//inutile, tu connais la taille de ton tableau
 
Read tabRead[1000];

ensuite , ce que tu as oublié c'est d'allouer un espace mémoire pour tes membres de Read.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for (i=0; i<1000; i++)
{
  tabRead[i].ID = (char*)malloc(...);
  tabRead[i].seq = ...;
  tabRead[i]/qualite = ...;
}

**alaninho** · 24/08/2012, 11h51

en faite la taille, ici, c'est un essai car sinon la taille ne sera pas connu.

Et je dois donc ensuite allouer la mémoire pour chaque membre des la structure Read?

**darkwall_37** · 24/08/2012, 11h59

Salut,

C'est tout à fait normal que tu obtiennes un segmentation fault.
Tu alloues ta structure OK.
Qu'en est t'il des champs qu'il la compose ?

Forcement, quand tu fais une opération sur l'un des champs de ta structure, comme rien est alloué, tu récupères un segmentation fault.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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typedef struct _R_{
	char * ID;
	char * seq;
	char * qualite;
}Read;
 
Read *allocateReadStuct( size_t structLength, size_t IDLenght, size_t seqLength, size_t qualiteLength )
{
Read *ptrStruct = (Read *)malloc( structLenghtsizeof(read) );
 
size_t i;
for( i=0 ; i<structLenght ; i++ )
{
ptrStruct.ID[i]       = (char *)malloc(         IDlength*sizeof(char) );
ptrStruct.seq[i]     = (char *)malloc(      seqLength*sizeof(char) );
ptrStruct.qualite[i] = (char *)malloc(  qualiteLength*sizeof(char) );
}
 
return ptrStruct;
}

Je ne suis pas certain de l'exactitude de la syntaxe ( ca fait longtemps que j'ai pas codé ). Cela dit dans le principe, voilà ce que tu dois faire si tu veux que le compilateur arrête de t'insulter.

Pense au debugger, c'est quand même bien pratique pour voir d'où vient l'erreur.

Cdt.

**alaninho** · 24/08/2012, 12h06

Merci Beaucoup, ta réponse, ça fonctionne à présent.

je vais pouvoir continuer mon projet.

Tu me proposerai quoi comme debuggueur?

Bonne fin de journée

Alan

**darkwall_37** · 24/08/2012, 12h13

J'utilisais code blocks comment environnement et son débugger n'est pas dégueulasse.

Si tu ne l'utilises pas je te le conseille.

**alaninho** · 24/08/2012, 13h23

En faite c'est pas résolu.lol.

Quand je rempli le tableau de struct mon programme se bloque à un certain moment. Soit j'ai une erreur de mémoire ou j'en ai pas. Alors que quand je remplis pas le tableau, je peux tous afficher.

Je remet mon code au cas ou.

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Read * lireFastq(char * file, int taille){
	char phrase[36]; 
	char * read;
	Read * tabRead = allocateReadStuct(1000, 20, taille, taille);
	//Read * tabRead = (Read*)malloc(1000*sizeof(Read));
	FILE *f = fopen(file, "r");
	int i=0;
	int retour;
	int bonId;
	int bonQualite;
	regex_t preg;
	if(f!=NULL){
		while (fgets(phrase, 36, f) != NULL){ 
			//tabRead[i]=malloc(sizeof(Read));
			regcomp(&preg, "^@", REG_EXTENDED | REG_NOSUB);
			bonId=regexec(&preg, phrase, 0, 0, 0);
			if(!bonId){
				read=substring(phrase, 0, strlen(phrase)-1);
				//tabRead[i].ID=(char*)malloc((strlen(phrase)-1)*sizeof(char));
				tabRead[i].ID=read+1;
				printf("id : %s\n", read+1);
			}
			regcomp(&preg, "^[A-Z]{35}", REG_EXTENDED | REG_NOSUB);
			retour=regexec(&preg, phrase, 0, 0, 0);
			if(!retour){
				read=substring(phrase, 0, taille);
				//tabRead[i].seq=(char*)malloc(taille*sizeof(char));
				tabRead[i].seq=read;
				printf("seq : %s\n", read);
			}
			regcomp(&preg, "^[A-Z]{10}@@@", REG_EXTENDED | REG_NOSUB);
			bonQualite=regexec(&preg, phrase, 0, 0, 0);
			if(!bonQualite){
				//tabRead[i].qualite=(char*)malloc(strlen(phrase)*sizeof(char));				
				tabRead[i].qualite=phrase;
				printf("qualite : %s\n", phrase);
			}
			i++;
			//printf("%s\n", tabRead[i].ID);
			//printf("%s\n", tabRead[i].seq);
			//printf("%s\n", tabRead[i].qualite);
			//tabRead[i]=r;
		}
		fclose(f);
	}
	else{
		printf("Impossible d'ouvrir le fichier %s.\n", file);
	}
	return tabRead;
}

**darkwall_37** · 24/08/2012, 13h57

Je pense que c'est parce que tu n'alloues pas au bon moment.

Tu ne peux pas allouer les champs comme cela au fur et à mesure dans ta fonction à moins d'utiliser realloc et non malloc.

Il faut faire :

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Allocation de te structure
        Allocation de tes champs
 
Utilisation de ta structure et de ces champs pour opérations.
 
Et non
 
Allocation de la struture
Opérations sur la structure
Allocation des champs

**alaninho** · 24/08/2012, 14h12

En faite, c'est mon i++ qui est mal placé. Il augmentait à chaque ligne de mon fichier alors qu'il faut qu'il augmente à chaque fois que ma structure est pleine.

Merci de votre aide quand même.

Alaninho

**darkwall_37** · 24/08/2012, 14h18

Ah, je n'avais pas fait attention que c'était en commentaire les malloc dans le while. En effet, tu alloues bien avant d'entrer dans le while. Autant pour moi.

Okay, good si ça marche =)

problème tableau de structure

C

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