Discussion :

[Never.Down]

Bonjour,

je voudrais ajouter quelque chose à la matrice obtenu à la fin de ce parseur.

je veux parcourir le tableau et chercher la plus grande valeur.

Considérer cette valeur comme étant le pourcentage le plus élevé et donc 100%

Puis calculer le pourcentage du reste des valeurs du tableau.

Cordialement.

P.S: Si vous jugez utile de faire un nouveau sujet ça sera le cas.

[Philou67430]

Il est sans doute possible d'ajouter un calcul du max dans la boucle de lecture du fichier

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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while (defined(my $line = <$MAFFT>)) {
...
}

et de recalculer les ratios dans la fonction print_mafft en y ajoutant en paramètre, la valeur max calculée.

Pour calculer le max d'une liste de valeur, tu auras tout avantage à utilise List::Util::max()

Si tu as besoin de plus d'aide... je pourrais peut-être regarder le script lundi.

[Philou67430]

Le script modifié :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
use feature qw(:5.10);
use Data::Dumper;
use List::Util qw(max);
 
my $mafft = $ARGV[0];
 
sub print_mafft {
  my ($table, $max, $col) = @_;
 
  $max //= 1;
  my @col_names = $col ? @$col : @{$table->[0]};
  say join "\t", ".", @col_names;
  my @lines = @col_names;
  foreach my $line (@{$table->[1]}{@col_names}) {
    my $line_name = shift @lines;
    say join "\t", $line_name, map { ($line->{$_} // $table->[1]->{$_}->{$line_name} // "0") / $max } @col_names;
  }
}
 
# Representation en mémoire :
# @mafft = ( [ qw(p3 p5 p2 p4 p1) ],
#            { p3 => { p3 => 0 },
#              p5 => { p3 => 12, p5 => 0 },
#            ... } );
 
# Parsing de $mafft
open my $MAFFT, "<", $mafft or die "Can't read $mafft: $!";
# Ignorer les 3 premières lignes
<$MAFFT>;<$MAFFT>;<$MAFFT>;
#my @col_names;
my @mafft;
my (@col_names, @col_matrix_line);
my $current_line_name;
my $max = 0;
while (defined(my $line = <$MAFFT>)) {
  if (my ($line_name) = $line =~ /\|\s*(.+?)\s*\|/) {
    # get a line name
    push @{$mafft[0]}, $line_name;
  }
  elsif (@{$mafft[0]}) {
    $line =~ s/^\s*//;
    # Initialize the column names vector
    @col_names = @{$mafft[0]} if !@col_names;
    # For each new matrix line, remove the first column name (distance from one to itself)
    if (!@col_matrix_line) {
      $current_line_name = shift @col_names;
      @col_matrix_line = @col_names;
    }
    chomp($line);
    my @columns = split /\s+/, $line;
    # get et remove the col_names which have to be updated with this line
    my @col_file_line = splice @col_matrix_line, 0, scalar(@columns);
    @{$mafft[1]->{$current_line_name}}{@col_file_line} = @columns;
    $max = max($max, @columns);
  }
}
print_mafft(\@mafft, $max);
# Pour voir la matrice non normalisée, utiliser print_mafft(\@mafft)

[Never.Down]

Bonjour, Et merci beaucoup pour votre réponse.
Je vais le testé et je vous tiendrai au courant.
Encore merci.

Bonne journée et Bon weekend

Cordialement