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  1. #1
    Candidat au titre de Membre du Club
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    Par défaut Parser un fichier swissProt

    Bonjour,
    Je suis débutante en perl et je veux recupérer des informations dans le fichier swissProt:
    #############################################"
    ID PYRB_LACLL
    AC 3RQV1731;
    DE RecName: Full=(trusted)Aspartate carbamoyltransferase;
    DE EC=2.1.3.2;
    DE AltName: Full=Aspartate transcarbamylase;
    DE Short=ATCase;
    GN Name=pyrB;
    OS Lactococcus lactis subsp. lactis.
    OC Bacteria; Firmicutes; Lactobacillales; Streptococcaceae; Lactococcus.
    OX NCBI_TaxID=1360;
    CC -!- CATALYTIC ACTIVITY: Carbamoyl phosphate + L-aspartate = phosphate
    CC + N-carbamoyl-L-aspartate.
    CC -!- PATHWAY: Pyrimidine metabolism; UMP biosynthesis via de novo
    CC pathway; (S)-dihydroorotate from bicarbonate: step 2/3.
    CC -!- SIMILARITY: Belongs to the ATCase/OTCase family.
    DR GO; GO:0004070; F:aspartate carbamoyltransferase activity; IEA:HAMAP.
    DR GO; GO:0006221; P:pyrimidine nucleotide biosynthetic process; IEA:HAMAP.
    DR HAMAP; MF_00001; Asp_carb_tr; 1; -.
    DR PROSITE; PS00097; CARBAMOYLTRANSFERASE; 1.
    KW Pyrimidine biosynthesis; Transferase.
    **
    ** ################# INTERNAL SECTION ##################
    **HA SAM; Annotated by SAM 1.216; MF_00001.29; 14-FEB-2012.
    **HA FAM; Method MF_00001; PYRB; Trusted match; 37.146 (+3.9).
    **HA FAM; Method MF_01109; OTC; Weak match; 18.126 (-50.3).
    **HR DE 1742307__1743239 (reverse), 311 amino acids.
    SQ SEQUENCE 310 AA; 34633 MW; 53DDA4B1C6F32776 CRC64;
    MSVKNGLVQL ENLTSMEKLS VDEVMGLIKR ASAFKAGTAE FDLEKQTFAS NLFFENSTRT
    HHSFHIAERK LGLDVLEFDA QASSISKGET LYDTVLTLDA LGVDICVIRS GVEHYYEELV
    NSDNIHCAIV NGGDGSGQHP SQCLLDLMTI YEEFGKFEGL KIAISGDLTH SRVAKSNMMM
    LQKLGARLYF TGPAAWYSEE FDDYGHYANL DRILPELDVH MLLRVQHERH DSGESFSKEG
    YHNHFGLTEE RAKMLKPTAI IMHPAPVNRD VEIADSLVEN SQSRIVQQMS NGVYTRMAIL
    EAILAGKKAK
    /###################################################"

    J'ai trouver le package swissknif qui permt de le faire.
    J'ai pu récupérer des champs comme; AC, ID, CC. MAIS, j'ai pas pu recuperer les champs DR,FT et **HA, **HR
    Quelq'un peut m'aider s'il vous plait

  2. #2
    Membre expérimenté Avatar de Beniou
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    Bonjour,

    As-tu regardé du coté de Bioperl et du package Bio::Seq.

    Tous les formats les plus courants (fasta, blast, swissprot ...) sont pris en charge.

  3. #3
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    bonjour,

    Regarde bioPerl, c'est le meilleur moyen, j'ai déjà travailler avec et c'est efficace.

    Alaninho

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