Discussion :

[Isabella83]

Bonjour à tous,
Je cherche comment générer plusieurs fichiers à partir d'un fichier, je m'explique :
J'ai un fichier qui ressemble à ca :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>1-ATPsyn-b-RA
TGTAAATTAAAACCCATTCGAGACGCTGGAACCATGAATATGCCCGAAAGATGA
>2-ATPsyn-b-RA
CAAGTGCATCGCCGATCTGAGCGCTCTGGCACTGCGCGTCAAGTCTGCCTAAAC
>3-ATPsyn-b-RA
TGTGTTGGCCAGCATCTCTCCCCAGCAGGAGAAGGAGACTCTCAACAAGTGCAT

et je souhaite avoir trois fichiers à partir de ce premier :

1er fichier : 1-ATPsyn-b-RA.txt :
>1-ATPsyn-b-RA
TGTAAATTAAAACCCATTCGAGACGCTGGAACCATGAATATGCCCGAAAGATGA
2eme fichier : 2-ATPsyn-b-RA.txt :
>2-ATPsyn-b-RA
CAAGTGCATCGCCGATCTGAGCGCTCTGGCACTGCGCGTCAAGTCTGCCTAAAC

etc ...

est ce réalisable en perl ?

Merci d'avance pour vos réponses

[Beniou]

Bonjour,

Oui cela est réalisable en Perl (du moment qu'il s'agit de parser un fichier c'est toujours réalisable en Perl )

Je vois trois façons de faire :
1) - tu lis le fichier en entier que tu sauvegarde dans une variable
- tu découpes suivant le symbole '>' pour avoir chaque identifiant/séquence dans un tableau
- tu redécoupes suivant une expression régulière ou bien suivant le saut de ligne pour récupérer à chaque fois l'identifiant et la séquence de façon séparée
- tu écris sous format fasta dans un fichier portant le nom de ton identifiant

PS: cette méthode ne va pas bien gérer les gros fichiers

2) - tu lis ligne par ligne le fichier
- si la ligne commence par > : tu peut récupérer ton dientifiant
- tu lis jusqu'à retrouver un symbole > ou bien la fin du fichier en sauvegardant la séquence
- tu écris dans un fichier portant le nom de ton identifiant ton fichier au format fasta

3) Tu installes Bioperl et utilises le module Bio::SeqIO pour parcourir directement tes séquences et extraire les identifiants/séquences. Il y a beaucoup de tutoriels sur ce module.

A toi de voir, et si jamais tu n'y arrives toujours pas, reposte avec un code et quelqu'un pourra t'aider.

[Isabella83]

j'ai fait ceci, mais ca ne fonctionne pas ...

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
 
my $file = 'test.fa';
open my $fh, '<', $file or die "Impossible de lire le fichier $file\n";
 
while ( my $ligne = <$fh> ) {
	chomp $ligne;
	my ($ID, $sequence ) = split /\t/,$ligne;
	open ($fichier, ">$ID.fa");
	print $fichier "$ID\t$sequence\n";
	close($fichier);
}

à partir d'un fichier comme ca ( ca me semblait plus simple !!)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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1-ATPsyn-b-RA	TGTAAATTAAAACCCATTCGAGACGCTGGAACCATGAATATGCCCGAAAGATGA
2-ATPsyn-b-RA	CAAGTGCATCGCCGATCTGAGCGCTCTGGCACTGCGCGTCAAGTCTGCCTAAAC
3-ATPsyn-b-RA	TGTGTTGGCCAGCATCTCTCCCCAGCAGGAGAAGGAGACTCTCAACAAGTGCAT

comment puis je faire pour "tu écris dans un fichier portant le nom de ton identifiant ton fichier au format fasta"

[Beniou]

A partir de ton fichier tabulé, il n'y a pas grand chose à changer pour avoir ce que tu veux, il suffit de changer ces deux lignes :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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open ($fichier, ">$ID.fa");
print $fichier "$ID\t$sequence\n";

en

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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open (my $fichier,'>', "$ID.fa");
print $fichier ">$ID\n$sequence\n";

1) avec le use strict, il faut mettre my $fichier
2) mettre '>' avec l'identifiant et mettre \n et non \t pour la sortie. \n représente un saut de ligne, \t une tabulation

[Isabella83]

merci beaucoup pour votre aide