Discussion :

[Julhenro]

Bonjour, après avoir cherché de long en large et en travers sur le forum je n'ai pas trouvé de réponse à mon problème de codage.
Je suis actuellement entrain de réaliser différents modules ayant pour but de mettre en évidence des résultats d'un écrit sur la statistique. Dans ce cadre nous travaillons sur une data frame de ce type:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Individu,Temps,x1,x2,x3,x4,c1
1,14,0,0,1,0,0
1,15,0,0,1,0,1
2,20,1,0,0,0,0
2,28,1,0,1,0,0
2,35,1,1,1,0,0
3,19,1,0,0,0,0

Le but que je me suis fixé est de calculer pour un T donné le nombre de marqueurs d'un individu ; j'ai nommé ma fonction Esp.T et l'ai codée de la façon suivante (je vous laisse mes commentaires, peut être seront-ils utiles):

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Esp.T <- function(df,t)
{ 
  ## Data Frame
  ##~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  ## Purpose: Calculer dans une df le nombre de marqueurs moyens pour une date t donnée
  ##~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  ## Arguments:df une data frame
  ##           t une date donnée
  if (class(df) != "data.frame")
  {
        stop("'df' doit être une data.frame")
  }else{
  ## Test si t est bien plus grand qu'au moins une valeur sinon pas de sens
  if (min(df$Temps)>t)
  {E<- 0
  }else{
        N <-dim(df)
        n <-df[N[1],1]
        p <-N[2]
  ##Mise en place vecteur pour le nombre de marqueur  
        M <- rep(0,n) 
  ##Debut de la boucle du calcul du vecteur des marqueurs      
        for (i in 1:n)
        {
  ## Restriction du df à l'ind i et on enleve les t supérieurs        
        DIT<- df[df$Individu==i&df$Temps<=t,]
  ## Vérification qu'il y a bien un marqueur à la date t     
        if (nrow(DIT)==0)
        {M[i] <-0
        }else{
  ## Vérification de la censure        
              if (DIT[nrow(DIT),ncol(DIT)]==1)
              {M[i] <-NA
              }else{
                    DITf<-DIT[nrow(DIT),-c(1,2,p)]
                    M[i]<- sum(DITf)
                    }
             }
        }
   ##Suppression des NA dans M pour calculer la bonne espérance
M.manq <- which(is.na(M),arr.ind=T)
M <- M[-unique(M.manq)]
l <- length(M)
E <- (1/l)*sum(M)
#return(M)
#return(l)
        }
  }
 
return(E)
}

Le problème que je rencontre est lorsque je prend la valeur minimale de t de ma data frame puisque la réponse renvoyée est NaN.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 >Esp.T(df,14)
 NaN

Après avoir repris ligne par ligne etc... Je n'ai toujours pas réussi à trouver d'où pouvait provenir l'erreur. Alors si quelqu'un à la moindre idée, je lui en serait reconnaissant.

[A. D.]

Bonjour,

J'ai jeté un oeil rapidement à votre fonction et je pense que le problème se situe dans cette ligne de commande :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

M <- M[-unique(M.manq)]

En effet, si l'objet "M.manq" est vide (ie. s'il n'y a pas de NA dans M), alors cette commande renvoie : numeric(0), et tous les calculs suivants sont faussés.

De plus, je pense qu'il y a sûrement plus simple pour calculer ce que vous souhaitez, notamment peut-être en ayant recours à la fonction "by".


Bonne continuation


Cordialement,

A.D.

[Julhenro]

Merci beaucoup pour cette réponse, j'ai déjà procédé en rajoutant une petite boucle If qui fonctionne a la perfection en testant:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

if (any(is.na(M))==TRUE) {....}

Pour procéder par by, je n'ai pas la moindre idée de comment faire la chose. Je me pencherai sur le problème la semaine prochaine puisque je dois présenter quelques résultats d'ici lundi.

Si vous pouviez m'éclairez sur la direction à prendre se serait fort aimable. En tout cas merci beaucoup pour tout.

Cordialement,
Julien

[A. D.]

Bonjour,

Alors, après réflexion je ne suis pas bien sûre d'avoir compris quel est le but final de votre fonction : calculer le nombre de "marqueurs" à un instant t donné et le moyenner par le nombre d'individus total?

Si tel est le cas, vous pouvez avoir recours à la fonction by par exemple comme suit :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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# fonction pour le calcul de la valeur recherchée pour un temps t donné
myfun<-function(M,ind=df$Individu)
{
	s<-sum(M[,3:7])/(length(table(ind)))
	s
}
 
# va appliquer "myfun" sur chacun des différents temps t trouvés dans df$Temps
by(df,df$Temps,myfun)
 
df$Temps: 14
[1] 0.3333333
------------------------------------------------------------ 
df$Temps: 15
[1] 0.6666667
------------------------------------------------------------ 
df$Temps: 19
[1] 0.3333333
------------------------------------------------------------ 
df$Temps: 20
[1] 0.3333333
------------------------------------------------------------ 
df$Temps: 28
[1] 0.6666667
------------------------------------------------------------ 
df$Temps: 35
[1] 1

Après, je ne suis pas non plus très familière de la fonction "by" et il y a sûrement d'autres manières de procéder. Cela dit cela vous donne une première idée de ce qui peut être fait avec cette fonction et n'hésitez pas à consulter son aide et à faire vos propres tests bien sûr.

Bonne continuation


Cordialement,

A.D.