Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour à tous,

J'ai un fichier texte (.fna) de 333 M, contenant 770263 séquences dont la moyenne est de 379 nucléotides. Ces séquences sont le génome d'une bactérie : chromosome et plasmides mélangés.

Voici les statistiques sur les longueurs :
count 770263
variance 15484.1033435614
mode 436
min 40
range 846
max 886
variancep 15484.0832412024
median 412
mean 378.736312142736
stddev 124.435137093834
stddevp 124.43505631936
sum 291726568


Je dois aligner ces séquences et les annoter. Je suis donc à la recherche d'un software ayant une interface graphique. Que me conseilleriez-vous?

J'ai essayé Staden, mais le fichier est trop gros. On m'a parlé de GCG, mais au boulot je n'ai pas linux. En connaissez-vous d'autres?


Merci.

[mathgon]

Aligner ou assembler ces séquences?

[Jasmine80]

Merci mathgon de me répondre : assembler

[Beniou]

Bonjour Jasmine,

Tu peux regarder les différents liens proposés par le forum seqanswers. J'ai mis un filtre sur Assembly + Windows.

Par contre, je n'ai jamais utilisé ces programmes donc je ne peux pas te dire ce qu'ils valent voire qu'ils répondent à ton problème mais ca peut être un début

[mathgon]

Sous windows j'utilisais deux logiciels (payants) pour l'assemblage et l'annotation: Vector NTI et Seqman de la suite DNAstar.

[Jasmine80]

Merci beaucoup à vous deux, je vais y regarder de plus près.