analyse de contigs

Jasmine80 · 03/10/2011, 13h37

Bonjour à tous,

J'ai un fichier texte (.fna) de 333 M, contenant 770263 séquences dont la moyenne est de 379 nucléotides. Ces séquences sont le génome d'une bactérie : chromosome et plasmides mélangés.

Voici les statistiques sur les longueurs :
count 770263
variance 15484.1033435614
mode 436
min 40
range 846
max 886
variancep 15484.0832412024
median 412
mean 378.736312142736
stddev 124.435137093834
stddevp 124.43505631936
sum 291726568

Je dois aligner ces séquences et les annoter. Je suis donc à la recherche d'un software ayant une interface graphique. Que me conseilleriez-vous?

J'ai essayé Staden, mais le fichier est trop gros. On m'a parlé de GCG, mais au boulot je n'ai pas linux. En connaissez-vous d'autres?

Merci.

mathgon · 03/10/2011, 14h10

Aligner ou assembler ces séquences?

Jasmine80 · 03/10/2011, 14h19

Merci mathgon de me répondre : assembler

Beniou · 03/10/2011, 14h27

Bonjour Jasmine,

Tu peux regarder les différents liens proposés par le forum seqanswers. J'ai mis un filtre sur Assembly + Windows.

Par contre, je n'ai jamais utilisé ces programmes donc je ne peux pas te dire ce qu'ils valent voire qu'ils répondent à ton problème mais ca peut être un début

mathgon · 03/10/2011, 14h32

Sous windows j'utilisais deux logiciels (payants) pour l'assemblage et l'annotation: Vector NTI et Seqman de la suite DNAstar.

Jasmine80 · 04/10/2011, 07h55

Merci beaucoup à vous deux, je vais y regarder de plus près.

03/10/2011, 13h37	#1
Jasmine80 Membre Expert Jasmine Inscription : octobre 2006 Messages : 2 814 Détails du profil Informations personnelles : Nom : Jasmine Âge : 32 Localisation : Belgique Informations forums : Inscription : octobre 2006 Messages : 2 814 Points : 2 079 Points : 2 079	analyse de contigs Bonjour à tous, J'ai un fichier texte (.fna) de 333 M, contenant 770263 séquences dont la moyenne est de 379 nucléotides. Ces séquences sont le génome d'une bactérie : chromosome et plasmides mélangés. Voici les statistiques sur les longueurs : count 770263 variance 15484.1033435614 mode 436 min 40 range 846 max 886 variancep 15484.0832412024 median 412 mean 378.736312142736 stddev 124.435137093834 stddevp 124.43505631936 sum 291726568 Je dois aligner ces séquences et les annoter. Je suis donc à la recherche d'un software ayant une interface graphique. Que me conseilleriez-vous? J'ai essayé Staden, mais le fichier est trop gros. On m'a parlé de GCG, mais au boulot je n'ai pas linux. En connaissez-vous d'autres? Merci. __________________ -- Jasmine -- Merci de poser les questions dans le forum, je ne répondrai pas aux MP.
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03/10/2011, 14h10	#2
mathgon Candidat au titre de Membre du Club Inscription : juin 2010 Messages : 22 Détails du profil Informations forums : Inscription : juin 2010 Messages : 22 Points : 13 Points : 13	Aligner ou assembler ces séquences?
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03/10/2011, 14h19	#3
Jasmine80 Membre Expert Jasmine Inscription : octobre 2006 Messages : 2 814 Détails du profil Informations personnelles : Nom : Jasmine Âge : 32 Localisation : Belgique Informations forums : Inscription : octobre 2006 Messages : 2 814 Points : 2 079 Points : 2 079	Merci mathgon de me répondre : assembler __________________ -- Jasmine -- Merci de poser les questions dans le forum, je ne répondrai pas aux MP.
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03/10/2011, 14h27	#4
Beniou Membre éprouvé Inscription : novembre 2009 Messages : 348 Détails du profil Informations personnelles : Sexe : Âge : 32 Localisation : France, Nord (Nord Pas de Calais) Informations forums : Inscription : novembre 2009 Messages : 348 Points : 492 Points : 492	Bonjour Jasmine, Tu peux regarder les différents liens proposés par le forum seqanswers. J'ai mis un filtre sur Assembly + Windows. Par contre, je n'ai jamais utilisé ces programmes donc je ne peux pas te dire ce qu'ils valent voire qu'ils répondent à ton problème mais ca peut être un début
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03/10/2011, 14h32	#5
mathgon Candidat au titre de Membre du Club Inscription : juin 2010 Messages : 22 Détails du profil Informations forums : Inscription : juin 2010 Messages : 22 Points : 13 Points : 13	Sous windows j'utilisais deux logiciels (payants) pour l'assemblage et l'annotation: Vector NTI et Seqman de la suite DNAstar.
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04/10/2011, 07h55	#6
Jasmine80 Membre Expert Jasmine Inscription : octobre 2006 Messages : 2 814 Détails du profil Informations personnelles : Nom : Jasmine Âge : 32 Localisation : Belgique Informations forums : Inscription : octobre 2006 Messages : 2 814 Points : 2 079 Points : 2 079	Merci beaucoup à vous deux, je vais y regarder de plus près. __________________ -- Jasmine -- Merci de poser les questions dans le forum, je ne répondrai pas aux MP.
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