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Tu peux faire le .jar, et en plus le .exe qui lance le .jar :)

Deux avantages pour le .exe :
- possibilité de mettre une icône ;
- pour certaines personnes ayant installé WinRAR après leur JRE, qd tu doubles cliques sur le jar, ça l'ouvre avec WinRAR (il faut...

Sinon, une chose qui est souvent faite, tu mets toutes les librairies jar DANS ton jar, ça te fait ton appli en 1 seul fichier... (il faut extraire tes librairies du jar, et refaire ton jar avec les...

Les lib, tu les mets dans ton jar, dans le même rép que ton exe :)

Pour le driver mysql et ton appli, tu fais un JAR (soit en ligne de commande, soit avec FatJar sous eclipse)...
Pour la JRE, c'est à installer séparément.

et javaw, pas java :)

JSmooth est bien pratique, mais sinon à propos des batches, tu n'es pas obligé d'avoir le cmd en même temps, tu fais:
@START javaw -jar nomDeTonJar.jar