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J'ai pas compris exactement le problème.
Tu veux lire dans un fichier les données qui sont sous la forme :
01 // les deux premiers chiffres
42 // deux autres chiffres sur une seconde ligne
...

Vu que la question parlait de la fonction scanf(), je pense qu'il voulait ça comme réponse :

scanf("%[^\n]", ta_chaine) ;
Comme ca , le retour a la ligne (\n) ne sera pas interpréter comme...