Recherche:

Pas faux.

En fait, la seule chose que tu dois stocker c'est les numéros de ligne après un premier parsage ligne par ligne du fichier (tu dois le stocker quelque part pour ne plus avoir à le refaire).
Ensuite,...

Oui, je suis d'accord avec Celira. D'ailleurs tu n'as pas besoin d'une regex (qui ne recherche qu'une sous-chaîne litérale). Si tu travailles ligne par ligne avec:
$fh = fopen("file.txt", "r");
if...