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Je parie que tu as ajouté C:\boost dans ton Path ?...
Non, il faut te rendre sur c:/boost à partir de ta fenêtre de commandes :

cd c:/boost
Puis tu lances bjam.

PS : As-tu seulement lu la doc...

Contrairement à bootstrap.bat, il faut exécuter bjam (ou b2) dans une fenêtre de commandes avec des arguments :

b2 toolset=gcc stage

Un conseil : Télécharge la dernière version de MinGW, et...