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L'utilisation des couleurs CMYK doit se faire dans ton logiciel de dessin,
J'ai testé les dégradés crées par mon logiciel de dessin (asymptote) fabriqué une image pdf à partir de mon image eps et...

Je penses qu'une solution possible est de passer tes couleurs en CMYK, apparemment seule les dégradés en quadri sont correctement gérés.
C=cyan
M=magenta
Y=yellow
C=intensité de noir

J'ai testé les dégradés sous linux et tout fonctionne bien, mais il faut utiliser adobe sinon Xpdf, evince ou autres ne sont pas compatibles avec ces quelques fonctionnalités avancées. Il en est de...

Je ne suis pas sûr que pdflatex soit bien le responsable, car j'ai les mêmes besoins que toi et l'insertion de mes figures avec de la transparence ne pose aucun problème.
Les pdf que j'utilise sont...