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Ça me semble bien mais tu dois avoir la réponse en essayant d'accéder à tes données, non ?

Tu as encore le fichier de dump de l'ancienne version de MySQL ?

Tu peux réinstaller MySQL nouvelle version et refaire l'import, en commentant éventuellement dans le fichier de dump tout ce qui...

À tout hasard, as-tu essayé de redémarrer le serveur MySQL ?

Perso, je me méfie énormément de --all-databases en option des dumps. Je préfère faire des dumps individuels de chaque BDD.
...

Tu veux parler des droits des utilisateur MySQL sur les BDD ?
Tu dois pouvoir vérifier dans le fichier de dump s'ils sont présents et rejouer le jeu de requêtes.