Discussion :

[loula427]

Hello tous le monde, donc voila mon problème j'ai besoin de lire un fichier,
qui correspond a une BD de genes autant vous dire que c'est lourd très lourd...
(2.3Go) pour tout vous dire c'est le fichier suivant :
ftp://ftp.genome.jp/pub/kegg/genes/fasta/genes.pep

Donc bon je veux y aller par la methode classique :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
my $GeneFile = "genes.pep";  # Dans mon code j'utilise le path absolue
 
    my $infh = new IO::File "<$GeneFile"
        or die "Can't read from file '$GeneFile': $!\n";
    foreach my $line (<$infh>) {
        my $a = 0;
    }

Seulement le problème c'est que ce code me fait planté mon pc !!! oui oui carrément planté en fait quand je fait un top je peux voir que la memoire utilisé par le programme augment très rapidement pui poufff mon pc galère totalement !!! plus de réponse de ca part je veux bien de l'aide car ce serait vraiment cool de pouvoir lire cette enorme fichier...

Une idée ?

[loula427]

Waohhh j'ai trouvé toute seule ....

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
my $GeneFile = "genes.pep";  # Dans mon code j'utilise le path absolue
 
    my $infh = new IO::File "<$GeneFile"
        or die "Can't read from file '$GeneFile': $!\n";
    while (my $line = <$infh>) {
        my $a = 0;
    }

Et voila qui fonctionne, en fait avec le foreach perl cherche a prendre tous le fichier en memoire... du coup forcément ça plante... Ouff je suis vraiment contente .

[Philou67430]

Le while a un deuxième avantage (kiss)cool
Lorsque tu souhaites savoir sur quelle numéro de ligne tu te trouves (pour afficher par exemple un message d'erreur), la variable $. contient la bonne valeur, alors qu'elle contient la dernière ligne dans tous les cas avec le foreach.
Ouf ! comme tu le dis.

[djibril]

Le souci ne venait pas du foreach en tant que tel..

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
foreach my $line (<$infh>) {
        my $a = 0;
    }

En fait, le fait d'écrire ainsi revient à écrire

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
 
my @fichier = <$infh>;
foreach my $line (@fichier) {
        my $a = 0;
    }

Et du coup cette ligne

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my @fichier = <$infh>;

met ton fichier en mémoire. D'où le plantage .

[loula427]

Merci pour la suite des explications ca me permet de clarifier les choses .

Et le coup de la variable $_ risque egalement de mettre bien utile et m'eviteras de foutre un compteur a chaque fois .

[loula427]

Euhhh en fait non il y a un truc que je pige toujours pas... du coup je fait comment pour savoir que je suis a la derniere ligne de mon fichier ? ... Y a t'il un truc.

[Philou67430]

Et le coup de la variable $_ risque egalement de mettre bien utile et m'eviteras de foutre un compteur a chaque fois .

Attention, si tu veux parler de la variable qui compte les lignes, ce n'est pas $_ mais $. (dollar point)