Discussion :

[fafabzh6]

Bonjour,
Disposant d'une image contenant des cellules (biologiques) je voudrais dans un premier temps identifier les cellules de l'image puis dans un second temps mesurer le niveau de gris de chaque cellule.
Pourriez-vous m'indiquer les plugins, macros ou autres permettant de faire ce genre de manipulation.
Merci d'avance

[ToTo13]

Bonsoir,

- 1 - Pour ce qui est de la segmentation, tout dépend du type de cellule que tu as et surtout du marqueur utilisé. Pour ma part, j'avais réalisé un combo Filtre FFT + seuillage par entropie.
- 2 - Pour la caractérisation, je dois bien avouer que je ne suis pas fan des plugins proposés par ImageJ (Shape Descripor, Moment Calculator, Measure and Label, etc.). Que souhaites tu extraire comme information sur tes cellules ?

[fafabzh6]

Bonjour,
Je souhaite connaître la taille (périmètre) de la cellule; l'intensité kurtosis, moyenne .... de la cellule (via les niveaux de gris composant ces pixels, ....
Pourrais-tu m'en dire un peu plus sur les étapes liées à la segmentation, où me conseiller quelques tutos pour la réaliser sous ImageJ?
Merci

[ToTo13]

Bonjour,

pour la segmentation, les deux algorithmes sont dans ImageJ "FFT Filter" et "Entropy Threshold".
Je sais que c'est également possible de le faire en utilisant soigneusement un watershed avec marqueur.
Sinon je viens d'assister à une présentation de Petr Matula de l'université de Brno et république Tchèque et lui utilise plutôt des méthodes à base de Laplacien de Gaussienne (passage par zéro) et de H-Maxima. Ca a l'air de très bien fonctionner.

Une fois que tu auras détecter correctement le contour de tes cellules, tu n'auras qu'à calculer simplement les moments (jusqu'à l'ordre 4) pour avoir les informations que tu souhaites.