Discussion :

[pontarose]

Bonjour,

désolé mais le post précédent n'est pas résolu.
Je suis plus à l'aise avec la méthode suivante néanmoins j'ai un souci:
quand ma séquence possède plusieurs fragment de N. Je bloque pour indiquer le nom de la séquence


fichier
>seq_1
ATTTTNNNNNGATCANNNNN
>seq_2
ATTTTGTANNNN
>seq_3
ATTTTAAAAAAGATCA
>seq_4
ATTTTNNNNN

en effet, j'obtiens:
seq_4 6 10
seq_1 6 10
16 20
seq_3 0 0
seq_2 9 12


alors que je voudrais que ce soit
seq_4 6 10
seq_1 6 10
seq_1 16 20#avoir indiqué seq1
seq_3 0 0
seq_2 9 12

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
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22
while( my $ligne=<SEQ>){
  my $current_seq;
  my $pos_debut = 0;
  my $pos_fin = 0;
*
  if($ligne =~ /^>(.+)$/){
    $current_seq = $1;
    print $current_seq."\t";
  }
  else{
    if($ligne =~ /N/){
      while($ligne =~ /(N+)/g){
        $pos_fin = pos($ligne);
        $pos_debut = $pos_fin - length($1) + 1;
        print "$pos_debut\t$pos_fin\n";
      }
    }
    else{
      print "$pos_debut\t$pos_fin\n";
    }
  }
}

[Philou67430]

Pour obtenir ce que tu souhaites, ce n'est pas compliqué du tout, il suffit de supprimer le premier print, et de remplacer les 2 autres par :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

 print "$current_seq\t$pos_debut\t$pos_fin\n";

[pontarose]

Merci Philou de ta réponse,

mais j'obtiens le message suivant:
Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at xxx.pl line xx, <SEQ> line xx.

[Philou67430]

Il faut déplacer

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

  my $current_seq;

Avant le while... cette variable doit être mémorisée d'une exécution de la boucle à l'autre.

[pontarose]

Merci merci, je suis vraiment nulle