Discussion :

[Antwan76ers]

Bonjour à tous,
Je souhaite effectuer plusieurs Blast sur un jeu de séquence, et j'aimerais savoir si il existe une documentation sur l'utilisation de blast sous unix.
Je programme en python sous windows habituellement (et je suis encore débutant), les script shell (en bash ou autres) ne me sont pas familier du tout.
J'arrive à lancé les blast et récuperer les résultats dans un fichier de sortie mais j'aimerais faire varier des paramètres style evalue ou longueur de hit pour avoir des résultats significatifs et je sais pas vraiment comment m'y prendre.

C'est des questions très basiques que je me pose pour l'instant mais si une documentation existe sa me serait très utile pour la suite

(Tout tourne en local avec des bases de données que j'ai téléchargées)
Désolé si un post existe déjà sur le sujet je n'en ai pas vu

Merci de vos réponses

[Beniou]

Bonjour,

Pour avoir les options disponibles du programme blast que tu souhaites exécuter (blast, blastp, etc.) tu peux exécuter la commande suivi de "-h" ou "-help" je ne me rappelle plus. Cela te donnera la liste des options disponibles pour changer la longueur de mot etc.

Sinon côté documentation tu peux aller voir sur le site ftp du NCBI (ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/exe...elease/LATEST/), tu télécharges l'archive correspondant à ton OS (ou alors regarde là où est installé ton blast en local) : il ya un répertoire doc correspondant aux programmes et à leurs options.

Autres documentations qui peux t'aider :
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/staff/ta.../blastall.html
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/staff/ta...nix_setup.html
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshel...LineAppsManual

Si par la suite tu as une question plus précise sur une option ou autre n'hésite pas

[Antwan76ers]

Merci pour ces renseignements.

[ben.IT]

salut,
tu peux commencer par télécharger les exécutables http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast...._TYPE=Download.
Tu ajoutes le répertoire à ton PATH, puis tu peux profiter des commandes du package blast :

afficher l'aide :

Code :

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1
2
formatdb --help
blastall --help

formater une base de données :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

formatdb -i dbA12 -p F

puis lancer le blast dessus :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

blastall -p blastn -d dbA12 -i seqB

a+,
ben

[ben.IT]

il existe même un paquet apparemment sous debian/ubuntu du moins :

Code :

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sudo apt-get install blast2

a+,
ben