Si je comprend bien tu procède comme ceci :
1/ Tu modélise manuellement ta base via Phpmyadmin
2/ Tu génère ton schema.yml à partir de la base de donnée
3/ Tu ajoutes tes actAs: Timestampable
4/ Tu build tes classes PHP
Et ensuite, quand tu refais des modifs :
5/ Tu fais tes modifs via PhpMyAdmin
6/ Tu repars au 2/
A mon avis, si tu fais ça, c'est normal que tu perdes tes actAs. Je pense pas que Doctrine soit capable de replacer des Behaviors dans le schema.yml en partant d'une base de données.
Je te suggère de te familiariser avec le schema.yml plutôt

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