Discussion :

[Jane Home]

Bonjour,

J'ai un problème avec un module.
J'ai récupéré un script Perl, qui affiche l'erreur suivante dans éclipse :

Can't locate Bio/EnsEMBL/DBSQL/DBAdaptor.pm in @INC (@INC contains: /etc/perl /usr/local/lib/perl/5.10.0 /usr/local/share/perl/5.10.0 /usr/lib/perl5 /usr/share/perl5 /usr/lib/perl/5.10 /usr/share/perl/5.10 /usr/local/lib/site_perl .)

au niveau de la ligne de code :

use Bio::EnsEMBL:BSQL:BAdaptor;

Je crois comprendre que l'erreur vient du fait que le module n'est pas trouvé.
J'ai suivi la documentation sur le site d'ensemble :http://www.ensembl.org/info/docs/api...tallation.html

J'ai donc exécuté les commandes suivantes après avoir crée un dossier src dans ${HOME}.
PERL5LIB=${PERL5LIB}:${HOME}/src/bioperl-live
PERL5LIB=${PERL5LIB}:${HOME}/src/ensembl/modules
PERL5LIB=${PERL5LIB}:${HOME}/src/ensembl-compara/modules
PERL5LIB=${PERL5LIB}:${HOME}/src/ensembl-variation/modules
PERL5LIB=${PERL5LIB}:${HOME}/src/ensembl-functgenomics/modules
export PERL5LIB

A noter que j'ai aussi installé BioPerl via les paquets synaptics.

Et j'ai toujours l'erreur dans Eclipse au niveau de cette ligne.

J'utilise une distribution Ubuntu Karmic Koala, Eclipse Classic 3.5.1, Perl 5.10, BioPerl 1.6.

Des idées?

Merci.

[Beniou]

Bonjour,

Permière chose ; ton réperertoire contenant les modules Ensembl sont bien dans un répertoire Bio ? Parce qu' apparemment il faut qu'il soit dans ton répertoire Bioperl (Bio) vu que l'import du module se fait via Bio::etc...

Si oui et : bon je sais que ce n'est pas très joli mais personnellement j'installe toujours mes modules dans un des répertoires de @INC parce que les variables d'environnement des fois ...

Donc une option "pas très propre" si tu as les droits bien sûr serait de déplacer tes modules en question dans un des répertoires de @INC.

Ex pour Bioperl il est dans /usr/lib/perl/5.10/Bio

Mais je pense qu'avec la configuration des variables d'environnement ça doit marcher aussi.

[Jane Home]

Bonjour,

Oui en plaçant le repertoire Bio dans /usr/lib/perl/5.10 cela fonctionne.

J'avais aussi trouvé comme autre solution de mettre en début du script :

use lib '/home/jp/src/ensembl/modules'

Cependant toujours un problème quand j'essaie de configurer la variable d'environnement avec des nouveaux paths mais bon.

Merci.
Problème résolu.

[Beniou]

Effectivement le pragma "use lib" permet d'inclure des modules se situant dans un répertoire particulier. Seulement, ce n'est pas très portable si tu exécute ton code dans un environnement différent, sur une autre machine etc.
Il y aussi le module Findbin qui permet de savoir où ton script s'exécute et ainsi inclure des modules directement depuis ce répertoire (via des chemins relatifs du style "../../modules" etc.

Autre chose :si le problème est résolu n'oublies pas le tag résolu