Discussion :

[loula427]

Bonjour a tous,

Voila j'ai bien lu la faq pour fork mais j'ai un petit probleme avec un code deja existant...

J'ai le code suivant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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     for (;;) {
        my $ongoing = scalar(keys %pidsprots);
        last if !@prots_todo && !$ongoing;
        if ($ongoing >= $PARALLELISM || !@prots_todo) {
            my $donepid = wait;
            next if $donepid < 0; # should never happen?
            my $prot = delete($pidsprots{$donepid}) || next;
            my $start = $protstarttime{$prot};
            info "INFO: Processing of protein '$prot' completed in ",(time-$start)," seconds.\n";
            next;
        }
 
        my $prot = shift(@prots_todo);
        my ($cnt,$fasta) = &ExtractLibSeqs($prot,$SPECIES_LIST,1);
 
        # Filenames
        my $protin  = "XXXX/$prot.seq";
        my $protout = "YYYY/$prot.pir";
        my $aliout  = "$TMPDIR/ZZZZ/${prot}_1.ali";
 
        # Create input file (.seq)
        my $infh = new IO::File ">$protin"
            or die "Can't write to file '$protin': $!\n";
        print $infh $fasta;
        $infh->close();
 
        # Manage child subprocesses.
        if (my $pid = fork()) {
            $pidsprots{$pid}=$prot;
            $protstarttime{$prot}=time;
            info "INFO: Starting processing of '$prot' (with $cnt sequences)\n";
            next;
        }
        # Child starts here
        if ($cnt == 1) {
            system("/bin/cp",$protin,$protout);
        } 
        else {
            system("/bin/sh","-c","$YYYY_EXE -in '$protin' -out '$protout' 1>'Outputs/\LYYYY\E.$prot.out' 2>&1");
            die "Error in processing protein '$prot' with program 'YYYY'; check diagnostic file 'Outputs/\LYYYY\E.$prot.out'.\n"
                if (! -e $protout);
        }
 
        # Run umac
        system("/bin/sh","-c","$UMAC_EXE -i '$protout' -o '$aliout' -f stockholm 1>'Outputs/\LUMAC\E.$prot.out' 2>&1");
            die "Error in processing protein '$prot' with program 'UMAC'; check diagnostic file 'Outputs/\LUMAC\E.$prot.out'.\n"
                if (! -e $aliout);
 
        # Make iteration
        my $i = 0;
        my $ResQuali = ();
        my $aliForHmm = $aliout;
        for ( ;; ) {
            $i++;
            my $prothmm = "$TMPDIR/DDDD/${prot}_$i.hmm";
            unlink($prothmm) if (-e $prothmm);
            system("/bin/sh","-c","$EEEE_EXE $prothmm $aliForHmm 1>'Outputs/\LEEEE\E.${prot}_$i.out' 2>&1");
            die "Error in processing protein '$prot' with program 'EEEE' iteration $i; check diagnostic file 'Outputs/\LEEEE\E.${prot}_$i.out'.\n"
                if (! -e $prothmm);
            my $protaln = "$TMPDIR/ZZZZ/${prot}_$i.aln";
            unlink($protaln) if (-e $protaln);
            system("/bin/sh","-c","$ZZZZ_EXE --outformat stockholm -o $protaln $prothmm $protin 1>'Outputs/\LZZZZ\E.${prot}_$i.out' 2>&1");
            die "Error in processing protein '$prot' with program 'ZZZZ' iteration $i; check diagnostic file 'Outputs/\LZZZZ\E.${prot}_$i.out'.\n"
                if (! -e $protaln);
            my $quality = &DefQuality($protaln);
            $ResQuali->{$prot}->{$i}    = $quality;
            $aliForHmm = $protaln;
            last if $i == $MaxIteration;
        }
        my $BestIteration = &SelectBestIteration($ResQuali->{$prot});
        system("/bin/cp","$TMPDIR/DDDD/${prot}_$BestIteration.hmm","DDDD/${prot}.hmm");
        system("/bin/cp","$TMPDIR/ZZZZ/${prot}_$BestIteration.aln","ZZZZ/${prot}.aln");
        exit 0;
    }

Dans le meme programme j'ai une bloc END dans lequel je fait un rmtree de $TMPDIR.

Donc mon probleme est que le code fonctionne seulement pour la premiere proteine !!! et oui j'efface mon $TMPDIR des la premiere proteine (du au exit 0).

En suprimmant le bloc END tous rentre dans l'ordre mais le probleme et que je veux continuer a supprimer le repertoire $TMPDIR des que le programme exit, ce qui du coup n'est plus le cas...

J'ai egalement teste en suprimment le exit 0 present a la fin de ma boucle et je me suis rendu compte que c etait une grave erreur... le programme n'arrete pas de creer des processus en boucle .

Voila j'aimerais bien avoir quelques conseils...

[loula427]

Voila la reponse a mon probleme :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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END { 
    # With exit, programme will go here
    # Cleanup temp directory when program exits.
    if ($$ == $PPID) {
    rmtree($TMPDIR);
    }
}

Il me sufissait de comparait $PPID (le PID de mon processus principal) avec $$ le PID du processus faisait exit .