Bonjour,

j'essaye d'utiliser l'API ensembl, mais elle me resiste!! Je n'arrive pas a trouver le problème dans mon code, si quelqu'un trouve la solution, ca m'aiderai bcp.

Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
 
#!/usr/bin/perl
 
#use Bio::PrimarySeq;
#use Bio::Seq::LargeSeq;
#use Bio::Seq;
#use Bio::SeqIO;
#use Bio::SeqIO::largefasta;
 
use Bio::EnsEMBL::DBSQL::DBAdaptor;
use Bio::EnsEMBL::Registry;
 
my $reg = 'Bio::EnsEMBL::Registry';
 
my $db = Bio::EnsEMBL::DBSQL::DBAdaptor->new(
   -user => 'anonymous',
   -dbname => 'mus_musculus_core_55_37h',
   -host => 'ensembldb.ensembl.org',
   -group => 'core',
   -species => 'house mouse'
   );
 
$slice_adaptor=$reg->get_adaptor( 'house mouse', 'core', 'slice');
$slice=$slice_adaptor->fetch_by_region("chromosome",7,100235645,100235745);
$sequence=$slice->seq();
print "$sequence\n";
merci bcp de votre aide