Discussion :

[zaboug]

Bonjour à tous,

je suis en train de me casser les dents sur un bug dans un de mes scripts. Je suis sure que c'est un "pas grand chose" qui fait que ça marche pas, mais je vois vraiment pas quoi.

En fait, j'utilise le module file::Find pour parcourir un dossier dans lequel il y a des fichiers html. Pour mes tests, il y a 3 fichiers dans le dossier.

J'ai écrit une fonction Analyse_results() qui parcourt chaque fichier, et remplit la structure de données %infos_p_value avec les données qu'elle récupère sur certaines des lignes.

voici le code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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print "\nParcourt du dossier $path et recuperation des infos\n";
find(\&Analyse_results,"$path");
 
print "\nGeneration des fichiers de resultats\n";
 
foreach my $concept(keys(%infos_p_value))
{
	print "Concept $concept :\n\tTaille = ".$infos_p_value{$concept}->{"taille"}."\n\tPourcentage de genes auto-regule = ".$infos_p_value{$concept}->{"pourcent"}."\n";
 
	print "GOBIOL : \n";
	foreach my $p (@{$infos_p_value{$concept}->{"gobiol"}})
	{
		print "\t".$p->{'p-value'}." => ".$p->{'nb_match'}."\n";
	}
 
	print "GOMOLE : \n";
	foreach my $p (@{$infos_p_value{$concept}->{"gomole"}})
	{
		print "\t".$p->{'p-value'}." => ".$p->{'nb_match'}."\n";
	}
 
	print "L2LMDB : \n";
	foreach my $p (@{$infos_p_value{$concept}->{"l2lmdb"}})
	{
		print "\t".$p->{'p-value'}." => ".$p->{'nb_match'}."\n";
	}
}
 
$T2 = time();
$T = ($T2 - $T1);
 
 
 
sub Analyse_results
{
	my ($pourcent, $concept_id, $type, $nb_match, $taille);
 
	#sur chaque fichier trouve
	if (-f $_ && $_ =~ m/L2L_concept(\d+)_(\d+)_.+_([a-z2]+)\.html/)
	{
		$pourcent = $1;
		$concept_id = $2;
		$type = $3;
 
		print "$type\n";
 
		$taille = $taille_concepts{$concept_id};
 
 
		$infos_p_value{$concept_id} = {"pourcent" => $pourcent, "taille" => $taille, "gobiol" =>[], "gomole" =>[], "l2lmdb" => []};
 
 
		open(L2L, "<$_") or die("Impossible d'ouvrir $_");
 
 
		my ($line, $p_value);
		my $garder = 0;
		my $entry = 0;
 
		while(defined($line=<L2L>))
		{
			if($line =~ m/<tr class="entry">/)
			{
				$entry = 1;
			}
			elsif($line =~ m/>(\d+)<\/a><\/td>/ && $entry == 1)
			{
				$nb_match = $1;
			}
			elsif($line =~ m/<td>(\d{1}\.\d{2}e-\d{2})<\/td>/ && $entry == 1)
			{
				$p_value = $1;
 
				push(@{$infos_p_value{$concept_id}->{$type}}, {"p-value" => $p_value, "nb_match" => $nb_match});
 
				$entry = 0;
			}
		}
 
		close(L2L);
	}
}

Normallement, le script devrait afficher les infos pour les trois types (qui correspondent en fait aux trois fichiers) GOBIOL, GOMOLE et L2LMDB.

Mais quand je le fait tourner, il n'affiche les résultats que pour le dernier type :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Parcourt du dossier /Users/mathilde/Dossier_partage_VM/LocaFT/Tmp/analyse_L2L/All_results_L2L_C0 et recuperation des infos
gobiol
gomole
l2lmdb
 
Generation des fichiers de resultats
Concept 1570 :
	Taille = 6
	Pourcentage de genes auto-regule = 50
GOBIOL : 
GOMOLE : 
L2LMDB : 
	1.99e-03 => 3
	2.34e-03 => 1
	3.89e-03 => 1
	4.51e-03 => 1
	5.13e-03 => 1
	6.99e-03 => 1
	7.45e-03 => 2
	7.92e-03 => 1

Si je supprime le fichier l2lmdb, il n'affichera que les résultats du dernier fichier (donc de GOMOLE)...

Je n'arrive pas à trouver d'où vient ce comportement.
Si quelqu'un a une idée, ça m'arrangerais bien

Merci d'avance

[zaboug]

tellement trivial que j'ai fini par trouver !

le problème venait du fait que je réinitalisais $infos_p_value{$concept_id} à chaque fichier!

voici la correction :

Code :

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if(!exists($infos_p_value{$concept_id}))
{
	$infos_p_value{$concept_id} = {"pourcent" => $pourcent, "taille" => $taille, "gobiol" =>[], "gomole" =>[], "l2lmdb" => []};
}

désolée pour ce post qui servait pas à grand chose