Bonjour,
Ce plugin est destiné à un usage bien particulier on dirait...
Par curiosité, j'ai cherché à savoir ce que c'était et j'ai installé le plugin mais il n'aurait pas été de trop de donner une url en point de départ 
Bref, ce que tu ne parviens pas à faire, a priori cela ne m'a pas posé de problème.
J'ai créé un projet Java de test.
J'ai ajouté un fichier CUP et ensuite un fichier LEX, sans rencontrer de problème particulier.
Pour ces deux types de fichier, les infos de base à renseigner sont similaires.
Par exemple :Source folder : /CupLexTest/src
File name : MyCupTest
Java folder : src
Package : mon.package
Bon, je sais pas à quoi sert vraiment tout ça mais en ce qui concerne le Java folder, c'est visiblement le répertoire où les classes java générées atterrissent. Donc, pour que ça puisse compiler, il faut cibler un répertoire identifié en tant que tel...
Au passage, j'ai testé ce plugin sur Eclipse 3.5.
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