[Forum] Shell et php

**Yuki_Hime** · 29/04/2009, 18h02

Bonjour,

je fais mes pemiers pas en informatique et je me sens un peu décourager par la multitude de language qu'on me demande d'utiliser

je dois faire une interface web en php
et en background je fait des requêtes sur mon terminal "fetchdom -b hogenom_v3 -d HBG000010 -fs " % " -t id,kw,la,nd,dr > fetch.txt"
avec -b hogenom_v3 : ma base de donnée
-d HBG000010 : retourne la famille de protéine que je veux étudier
-fs est un filtre séparateur qui me permet de séparer tous les champs que j'ai choisi ( ID, ND, KW,...)
par " % "

Imaginons qu'un utilisateur fasse une recherche comme celle là sur mon site, la requête me permet de séparer mes champs mais je voudrais enregistrer chacun de ses champs dans une variable que je pourrai afficher sur ma page php

Je ne sais pas du tout comment m'y prendre, j'ai lu de la doc, mais je n'y comprends pas gd chose;

HELP PLEASE

**Séb.** · 29/04/2009, 18h22

Si tes champs sont séparés avec " % " et que tu obtiens qque chose comme :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

France % Europe % Paris

Alors tu peux isoler les valeurs avec explode( ), exemple :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
$s = 'France % Europe % Paris' ;
list($pays, $continent, $capitale) = explode(' % ', $s) ;

http://fr.php.net/explode
http://fr.php.net/list

**Yuki_Hime** · 30/04/2009, 10h02

j'obtiens quelque chose qui peut ressembler à ça :

CL000015 % CL000015 % RAN(20) ARF1(18) RAB7(15) ; // GTP-BINDING LIPOPROTEIN PRENYLATION RAS-RELATED GTPASE ADP-RIBOSYLATION SMALL FAMILY FACTOR RAS ; RHOGTPASE % 279 % 9 % ccalcoDR INTERPRO; IPR001806 "Ras GTPase"
DR INTERPRO; IPR006689 "ARF/SAR"
DR PDB; 1A2B (15-181) O93467_CHICK (15-181)
DR PDB; 1A2K chain C (10-172) RAN_CHICK (10-172)
DR PDB; 1A2K chain D (10-172) RAN_CHICK (10-172)
DR PDB; 1A2K chain E (10-172) RAN_CHICK (10-172)
DR PDB; 1A4R chain A (13-180) Q6P9Y3_RAT (13-180),1A4R chain B (13-180)
DR PDB; 1AGP (13-166) RASH_HUMAN (13-166)
DR PDB; 1AJE (205-382) Q6P9Y3_RAT (3-180),1AJE chain 1 (205-382),1AJE chain 2 (205-382),1AJE chain 3 (205-382),1AJE chain 4 (205-382),1AJE chain 5 (205-382),1AJE chain 6 (205-382),1AJE chain 7 (205-382),1AJE chain 8 (205-382),1AJE chain 9 (205-382) %

Il faudrait donc que j'ouvre mon fichier texte, que je stocke tout dans $s, et que j'affecte chaque champs à une variable.... ok je vais tester.

Est ce que je peux stocker le résultats de ma requete directement dans la variable ?? d'"ailleur peut-on faire un appel de ma commande directement dans mon script php ??

sorry si mes questions sont élémentaires pour vous...........

mais merci de m'aider en tout cas

**Yuki_Hime** · 30/04/2009, 11h43

J'ai fait quelque chose dans ce goût là :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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58
 
<?php
 
if (isset($_POST['ID']) && isset ($_POST['KW']) && isset ($_POST['LA']) && isset ($_POST['ND']) && isset ($_POST['DR']) && isset ($_POST['INN']) && isset ($_POST['INNTYPE']) && isset ($_POST['HT']) && isset ($_POST['SPND']) && isset ($_POST['CO'])  )
{
// Alors on peut vérifier si le mot de passe est bien "XXXX" 
$ID = $_POST['ID'];
$KW = $_POST['KW'];
$LA = $_POST['LA'];
$ND = $_POST['ND'];
$DR = $_POST['DR'];
$INN = $_POST['INN'];
$INNTYPE = $_POST['INNTYPE'];
$HT = $_POST['HT'];
$SPND = $_POST['SPND'];
$CO = $_POST['CO'];
}
else
{
$ID = "";
$KW = "";
$LA = "";
$ND = "";
$DR = "";
$INN = "";
$INNTYPE = "";
$HT = "";
$SPND = "";
$CO = "";
}
 
if(isset($_GET["requete"])) $requete=$_GET["requete"];
else $requete="";
// Pour avoir le fichier conscensus.xdom de façon systématique à chaque fois que l'on effectue une requête sur les domaines :
//fetchdom -b prodom_v2005 -s HBG000010 -t xdom > conscensus.xdom
 
 
// Pour avoir le fichier conscensus.fasta de façon systématique à chaque fois que l'on effectue une requête sur les séquences consensus et alignement :
//fetchdom -b prodom_v2005 -s HBG000010 -t conscensus > conscensus.fasta
 
 
$requete_fetch = ('/home/idris/My_php/fetchdom/fetchdom-3.20/fetchdom -b prodom_v2005 -a '.$requete.' -fs " % " -t  id,kw,la,nd,dr,inn,inntype,ht,spnb > idris_fetch.txt') ;
exec($requete_fetch);
 
$resultat_requete= "";
$handle = fopen("idris_fetch.txt", "r");
if ($handle) {
    while (!feof($handle)) {
         $resultat_requete= $resultat_requete.fgets($handle, 4096);
    }
    fclose($handle);
}
 
 
list($ID, $KW, $LA, $ND, $DR, $INN, $INNTYPE, $HT, $SPND, $CO) = explode(' % ', $resultat_requete) ;
print ("***********".$resultat_requete);
 
?>

j'ai trouvé sus la doc qu'on m'a conseillé la fonction fopen.mais j'ai du faire une vboucle pour qu'il aille jusqu'à la fin.(pas très optimal mais bon si ça marche je prend)

mais j'ai une erreur du type

terminate called after throwing an instance of 'FlatFileException_File'
what(): Flat File object (file_name: prodom_v2005.srs): could not open file
sh: line 1: 9753 Abandon /home/idris/My_php/fetchdom/fetchdom-3.20/fetchdom -b prodom_v2005 -a CL000015 -fs " % " -t id,kw,la,nd,dr,inn,inntype,ht,spnb >idris_fetch.txt

je sèche totalement