Discussion :

[tomaprice]

Bonjour, j'essaye de mettre en évidence un résidu carbonylé dans une protéine pour cela, j'utilise jmol + fichier PDB, la détermination du résidu est réalisé à partir d'un fichier fasta, or il s'avère que dans les fichiers PDB il manque certains résidus.
Par exemple il est indiqué que pour la proteine xxx le résidus carbonylé est le numéro 90 et il s'agit de la proline. Or dans le fichier PDB le résidus 90 correspond a la valine.
Ma question est comment faire pour à tous les coups désigner le bon résidus dans le fichier PDB ?
J'ai bien pensé a calculer le Nombre de résidus dans le fichier fasta et PDB et de faire la différence et d'ajouter cette différence au numéro du résidu désigné mais ce n'est pas très rigoureux

[MaliciaR]

Salut,

Je ne suis pas sûre de comprendre. Tu veux faire un script ou un truc du genre qui corrige un défaut d'entrée PDB?

[tomaprice]

Salut,

Je ne suis pas sûre de comprendre. Tu veux faire un script ou un truc du genre qui corrige un défaut d'entrée PDB?

en quelques sortes, l'exemple dont je parlais se trouve ici

Le résidu connu expérimentalement pour être carbonylé est le résidu numéro 90 il s'agit de la proline (d'après le fichier fasta) donc pour faire jolis je fais un script jmol du genre "select 90;spacefill 30%;wireframe...."
or quand on visualise, on s'aperçoit que le résidu mis en évidence est la valine, ceci est du au fait qu'il manque certains résidu dans la plupart des fichier PDB si j'avais voulu désigné le bon résidu j'aurais du choisir le 89.
En fait c'est juste pour être scientifiquement correct et tenir compte du fait que les fichiers PDB ne sont pas idem a la séquence fasta de la protéine.

Ainsi je cherche une méthode pour tomber a tous les coups sur le résidus "correct". J'en ai bien trouvé une qui consiste a faire la différence des longueurs puis ajouter cette différence au numéro du résidu mais cela ne marche pas a tous les coups

[MaliciaR]

En fait c'est juste pour être scientifiquement correct et tenir compte du fait que les fichiers PDB ne sont pas idem a la séquence fasta de la protéine.

Tu ne peux pas contacter les "mainteneurs"/curators de PDB pour apporter une correction à la fiche en question? Je ne vois rien d'autre à faire dans ce cas, en ce sens que si demain j'ai une séquence fasta où mon résidu carbonylé/*ylé est à la position 125 et dans l'entrée PDB il est en 333, je fais comment? Je dis n'importe quoi au niveau des positions là, hein, c'est juste pour illustrer la non régularité du problème que tu soulèves, ce qui fait qu'on ne peut pas trouver une solution générale. Problème grave, j'en conviens... [HS] J'avais d'ailleurs vu passer sur des mailing lists des avertissements concernant d'autres séquences (des ARN) et des structures 3D un peu non correspondantes. Chose qui a été corrigée depuis car le gars s'en étant rendu compte a signalé le souci. [/HS]

EDIT : Tu as rajouté ta dernière phrase pendant que je répondais...

[tomaprice]

Tu ne peux pas contacter les "mainteneurs"/curators de PDB pour apporter une correction à la fiche en question? Je ne vois rien d'autre à faire dans ce cas, en ce sens que si demain j'ai une séquence fasta où mon résidu carbonylé/*ylé est à la position 125 et dans l'entrée PDB il est en 333, je fais comment? Je dis n'importe quoi au niveau des positions là, hein, c'est juste pour illustrer la non régularité du problème que tu soulèves, ce qui fait qu'on ne peut pas trouver une solution générale. Problème grave, j'en conviens... [HS] J'avais d'ailleurs vu passer sur des mailing lists des avertissements concernant d'autres séquences (des ARN) et des structures 3D un peu non correspondantes. Chose qui a été corrigée depuis car le gars s'en étant rendu compte a signalé le souci. [/HS]

EDIT : Tu as rajouté ta dernière phrase pendant que je répondais...

je vais en parler a mon prof mais le Pb c'est qu' ils devront alors corriger près de 5000 fichier PDB car ce n'est pas uniquement pour ce fichier la que le Pb se pose.D'ailleurs ce n'est pas réellement un Pb c'est tout simplement du au fait qu'en cristallographie ca arrive qu'on ne "voit" pas tout.
Sinon comme tu dis la non regularité du problème est un problème mais je pense que pour contourner cela au lieu de mettre en évidence un résidu en particulier je vais mettre en évidence l'environnement de carbonylation.

[MaliciaR]

je vais en parler a mon prof mais le Pb c'est qu' ils devront alors corriger près de 5000 fichier PDB car ce n'est pas uniquement pour ce fichier la que le Pb se pose.D'ailleurs ce n'est pas réellement un Pb c'est tout simplement du au fait qu'en cristallographie ca arrive qu'on ne "voit" pas tout.

Purée! Comment es-tu sûr(e) qu'il y a des erreurs dans toutes ces fiches? (Quelles vérifications as-tu fait, etc. j'entends).

Sinon comme tu dis la non regularité du problème est un problème mais je pense que pour contourner cela au lieu de mettre en évidence un résidu en particulier je vais mettre en évidence l'environnement de carbonylation.

Oui, ça peut être intéressant comme approche et je pense, plus pertinent biologiquement parlant. Est-ce qu'il y a des résidus ayant des propriétés physico-chimiques particulières qui se retrouvent souvent au niveau d'un site de carbonylation? Essaie de voir ça, ptet en te servant de HMM pour construire des profils et chercher ces environnements (c'est juste une idée comme ça, hein, à voir si tu as de quoi faire dans cette direction). Mais je suis curieuse de connaître la suite, alors n'hésite pas à donner des nouvelles