Discussion :

[kioka]

Bonjour,
J'ai un fichier de résultats de type blast mais l'entête et quelques infos diffèrent, juste les alignements qui sont dans le même format classique du blast.
J'ai modifié le module blast.pm de Bio::SearchIO pour qu'il me lise mon raport.
Jusque là tout va bien et quand je teste ce qui se passe dans mon blast.pm je retrouve tout "mes petits".

Toute contente je tente le script banal de type :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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while( my $result = $parser->next_result ){
    while( my $hit = $result->next_hit ){
        while( my $hsp = $hit->next_hsp ){
                    #do something !
        }
    }
}

Sauf que ma ligne "while( my $hit = $result->next_hit )" ne me récupère pas le dernier hit !!!! Or mon blast.pm l'a bien traité !!!!

Par contre je n'est pas ce soucis avec les "Hsp" et "Results" ....

Si celà est déjà arrivée à quelqu'un ... ou que quelqu'un a une idée ? je suis toute ouïe !

Merci ^^

[kioka]

Je me répond à moi-même
J'ai résolu mon soucis ... j'ai vérifié la fermeture des mes hits et remarqué que les derniers hits ne se fermaient pas ! J'ai donc forcé leur fermeture et tout marche nickel maintenant ...