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| #!/usr/local/bin/perl -w
use strict;
#initialisation des variables de question
my $finData="f2 backcross" ;
my $aliasC="1=H 0=A" ;
my $unique=-1 ;
my $transpo=-1 ;
my $okey=0 ;
my $choix = "" ;
my $valider = "" ;
my $hard_chomp ;
#on se place dans le répertoire que l'utilisateur utilise pour plus de simplicité
my $pwd=`pwd`;
chdir($pwd);
system (clear);
#info puis première question à l'utilisateur
print " __________________________________________________\n\n";
print " versCarthagene_mod\n";
print " __________________________________________________\n\n\n";
print "Formatez bien votre fichier excel avant\nde le passer en fichier texte pour le programme,\nPas de cellules fusionnées !\nEt surtout PAS de tabulation dans les noms de marqueurs\n";
print "\nEntrez le nom du repertoire contenant le(s) fichier(s) à formater :\n" ;
chomp(my $repertoire=<STDIN>) ;
#deuxieme question
system (clear);
print "\nNom de votre répertoire qui va contenir le(s) fichier(s) resultat(s) :\n" ;
chomp (my $nomRep = <STDIN>) ;
mkdir "$nomRep", 0777 or warn "Impossible de créer le répertoire : $nomRep (si il existe déjà il n'y auras pas de problèmes)\n" ;
#boucle pour déterminer si le fichier nécéssite une transposition [question 3]
while (!$okey)
{
print "\nComment est(sont) constitué(s) votre(vos) fichier(s) ?\nAvec les noms des marqueurs en haut de colones ?\nOu bien avec les noms de marqueurs en débuts de lignes ? :\n\nattention TOUT vos fichiers serons traités de la même manière\n\n\nLigne ? Colone ?\n" ;
chomp ($choix = <STDIN>) ;
if ($choix=~/^c/i)
{
$transpo=1;
$okey=1;
}
elsif ($choix=~/^l/i)
{
$transpo=0;
$okey=1;
}
else
{
print "\réponse incorecte\n";
}
}
#boucle pour déterminer si un ou plusieurs fichier de sorties serons générez [question 4]
system (clear);
$okey=0;
while (!$okey)
{
print "\nSi vous avez plusieurs fichiers d'entrées, souhaitez vous qu'il soient compilés en un seul fichier pour carthagene ? :\nOui ? Non ?\n" ;
chomp ($choix = <STDIN>) ;
if ($choix=~/^o/i)
{
$unique=1;
$okey=1;
print "\nLe fichier de résultat s'appellera Resultats_Compilees_Carthagen.cg\nappuyez sur entrer pour continuer";
$valider = <STDIN> ;
}
elsif ($choix=~/^n/i)
{
$unique=0;
$okey=1;
}
else
{
print "\réponse incorecte\n";
}
}
#boucle pour personaliser la ligne d'entete des fiches de sortie (data type ....) [question 5]
system (clear);
$okey=0;
while (!$okey)
{
print "\nVoulez-vous personnaliser la fin de la première ligne des fichiers générés ?\nPar defaut cette ligne est \"data type f2 backcross\"\nOui ? Non ?\n";
chomp ($choix = <STDIN>) ;
if ($choix=~/^o/i)
{
$okey=1;
print "\nEntrez la fin de la ligne (correspondant à \"f2 backcross\" dans l'exemple ci-dessu)\n";
chomp ($finData = <STDIN>) ;
print "\n donc la première ligne de votre(vos) fichier(s) seras : \n\ndata type $finData\n\nappuyez sur entrer pour continuer";
$valider = <STDIN> ;
}
elsif ($choix=~/^n/i)
{
$okey=1;
}
else
{
print "\réponse incorrecte\n";
}
}
#boucle pour personaliser la 2iem ligne d'entete des fiches de sortie (avec les alias carthagene) [question 6]
system (clear);
$okey=0;
while (!$okey)
{
print "\nVoulez vous personnaliser la fin de la deuxième ligne des fichiers générés ?\nPar defaut cette ligne est \"<nombre d'individus> <nombre de marquers> 0 0 1=H 0=A\"\nOui ? Non ?\n";
chomp ($choix = <STDIN>) ;
if ($choix=~/^o/i)
{
$okey=1;
print "\nEntrez la fin de la ligne (correspondant aux alias de carthagene c'est à dire à \"1=H 0=A\" dans l'exemple ci-dessu)\n";
chomp ($aliasC = <STDIN>) ;
print "\n donc la deuxième ligne de votre(vos) fichier(s) seras : \n\nX Y 0 0 $aliasC\nX sera un chiffre représentant le nombre d'individu et Y le nombre de marqueurs\nappuyez sur entrer pour continuer";
$valider = <STDIN> ;
}
elsif ($choix=~/^n/i)
{
$okey=1;
}
else
{
print "\réponse incorrecte\n";
}
}
system (clear);
#---------------- ----------------
# ----------------
# ---------------- traitement des fichier ----------------
# ----------------
# ---------------- ----------------
#ouverture du répertoire ou se trouvent les fichiers à traiter
opendir (my $DIR, $repertoire) or die "Impossible d'ouvrir le repertoire contant le fichier à traiter ($repertoire)\nFin de programme\n" ;
print "début du traitement\n";
#initialisation des variables pour le traitement de fichier
my @nom = () ;
my @donnees = () ;
my @bad =() ;
my $lineTitre = 1 ;
my $file;
my @TDeT = () ;
my $comptLigne = -1 ; #car on commence par la ligne titre qui est la ligne -1
my $comptChar = 0 ;
#pour chaque fichier dans le repertoire on effectue le traitement suivant
foreach $file (readdir $DIR)
{
#si le "fichier" est . ou .. on passe au suivant
#(car se ne sont pas de véritables fichier mais en fait les addresses des dossier ou l'on se trouve et du dossier supérieur)
next if $file eq "." or $file eq ".." ;
#ouverture du fichier courant
open(my $FILE,"$repertoire/$file") || die "Impossible d'ouvrir le fichier : $repertoire\/$file\n" ;
while(<$FILE>)
#pour chaque ligne on effectue le traitement suivant
{
#si le fichier est déjà à l'horizontal [lignes]
if (!$transpo)
{
#on mémorise le nom de chaque marqueur
if(/\t/)
{
#on le stock dans une liste (@nom)
push(@nom,$`) ;
my $tmp = $'; #variable qui nous permet de stocker la fin de ligne et de la modifier.
#et on mémorises les information relative au marqueur dans une seconde liste (@donnees)
if ($tmp=~ s/\t//g)
{
push(@donnees, $tmp) ;
chomp($donnees[-1]);
}
}
}
#si non c'est que le fichier est à la verticale [Colonnes]
else
{
#on est sur une nouvelle ligne on réinitialise donc la valeur du compteur de caractères
$comptChar = 0 ;
#si on est sur la ligne titre
if($lineTitre)
{
#on mémorise le nom de chaque marqueur dans une liste (@nom)
while (/\t/)
{
push(@nom,$`) ;
$_ = $';
}
#pour récupérer la derniere colonne (ici le dernier nom)
$hard_chomp = $_ ;
chomp($hard_chomp) ;
push(@nom,$hard_chomp) ;#on chomp pour ne pas prendre le retoure à la ligne de la fin
$lineTitre = 0 ; #on signale que la ligne titre à été traiter
}
#si on est pas au niveau de la ligne titre
else
{
while (/\t/)
{
#on stock dans un tableau de tableau (@TDeT) chaque caractère avec comme premier indice
#celui qui correspont à l'indice du nom sous lequelle il se trouve
#et second indice correspondant à la ligne
$TDeT[$comptChar][$comptLigne]=$` ;
$_ = $'; # on enleve le carctère que l'on vien d'inserer dans le tableau de la variable $_
$comptChar ++ ;
}
#pour récupérer la derniere colone (ici le dernier chiffre)
$hard_chomp = $_ ;
chomp($hard_chomp) ;
$TDeT[$comptChar][$comptLigne]=$hard_chomp ; #on chomp pour ne pas prendre le retoure à la ligne de la fin
}
$comptLigne ++ ; # ici on signale qu'on à finit de traiter la ligne en cours
}
}
#on ferme le fichier une fois que on as finit de le traiter
close($FILE);
#si on as un fichier d'entrer en colonne alors on concatène le résultat
#du tableau de tableau dans le tableau de donnees
if ($transpo)
{
my @Nvlldon = map ( {join("",@{$_} ) ; } @TDeT ) ;
@donnees = (@donnees,@Nvlldon) ;
}
#si on veut plusieurs fichiers de sorties alors
if (!$unique)
{
#on suprime le .txt du nom du fichier d'origine
$file =~ s/\.txt// ;
#et on lance la sous routine sortie
sortie($file,@donnees);
#réinitialisation des variables pour que le prochain fichier à traiter n'ai pas les données du précédent
@nom = () ;
@donnees = () ;
@TDeT = () ;
$comptLigne = 0 ;
$comptChar = 0 ;
}
}
closedir ($DIR) ;
#on ferme le repertoire des fichier à traiter
#si on veut un seul fichier de sortie alors on le genèrer en dehor de la boucle
if ($unique)
{
#et on execute la sous routine sortie avec en paramatre le nom
#du fichier de résultats compilés et le tableau de données
sortie("Resultats_Compilees_Carthagen",@donnees);
}
#message de fin du programme
print "\nFormatage terminé\n";
#---------------- ----------------
# ----------------
# ---------------- Sous routines ----------------
# ----------------
# ---------------- ----------------
#
#écriture de fichiers
sub sortie
{
#on récupere le nom du fichier de sortie
my ($file,@donnees) = @_ ;
#initialisation de la variable du nb de marqueurs
my $nbMarqueurs = @nom ;
my $nbIndividus = length($donnees[0]) ;
#ouverture du fichier de sortie
open(my $OUT,">>$nomRep/$file.cg") || die "Impossible de trouver ou creer le fichier $nomRep\/$file.cg\n" ;
#écriture des 2 lignes d'entête.
print $OUT "data type $finData\n" ;
print $OUT "$nbIndividus $nbMarqueurs 0 0 $aliasC\n" ;
#boucle qui va écrire le fichier de sortie
my $i = 0 ;
while($i<=$#nom)
{
print $OUT "$nom[$i]\t" ;
print $OUT "$donnees[$i]\n" ;
$i ++ ;
}
close($OUT);
} |
chomp ou pas chomp ?
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