ok d'accord, je viens de saisir un truc...
Ce dont je te parle depuis le début n'est valable que pour le répertoire de tête du projet.
Pour les répertoires que tu y inclus, il y a deux possibilités:
1) soit tu as créé le fichier/répertoire depuis éclipse (New > Folder ou New > File)
2) soit tu as créé un lien vers un fichier/répertoire déjà existant sur le disque (New > Folder > Advanced > etc etc)
Dans le cas 1, ça te vire effectivement le fichier/répertoire sur le disque quand tu l'enlèves de la vue.
Dans le cas 2, ça supprime uniquement le lien, sans supprimer le fichier/répertoire disque.
Donc pour la bidouille, crée ton fichier ou ton répertoire sur le disque, puis fais un lien dans éclipse. Quand tu feras un "Delete", tu auras le message comme quoi il supprime le lien mais pas le fichier physique.
Par contre, ça n'a pas l'air de coller avec ta question de départ:

Envoyé par
albertl
Si je fais un lien avec un répertoire physique, y a rien dans les propriétés pour briser le lien, donc si je supprime le dossier il va aussi me supprimer le répertoire physique
Si vraiment c'est un "lien" que tu as fait (càd cas 2), ça ne devrait casser que le lien...
Partager