Bonjour,
Ce que je voudrais faire est tout bête : ajouter à un string à chaque tour de boucle une lettre. Vous allez me dire que je vous fais perdre votre temps (oui peut être je le reconnais) mais là ca marche pas du tout.
Voici donc mon code:

Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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import java.io.File;
import java.util.Map;
 
import org.biojava.bio.structure.AminoAcid;
import org.biojava.bio.structure.Chain;
import org.biojava.bio.structure.Group;
import org.biojava.bio.structure.GroupIterator;
import org.biojava.bio.structure.Structure;
import org.biojava.bio.structure.io.PDBFileReader;
 
public class Pdbvieux {
 
	public static void main (String[] args){
		//fonctionne egalement avec les fichiers
		 // compresses par zip
		File filename = new File ("/home/chemin/vers/1PW4.pdb");
		String sequence = "";
 
		 PDBFileReader pdbreader = new PDBFileReader();
 
		 // optionel: le lecteur peut aussi lire les structure secondaires 
		 // tel que decrites dans l'en-tet du fichier PDB pour les ajouter
		 // aux acides amines
		 pdbreader.setParseSecStruc(true);
 
		 try{
		     Structure struc = pdbreader.getStructure(filename);
 
		     System.out.println(struc);
 
		     GroupIterator gi = new GroupIterator(struc);
 
		     while (gi.hasNext()){
 
		           Group g = (Group) gi.next();
 
		           if ( g instanceof AminoAcid ){
		               AminoAcid aa = (AminoAcid)g;
		               Map sec = aa.getSecStruc();		      
		               Chain  c = g.getParent();
		               //System.out.println(c.getName() + " " + g + " " + sec);
 
                               // LE PROBLÉME SE SITUE ICI
		               char acideamine=aa.getAminoType();
		               String result = String.valueOf(acideamine);
		               System.out.print(result);
		               sequence.concat(result);
 
		           }
		           System.out.println(sequence);
		     }
 
		 } catch (Exception e) {
		     e.printStackTrace();
		 	}	
 
	}
}
Mon concat ne marche pas du tout : pourtant dans mon "system.out.println" de result j'ai bien des caractères (qui ont été converti en string) qui sont affichés.
Je voudrais savoir si c'est l'influence d'une éventuelle réécriture (dû à une autre des mes autres classes contenues dans eclipse) de "concat" ou si ca vient de mon script.

Voici la page où vous trouverez le fichier 1PW4.pdb (j'ai essayé de le mettre en pièce jointe mais le format n'est pas valide):
http://www.rcsb.org/pdb/cgi/explore.cgi?pdbId=1PW4

Vous cliquez simplement sur la petite icone à coté du titre "1PW4"

Merci beaucoup pour votre aide ,