Discussion :

[fripette]

Bonjour,
Ce que je voudrais faire est tout bête : ajouter à un string à chaque tour de boucle une lettre. Vous allez me dire que je vous fais perdre votre temps (oui peut être je le reconnais) mais là ca marche pas du tout.
Voici donc mon code:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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import java.io.File;
import java.util.Map;
 
import org.biojava.bio.structure.AminoAcid;
import org.biojava.bio.structure.Chain;
import org.biojava.bio.structure.Group;
import org.biojava.bio.structure.GroupIterator;
import org.biojava.bio.structure.Structure;
import org.biojava.bio.structure.io.PDBFileReader;
 
public class Pdbvieux {
 
	public static void main (String[] args){
		//fonctionne egalement avec les fichiers
		 // compresses par zip
		File filename = new File ("/home/chemin/vers/1PW4.pdb");
		String sequence = "";
 
		 PDBFileReader pdbreader = new PDBFileReader();
 
		 // optionel: le lecteur peut aussi lire les structure secondaires 
		 // tel que decrites dans l'en-tet du fichier PDB pour les ajouter
		 // aux acides amines
		 pdbreader.setParseSecStruc(true);
 
		 try{
		     Structure struc = pdbreader.getStructure(filename);
 
		     System.out.println(struc);
 
		     GroupIterator gi = new GroupIterator(struc);
 
		     while (gi.hasNext()){
 
		           Group g = (Group) gi.next();
 
		           if ( g instanceof AminoAcid ){
		               AminoAcid aa = (AminoAcid)g;
		               Map sec = aa.getSecStruc();		      
		               Chain  c = g.getParent();
		               //System.out.println(c.getName() + " " + g + " " + sec);
 
                               // LE PROBLÉME SE SITUE ICI
		               char acideamine=aa.getAminoType();
		               String result = String.valueOf(acideamine);
		               System.out.print(result);
		               sequence.concat(result);
 
		           }
		           System.out.println(sequence);
		     }
 
		 } catch (Exception e) {
		     e.printStackTrace();
		 	}	
 
	}
}

Mon concat ne marche pas du tout : pourtant dans mon "system.out.println" de result j'ai bien des caractères (qui ont été converti en string) qui sont affichés.
Je voudrais savoir si c'est l'influence d'une éventuelle réécriture (dû à une autre des mes autres classes contenues dans eclipse) de "concat" ou si ca vient de mon script.

Voici la page où vous trouverez le fichier 1PW4.pdb (j'ai essayé de le mettre en pièce jointe mais le format n'est pas valide):
http://www.rcsb.org/pdb/cgi/explore.cgi?pdbId=1PW4

Vous cliquez simplement sur la petite icone à coté du titre "1PW4"

Merci beaucoup pour votre aide ,

[Napalm51]

Bonjour, la JavaDoc nous dit :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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public String concat(String str)
"cares".concat("s") returns "caress"
 "to".concat("get").concat("her") returns "together"

Hum tiens ça retourne une String ... ah bah oui l'exemple donné semble dire "returns" ... Il faut faire :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sequence = sequence.concat(result);

[fallo]

concat ne peut pas avoir été changée ( surchargée), c'est une méthode de la classe finale java.Lang.String.

[doublon avec le post du dessus]
il faut affecter la valeur a sequence, pour qu'elle change ( sequence = sequence.concat("blabla"); ) car concat ne change pas la valeur de la String elle meme, c'est une fonction qui ne change pas l'état de l'objet.
[/doublon avec le post du dessus]

Dans ton cas l'opérateur à utiliser est la concatenation : '+='
de plus cet opérateur pourra concatener ton objet de type char
donc au final tu devrais avoir ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 // LE PROBLÈME SE SITUAIT ICI
 sequence += aa.getAminoType();

a la place de ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 // LE PROBLÉME SE SITUE ICI
 char acideamine=aa.getAminoType();
String result = String.valueOf(acideamine);
System.out.print(result);
sequence.concat(result);

par contre tu affiches ta sequence a chaque iteration de groupe sans réinitialiser sa valeur. ( c'est peut etre normal). il faudrait peut etre l'afficher une fois toutes les iterations faites.

[Bezout]

Erreur classique d'utilisation de cette méthode ............ totalement inutile.

Franchement personne n'utilise ca.

StringBuffer/Builder

[fripette]

Merci beaucoup et désolée ma question était vraiment inutile comme tu dis.
Puisque je vous ai sous la main et comme on est dans la série des questions inutiles, j'ai trouvé une .class qui m'intéresse sur un site internet et je voudrais lire ce que fait cette classe. Cependant, je n'arrive pas à l'afficher dans mon éditeur de texte ni dans eclipse.
Dernière question après c'est promis je m'en vais !
Merci Merci

[Napalm51]

Un .class est un .java compilé, il contient du ByteCode et tu ne pourras donc pas le lire (à moins de t'appeler JVM ). Bref c'est un peu comme si tu avais un .exe et que tu voulais les sources C++ ...

Il existe cependant un moyen, la décompilation, afin de retrouver le code source .java depuis ton .class, mais ce procédé modifie parfois le code de base, ce qui en complique la compréhension. De plus, si ce .class est passé par une obfuscation, c'est à dire une sorte de cryptage du ByteCode, alors tu n'y comprendra rien car les méthodes s'appelleront a(), b() ... bref ... illisible.

Regarde quand même dans les logiciels Java, il y a quelques "décompilateur" dans la liste.

[fripette]

ok merci de votre aide !

[DevTeam_]

Regarde quand même dans les logiciels Java, il y a quelques "décompilateur" dans la liste.

En parlant de décompilateur, qu'en est-il de la légalité ? Ca doit être limite non ?

[Bezout]

Merci beaucoup et désolée ma question était vraiment inutile comme tu dis.
Puisque je vous ai sous la main et comme on est dans la série des questions inutiles, j'ai trouvé une .class qui m'intéresse sur un site internet et je voudrais lire ce que fait cette classe. Cependant, je n'arrive pas à l'afficher dans mon éditeur de texte ni dans eclipse.
Dernière question après c'est promis je m'en vais !
Merci Merci

J'ai jamais dit que ta question était inutile. Je parlais de la méthode concat. Au pire on utilise l'opérateur +, au mieux un StringBuffer, StringBuilder, StrBuilder (commons-lang).

Pour ton .class comme décompilateur tu as http://members.fortunecity.com/neshkov/dj.html qui est gratuit.

Et sous Eclipse tu as le plugin JADClipse http://jadclipse.sourceforge.net/wik....php/Main_Page. Perso je suis pas fan mais bon.