Discussion :

[anne-so]

Bonjour,

Jai un petit soucis avec un affichage de motifs: jai un doublon a chaque fois ke le script trouve la combinaison WalkerA_YY_LSGGQ......

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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	    if ($nb_TGIKV > 0) { 
			if ($nb_PADVL > 0) { 
			    print "$cur_header\n";  #TGIKV_PADVL
 
			    if ($nb_YY ==1) { #the sequence contains the TGIKV_PADVL_YY motifs combination
				print "$cur_header\n";
			    }			    
			}
 
			elsif ($nb_YY == 1) {   #TGIKV_YY
			    print "$cur_header\n";		
			}
		    }
 
		    elsif ($nb_PADVL > 0){
			if ($nb_YY == 1){  #PADVL_YY
			    print "$cur_header\n";			    			    
			}			    
		    }
 
		    elsif ($nb_WalkerA > 0) { #WalkerA
			#print "$cur_header\n";
 
			if ($nb_LSGGQ > 0) {  #WalkerA_LSGGQ
			    print "$cur_header\n";
 
			    if ($nb_YY > 0) {  # WalkerA_LSGGQ_YY
				print "$cur_header\n";
			    }
			}
 
			elsif ($nb_YY > 0) {  # WalkerA_YY
			    print "$cur_header\n";
			}
		    }
 
		    elsif ($nb_LSGGQ > 0) {  #LSGGQ
			if ($nb_YY > 0) { #LSGGQ_YY
			    print "$cur_header\n";
			}
		    }
		}

[Jedai]

A part le fait que ton formatage est assez mauvais... A quoi est censé servir ce code : a priori il fait toujours la même chose quelque soit le cas, qu'est-il censé faire ?
NB : TGIKV_PADVL_YY est aussi en "doublon".
Ma réaction devant ce code est qu'il a été mal pensé : un tel arbre d'alternative peut souvent s'élaguer énormément, et en fonction de ce qu'on lui demande, on peut employer une fonctionnalité avancé du langage pour le faire mieux et plus efficacement (ici je pense typiquement à un hash de fonctions).

--
Jedaï

[GLDavid]

anne-so, quand tu postes, n'oublies pas de décocher la case "Désactiver le BBCode dans ce message" sinon ton code n'est pas bien mis en valeur
Merci d'avance.

@++

[anne-so]

Salut,

J'ai fait comme ca parce que je vois pas comment faire autrement... Jessaie juste d'afficher que les resultats utiles, a savoir les combinaisons de motifs suivantes:
TGIKV_PADVL_YY
TGIKV-PADVL
TGIKV-YY
PADVL-YY
WalkerA_LSGGQ-YY
WalkerA_LSGGQ
WalkerA_YY
LSGGQ_YY

[anne-so]

et pourrais tu mexpliquer dou viennent ces doublons?

[Jedai]

TGIKV_PADVL_YY
TGIKV-PADVL
TGIKV-YY
PADVL-YY
WalkerA_LSGGQ-YY
WalkerA_LSGGQ
WalkerA_YY
LSGGQ_YY

Tu veux donc afficher les motifs précédents, pourquoi donc faire alors un gigantesque arbre d'alternatives, alors qu'il suffit de tester si ton motif est l'un de ceux là ? Tu peux le faire ainsi :
- Faire une liste des motifs acceptés :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my @goodPatterns = (TGIKV_PADVL_YY, TGIKV_PADVL, TGIKV_YY, PADVL_YY, WalkerA_LSGGQ_YY, WalkerA_LSGGQ, WalkerA_YY, LSGGQ_YY );

- Vérifier que ton motif est l'un d'entre eux :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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foreach my $pattern ( @goodPatterns ){
  print "$cur_header\n" and last if $cur_header eq $pattern;
}

La méthode ci-dessus n'est en réalité pas la plus rapide/optimisée, le mieux serait sans doute de faire un hash dont les clés seraient les motifs acceptés, et d'utiliser exists() :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my %goodPatterns = (TGIKV_PADVL_YY => 1, TGIKV_PADVL => 1, TGIKV_YY => 1, PADVL_YY => 1, WalkerA_LSGGQ_YY => 1, WalkerA_LSGGQ => 1, WalkerA_YY => 1, LSGGQ_YY => 1 );
 
print "$cur_header\n" if exists $goodPatterns{$cur_header};

--
Jedaï

[Jedai]

et pourrais tu mexpliquer dou viennent ces doublons?

Ces doublons viennent d'une faille dans ta logique : en effet tes motifs sont mutuellement exclusifs, mais dans tes alternatives tu fais des imbrications comprenant des instructions à deux niveaux... Ce n'est pas logique :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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# si $cur_header est TGIKV_PADVL_YY
if ($nb_TGIKV > 0) {
  if ($nb_PADVL > 0) {
    #on imprime TGIKV_PADVL_YY une première fois
    print "$cur_header\n";  #TGIKV_PADVL
 
    if ($nb_YY ==1) { #the sequence contains the TGIKV_PADVL_YY motifs combination
      #on imprime TGIKV_PADVL_YY une seconde fois
      print "$cur_header\n";
    }
  }
}

--
Jedaï

[anne-so]

en fait, jai du mal explique ce que je fais. je chercher differents motifs (PADVL, TGIKV, YY, WalkerA, LSGGQ) et je veux nafficher que certaines combinaisons de motifs. je sais pas si la solution que tu me proposes marchent pour ca (meme si cest apparement beaucoup plus simple! )

[Jedai]

Qu'y a-t-il donc dans $cur_header ? Y a-t-il exactement la chaîne "TGIKV_PADVL_YY" par exemple ou est-ce plus compliqué ?

--
Jedaï

[anne-so]

Qu'y a-t-il donc dans $cur_header ? Y a-t-il exactement la chaîne "TGIKV_PADVL_YY" par exemple ou est-ce plus compliqué ?

Voici le contenu de $cur_header:
> Acinetobacter sp. ADP1 [gi 50083300 |DNA replication, recombinaison and repair protein ] : YY (149) WalkerA (30) LSGGQ (85)

[Jedai]

Ok !! Voilà qui est beaucoup plus clair !

Voici donc une solution dans la même idée que la première :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my @goodPatterns = ( [qw(TGIKV PADVL YY)], [qw(TGIKV PADVL)], [qw(TGIKV YY)], [qw(PADVL YY)], [qw(WalkerA LSGGQ YY)], [qw(WalkerA LSGGQ)], [qw(WalkerA YY)], [qw(LSGGQ YY)] ); 
 
foreach my $pattern ( @goodPatterns ){
  my $success = 1;
  foreach my $part ( @$pattern ){
    unless( $cur_header =~ /$part/ ){
      $success = 0;
      last;
    }
  }
  print "$cur_header\n" and last if $success;
}

--
Jedaï

[Jedai]

On peut faire mieux si tu changes un peu ton programme pour que "$nb_TGIKV" devienne "$nb_pattern{TGIKV}". Parce que j'imagine que ces nombres sont égaux à ce qui est entre parenthèses derrière le motif correspondant ?
Si c'est le cas, le changement que je te propose accélérera pas mal les choses. (Et il est simple à faire : tu déclares "my %nb_pattern;" au début de ton script, puis tu fais un Chercher/Remplacer sur "$nb_TGIKV" pour le remplacer par "$nb_pattern{TGIKV}")
Je te conseille vraiment de le faire, en plus ça augmentera la souplesse de ton programme.

--
Jedaï

[anne-so]

en fait $nb_TGIKV correspond au nombre d'occurence de ce motif dans une séquence. je men servais dans mon arbre de recherche. le nombre entre parenthèse correspond à la position du motif dans la séquence que je récupère avec la fonction pos() et que je stocke dans un tableau.

merci pour l'aide!