Discussion :

[giverny]

Bonjour!
Je recherche à faire ceci :
Dans un texte, je recherche toutes les expressions du style
($ligne =~ /\s[a-z][a-z][a-z][A-Z]([A-Z])+/)
Jusque là, tout va bien...
Mais après, je souhaiterais modifier l'écriture de cette expression et la transformer ainsi :

Exemple : si je trouve comme expression
Un espace suivi de abcDEF, je veux écrire
abcD abcE abcF.

J’avais pensé utiliser $& avec des crochets... mais ça ne fonctionne pas... j'ai cherché dans ma doc, mais j'ai rien trouvé qui pourrait m'aider.

Est ce que vous pourriez me donner des pistes SVP?

Merci d'avance!

[nyal]

Bonjour,

tu peux utiliser la substitution

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$var =~ s/\ abcDEF/\ abcD abcE abcF/g;

Voila une possibilité

[giverny]

Non, je ne peux pas...
Quand je recherche l'expression avec 3 lettres minuscules à la suite suivies d'au moins 2 lettres majuscules, je ne sais pas quelles sont ces lettres...
Je voudrais pouvoir rechercher une expression comme ça
($ligne =~ /\s[a-z][a-z][a-z][A-Z]([A-Z])+/)
Et après, pouvoir traiter séparément chaque élément
C’est pour ça que j'ai tenté d'utiliser $&[4] par exemple pour récupérer une majuscule, mais cette formule n'existe pas...dommage!

Je veux retourner ceci :
1ere minuscule suivie de 2e minuscule suivi de 3e minuscule suivi de 1ere majuscule
1ere minuscule suivie de 2e minuscule suivi de 3e minuscule suivi de 2e majuscule
…jusqu’à ne plus avoir de majuscule dans l’expression trouvée

J’espère que j’ai été plus claire…

[nyal]

Bon je comprends mieux.

Voici un code source qui transforme ta chaine.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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while (<>) {
    chop;
    while (s/\s([a-z])([a-z])([a-z])([A-Z])([A-Z]+)/ $1$2$3$4 $1$2$3$5/)
    {
    }
    print $_ . "\n";
}

Ta chaine sortira bien. Apres tu peux faire un split pour recuperer chaque zone deja decoupé. (C'est une exemple. Tu peux utiliser les variables de match aussi)

[giverny]

excuse moi mais je ne comprends pas très bien ce code... je suis pas experte en perl...
est ce que tu peux me le commenter STP?
merci d'avance!

[nyal]

excuse moi mais je ne comprends pas très bien ce code... je suis pas experte en perl...
est ce que tu peux me le commenter STP?
merci d'avance!

Il n'y a pas de problemes.
C'est un programme pour tester. Mais la ligne importante, c'est celle du while.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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while (<>) { # Lecture de l'entre standard. Valeur stockée dans $_
    chop;  # On vire le '\n' de la variable $_
    while (s/\s([a-z])([a-z])([a-z])([A-Z])([A-Z]+)/ $1$2$3$4 $1$2$3$5/) 
    { 
       # Rentre dans cette boucle tant qu'il y a des substitutions a faire
    } 
    print $_ . "\n"; # On affiche la variable pour voir le resultat des substitutions.
}

Si tu avais :
toto abcDEF

Tu as dans la variable apres :
toto abcD abcE abcF

J'espere que ca te convient.

[giverny]

ton petit exemple marche très bien, et je le comprends.
j'essaye de le mettre en place pour mon programme et je te tiens au courant
merci beaucoup!

[giverny]

c'est bon, j'ai reussi à inclure ton modèle dans mon programme!
merci beaucoup!

c'est super pratique perl pour la bioinfo!!!

[Driden]

Je te conseille "Introduction à Perl pour la bioinformatique" aux éditions O'Reilly, tu as beaucoup d'exemples et les themes sont surement tres proches de ce dont tu as besoin.
Et comme ça tu auras pas de mal pour l'option d'Agorithmique du Génome si tu la choisis.