Discussion :

[fripette]

Bonjour !
La chose semble simple. Je suis relativement contente du code que j'ai pondu mais il marche pas et je sais pas pourquoi.

Le principe : parcourir une sequence LRAEMN.... et remplacer chaque position par la lettre en cours
exemple :
la lettre en cours est A
donc dans la sequence MTESTAAVTTSGHSLT :
dans mon fichier sortie je devrais avoir
ATESTAAVTTSGHSLT
MAESTAAVTTSGHSLT
MTASTAAVTTSGHSLT
ainsi de suite jusqu' à la derniere
MTESTAAVTTSGHSLA

puis on fait la même chose pour la lettre suivante (les lettres sont determines dans @AcideAmine)
voici ce que j'ai fait :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
 
my $seq = "";
 
while (my $ligne = <INFILE>) {
 
	if ($ligne =~ /^[\s\t]+$/) 
		{ next }   
 
	else {		
              #mutation de chaque position de la chaine 
		my @AcideAmine= ();
		@AcideAmine =("A","R","N","D","C","Q","E","G","H","I","L","K","M","F","P","S","T","W","Y","V");
 
		my $aa;
		chomp($ligne); #enleve le saut à la ligne à la fin 
		my @seq = split(//,$ligne);
		foreach $aa(@AcideAmine) {		
			#induction de la mutation pour chaque lettre de la sequence
			foreach my $lettre(@seq){
 
				my $x= $lettre cmp $aa;
				if ($x != 0){
					splice(@seq,$seq[$lettre],1,$aa);
					$seq = join(";",@seq);
					$seq=~ s/;$//;
					print OUTFILE $seq."\n"
							}
				else 
					{next}
 
						}
					}
 
		}
}

mon message d'erreur est :
Argument "N" isn't numeric in array element at Mutation.pl line 39, <INFILE> line 4.
Argument "D" isn't numeric in splice at Mutation.pl line 39, <INFILE> line 4.

Je suis d'accord que c'est pas numerique et justement c'est pas ce que je veux !
en plus j'utilise splice qui est fait pour les listes???
no comprendo
danke schon sehr sehr

[djibril]

je deplace le sujet dans le sous forum bioinfo
Quel le but de ton script bioinformatiquement parlant par curiosité? Créer des mutation ponctuelle? et pourquoi le A?

[Arioch]

Tu ne nous a pas mis le code en entier mais je suppose que la ligne 39 de ton script doit être l'une de ces deux là :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
my $x= $lettre cmp $aa;
if ($x != 0){

Essaie de les remplacer uniquement par cette ligne :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

if ($lettre ne $aa) {

[fripette]

j'ai essayé effectivement avec ne : pareil marche pas
oui induire des mutations ponctuelles puis faire des calculs

en fait le A c'est un acide amine je fais induire des mutations dans ma sequences avec chaque acide amine (cf @acideamine)

[djibril]

la meilleure façon et la plus propre est d'utiliser la fonction substr à 4 arguments

[Arioch]

Cette ligne là ne va pas :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

splice(@seq,$seq[$lettre],1,$aa);

tu utilises $lettre comme indice (ou position) dans le tableau $seq alors que $lettre n'est pas un numéro mais une lettre (A par exemple)

[djibril]

pour te guider sur la puissance de substr, voici un exemple :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
my $sequence = "AZERTY";
my $position = (length($sequence) - 1);
for(0..$position) {
  my $new_sequence = $sequence;
  substr($new_sequence, $_, 1,"M");
  print "$new_sequence\n"; 
}

Resultat :

MZERTY
AMERTY
AZMRTY
AZEMTY
AZERMY
AZERTM

[djibril]

un autre plus amelioré pour toi :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
my $sequence = "AZERTY";
my @AcideAmine =("A","R","N","D","C");
my $position = (length($sequence) - 1);
foreach my $AA (@AcideAmine) {
  print "<======== Remplacement de $AA =========>\n";
  for(0..$position) {
    my $new_sequence = $sequence;
    substr($new_sequence, $_, 1,$AA);
    print "$new_sequence\n"; 
  }
}

Resultat :

<======== Remplacement de A =========>
AZERTY
AAERTY
AZARTY
AZEATY
AZERAY
AZERTA
<======== Remplacement de R =========>
RZERTY
ARERTY
AZRRTY
AZERTY
AZERRY
AZERTR
<======== Remplacement de N =========>
NZERTY
ANERTY
AZNRTY
AZENTY
AZERNY
AZERTN
<======== Remplacement de D =========>
DZERTY
ADERTY
AZDRTY
AZEDTY
AZERDY
AZERTD
<======== Remplacement de C =========>
CZERTY
ACERTY
AZCRTY
AZECTY
AZERCY
AZERTC