Discussion :

[nadjib2007]

Bonjour tous le monde;

J'ai un programme Matlab sert à segmenter une image en utilisant le modèle de Ron Kimmel, mon but est d'implémenter ce programme pour avoir quelle sont les résultats qu'on peut avoir avec ce modèle

bon, le code Matlab:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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%-----------------------------------------------------------------------------------------------
% Loccally One-dimensional (LOD) implicit scheme for closed geometric
% active contour model+minimal variation+GAC+robust alignement
% I=Input image matrix, Phi= Initial contour matrix (implicit form)
% Balloon= Weighted area factor (scalar)
% Align = Alignement force factro (scalar)
% Max_Lloyd= The Max-Lloyd/ Chan-Vese threshold factor (scalar)
% k= the time step (tau scalar)
% iter= Maximal number of iterations (scalar)
 
function Phi=LOD_Active_Contour(I,Phi,Balloon,Align,Max_Lloyd,k,iter)
D2I=Dxx(I)+Dyy(I); P=Dx(I); Q=Dy(I);
g=1./sqrt(1+P.^2+Q.^2); % example for computing g(x,y)
delta=2; count=1;
while and(delta>0.0001,count<iter)  % check if converged
 
   Phi_old=Phi;
   threshold=LloydMax(Phi,I); % Max-Lloyd/ Chan-Vese term
   alignement=-sign(P.*Dx(Phi)+Q.*Dy(Phi)).*D2I;  % Laplacien term
   Phi=Phi+k*(Balloon*g+Align*alignement+Max_Lloyd*thershold);
   for i=1:2, % i=1 => (I-tau*Ax) i=2 => (I-tau*Ay)
       Phi=Implicit(g(:),k,Phi); % (1/(I-tau*Ai))Phi
       Phi=Phi';g=g'; % Transpose for Ay
   end % for i
   Phi=redistance(Phi); % Use fast marching for re-distancing
   delta=sum(sum((Phi_old-Phi).^2)) % Compute L2 norm
   count=count+1;
   imshow(I,[]); hold on; contour(Phi,[00],'r'); hold off; drawnow;
end % while and funtion
%-----------------------------------------------------------------------------------------
% Compute (1/(I-k*Al)) Phi using Thomas algorithm
% k=time step, g=g(x,y) in column stack form
function u=Implicit(g,k,Phi)
 
gm= -k.*(g+g([end 1:end-1]))/2; % lower diag
gc= 1-k.*(-2*g-g([end 1:end-1])-g([2:end 1]))/2; % main diag
gp= -k.*(g+g([2:end 1]))/2; % upper diag
u= Thomas(gc,gp(1:end-1),gm(2:end),Phi(:));
u= reshape(u,size(Phi)); 
%-------------------------------------------------------------------------------------------
% Compute the Lloyd-Max/ Chan-Vese thersholding
function force=LloydMax(Phi,I)
mask_in=(Phi<0); inside the contour 
mask_out= 1-mask_in; % rest of the domain
I_in=sum(sul(mask_in.*I))/sum(mask_in(:)); % mean value
I_out=sum(sum(mask_out.*I))/sum(mask_out(:));
force=(I_out-I_in).*(I-(I_in+I_out)/2);
%---------------------------------------------------------------------------------------------
% 'Roughly' correct Phi to be a distance map of its zero set
function u=redistance(Phi);
u=(sign(Phi)+1)*999999; % set to infinity all positive
for i=1:2,
    l2=2;
    if i>1 u=(1-sign(Phi))*999999; end % set to infinity all negative
    while l2>1,
          v=Update(u,1);
          l2=sum(sum((u-v).^2));
          u=v;;
    end % while
    if i>1 u=u-up; else up=u; end % if
end % for
%-----------------------------------------------------------------------------------------------
%Solve |grad u|=F(x,y)  parallel version of the FMM
function res=Update(u,F)
mx=min(u([2:end end],:), u([1 1:end-1],:));
my= min(u(:,[2:end end]), u(:,[1 1:end-1]));
delm=(mx-my);
mask=(abs(delm)<F);
res=min(mask.*(mx+my+sqrt(2.*F.^2-delm.^2))./2+...
   (1-mask).*(min(mx,my)+F),u);
%-----------------------------------------------------------------------------------------------
function f=Dmx(P)
f=P-P([1 1:end-1],:);
%-----------------------------------------------------------------------------------------------
function f=Dpx(P)
f=P([2:end end],:)-P;
%-----------------------------------------------------------------------------------------------
function f=Dx(P)
f=(Dpx(P)+Dmx(P))/2;
%-----------------------------------------------------------------------------------------------
function f=Dy(P)
f=(Dx(P'))';
%-----------------------------------------------------------------------------------------------
function f=Dxx(P)
f=Dpx(P)-Dmx(P);
%-----------------------------------------------------------------------------------------------
function f=Dyy(P)
f=(Dxx(P'))';
%-----------------------------------------------------------------------------------------------
% Thomas Algorithm for trilinear diagonally dominant system:
% B u=d(solve for u); B is given by its 3 diagonals:
% alpha(1:N)=main diagonal, beta(1:N-1)=upper diagonal,
% Gamma(1:N-1)=lower diagonal, (Compile first!)
function u=Thomas(alpha,beta,gamma,d)
N=length(alpha); r=beta;
l=zeros(N-1,1); u=zeros(N,1);
m=u; %zero
m(1)=alpha(1);
for i=1:N-1,
     l(i)=gamma(i)/m(i);
     m(i+1)=alpha(i+1)-l(i)*beta(i);
end % for
y=u; %zero
y(1)=d(1);
for i=2:N,
     y(i)=d(i)-l(i-1)*y(i-1);
end % for
u(N)=y(N)/m(N);
for i=N-1:-1:1,
    u(i)=(y(i)-beta(i)*u(i+1))/m(i);
end % for

et d'après mes connaissances (je suis débutant) il faut crée un autre fichier par exemple : essai segmentation et on fait appel à les fonctions indiqués dans le programme principale, mais comment?!

et si on remarque bien le programme il faut un contour initial (phi) je ne sais pas comment faire ça!!!

s'il y a quelqu'un qui peut m'aider à implémenter ce programme je le remercie beaucoup...d'avance bien sur

[slayer23]

mieux vaut donner une question claire et precise,c'est difficil de resoudre ton probleme si tu mets ton algorithme d'un coup.Essaye plutot d'y aller pas a pas et de poser la bonne question sur chacun des blocs de ton programme.

[Jerome Briot]

Où as-tu récupéré le code ? Il y avait peut être une documentation avec ?

[nadjib2007]

Bonjour;

Pour la précision je crois pas que c'est difficile qu'es que j'ai dit : " dessiner un contour initiale (cercle par exemple) sur une image (qu'on veut la segmenter) puis mettre les valeur de ce cercle dans la matrice phi, puis exécuter le programme à l'aide des fonction cité.

Pour le code je lé trouver dans un livre de Ron Kimmel "fast_edge_integration" tu peut le trouver sur google.

Merci d'avance.

[nadjib2007]

Alors pas de solution...!!

j'ai réflicher à une solution mais je ne sais pas comment la réaliser; par exemple je met au début du programme l'équation d'un cercle et je fixe le rayon que je veut puis à l'aide de la souris je clic sur l'image que je veut segmenter des objet dedans pour fixé le centre du cercle et quand je clic le cercle sera dessiner sur l'image.

est ce que ça est réalisable; si oui aide moi a le faire.

Et merci beaucoup beaucoup cher ami du forum developpez...

[coolzy]

pour l'histoire d'initialiser avec un cercle, en cliquant sur l'image et tout et tout, oui c'est possible, moi j'avais telechargé le code pour une segmentation par detection de contour sur ce site, http://www.postulate.org/segmentation.php, et l'initialisation se faisait comme ca. essaye de fouiller leur code.